More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2205 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  100 
 
 
473 aa  944    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  44.44 
 
 
472 aa  340  4e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  43.75 
 
 
477 aa  332  9e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  44.75 
 
 
472 aa  327  3e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  45.1 
 
 
468 aa  315  9e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  42.45 
 
 
475 aa  305  9.000000000000001e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  43.16 
 
 
479 aa  295  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  45.22 
 
 
469 aa  294  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  44.21 
 
 
468 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  39.79 
 
 
480 aa  291  1e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  42.42 
 
 
469 aa  291  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  38.8 
 
 
475 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  45.87 
 
 
469 aa  288  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  40.63 
 
 
494 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  43.97 
 
 
463 aa  286  5.999999999999999e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  41.09 
 
 
494 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  42.31 
 
 
466 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  42.86 
 
 
469 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  40.88 
 
 
494 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  39.96 
 
 
492 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.08 
 
 
485 aa  279  1e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  42 
 
 
458 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  42.45 
 
 
469 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  42.32 
 
 
469 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  41.16 
 
 
490 aa  276  8e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  41.19 
 
 
495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  39.45 
 
 
494 aa  274  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  40.79 
 
 
471 aa  274  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  39.37 
 
 
494 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  39.37 
 
 
494 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  39.37 
 
 
494 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  41.3 
 
 
490 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  39.45 
 
 
475 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  42.55 
 
 
470 aa  271  2e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  40.9 
 
 
471 aa  271  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  37.23 
 
 
475 aa  270  4e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  41.39 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  37.53 
 
 
499 aa  267  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  38.56 
 
 
467 aa  266  8e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  38.94 
 
 
483 aa  263  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  39.4 
 
 
485 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  38.18 
 
 
487 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  37.84 
 
 
491 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  38.03 
 
 
494 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.1 
 
 
485 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  44.88 
 
 
504 aa  259  6e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  43.32 
 
 
477 aa  259  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  39.45 
 
 
494 aa  259  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  44.02 
 
 
472 aa  258  1e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  40.66 
 
 
486 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  40.04 
 
 
477 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4324  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.07 
 
 
485 aa  256  9e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000269124  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  41.16 
 
 
477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4525  amidase  40.68 
 
 
467 aa  254  3e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.67 
 
 
491 aa  254  3e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  41.85 
 
 
478 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  38.12 
 
 
496 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  40.47 
 
 
484 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  40.47 
 
 
484 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  39.6 
 
 
487 aa  251  2e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  40.47 
 
 
484 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  40.47 
 
 
484 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  39.38 
 
 
505 aa  250  3e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  40.47 
 
 
497 aa  250  4e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  39.7 
 
 
497 aa  250  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  40.47 
 
 
546 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  40.69 
 
 
484 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  41.09 
 
 
471 aa  249  5e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  38.68 
 
 
474 aa  249  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  41.77 
 
 
468 aa  249  8e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  36.3 
 
 
468 aa  248  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  37.9 
 
 
503 aa  248  2e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  39.95 
 
 
473 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2551  amidase  38.64 
 
 
474 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  44.87 
 
 
469 aa  247  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  37.58 
 
 
485 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  39.3 
 
 
467 aa  246  8e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  40.26 
 
 
477 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.95 
 
 
486 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.65 
 
 
484 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0334  amidase  38.7 
 
 
465 aa  244  1.9999999999999999e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  33.13 
 
 
486 aa  244  3e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  38.41 
 
 
476 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  38.71 
 
 
463 aa  243  5e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  40.91 
 
 
471 aa  243  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  37.28 
 
 
463 aa  243  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  38.48 
 
 
469 aa  243  6e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  41.55 
 
 
471 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  37.5 
 
 
556 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  40.13 
 
 
471 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.48 
 
 
488 aa  241  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1154  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.46 
 
 
485 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.64 
 
 
494 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.53 
 
 
484 aa  239  5.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2341  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.29 
 
 
485 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314966  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  35.27 
 
 
466 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  40.17 
 
 
485 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.85 
 
 
486 aa  239  1e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.95 
 
 
482 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  39.54 
 
 
491 aa  238  2e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>