More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2401 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  100 
 
 
485 aa  954    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  96.97 
 
 
495 aa  875    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  46.56 
 
 
476 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2551  amidase  45.72 
 
 
474 aa  325  9e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  41.77 
 
 
476 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  44.35 
 
 
474 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  39.45 
 
 
488 aa  307  3e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  40.08 
 
 
476 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  43.4 
 
 
501 aa  303  7.000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  41.98 
 
 
482 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  41.93 
 
 
483 aa  300  6e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  39.12 
 
 
476 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  43.45 
 
 
489 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  41.89 
 
 
481 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  39.87 
 
 
502 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  42.32 
 
 
480 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  42.32 
 
 
480 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  42.32 
 
 
480 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  42.71 
 
 
499 aa  282  9e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  41.08 
 
 
475 aa  279  8e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  41.04 
 
 
473 aa  275  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  43.97 
 
 
495 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  41.81 
 
 
484 aa  273  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  41.6 
 
 
491 aa  273  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  43.52 
 
 
500 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  38.83 
 
 
501 aa  269  7e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  40.24 
 
 
493 aa  267  4e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  40.21 
 
 
472 aa  266  8.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  41.26 
 
 
474 aa  263  4.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.36 
 
 
492 aa  263  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  38.62 
 
 
495 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3433  amidase  43.76 
 
 
495 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0529991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1820  amidase  39.67 
 
 
483 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3918  Amidase  38.33 
 
 
519 aa  257  3e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  40.4 
 
 
502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  40.57 
 
 
481 aa  254  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2933  amidase  39.6 
 
 
493 aa  250  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.614847  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.05 
 
 
496 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  37.15 
 
 
489 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  39.11 
 
 
493 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3161  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  38.98 
 
 
496 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.386322  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  39.29 
 
 
517 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1704  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.25 
 
 
494 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3414  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.25 
 
 
494 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3137  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.25 
 
 
494 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  39.41 
 
 
492 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  39.49 
 
 
492 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2839  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  39.29 
 
 
496 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  37.15 
 
 
489 aa  242  7.999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  37.15 
 
 
489 aa  242  7.999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  39.12 
 
 
490 aa  242  9e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  39.29 
 
 
521 aa  242  9e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  37.45 
 
 
489 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  37.32 
 
 
498 aa  240  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  36.9 
 
 
508 aa  239  9e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  35.69 
 
 
503 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  34.65 
 
 
531 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  37.14 
 
 
492 aa  238  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0622  amidase  35.96 
 
 
496 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.240573  normal  0.237007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4169  amidase  38.83 
 
 
479 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.291168  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3378  amidase  40.55 
 
 
492 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  40.34 
 
 
476 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  38.99 
 
 
492 aa  232  1e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  35.46 
 
 
499 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0431  amidase  37.1 
 
 
497 aa  230  5e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3416  Amidase  39.92 
 
 
486 aa  225  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.859407  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2832  amidase  39.3 
 
 
492 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0275  amidase  39.3 
 
 
492 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0257  amidase  39.49 
 
 
492 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2154  amidase  37.91 
 
 
503 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241394  normal  0.0235675 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3053  amidase  40.91 
 
 
475 aa  224  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.807445 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  38.91 
 
 
476 aa  223  8e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0183  amidase  39.06 
 
 
492 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.813319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5815  Amidase  38.54 
 
 
476 aa  221  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.932467  decreased coverage  0.00501532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  37.09 
 
 
522 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7330  amidase  37.27 
 
 
477 aa  219  7.999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2536  amidase  38.64 
 
 
475 aa  218  2e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.221374  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  36.1 
 
 
506 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0110  amidase  37.89 
 
 
504 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0166  amidase  35.01 
 
 
479 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  36.17 
 
 
509 aa  216  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  33.61 
 
 
491 aa  215  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  35.92 
 
 
474 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2705  amidase  39.08 
 
 
489 aa  210  5e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0919281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2749  amidase  39.08 
 
 
489 aa  210  5e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2735  amidase  39.08 
 
 
489 aa  209  9e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.395131  normal  0.14189 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1839  Amidase  31.87 
 
 
490 aa  207  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  35.97 
 
 
494 aa  207  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  36.9 
 
 
473 aa  205  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1519  amidase  32.72 
 
 
488 aa  201  1.9999999999999998e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1346  Amidase  38.68 
 
 
476 aa  201  3e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.515427  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4559  Amidase  37.83 
 
 
496 aa  200  5e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.739809  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0692  Amidase  33.97 
 
 
472 aa  199  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2910  hypothetical protein  31.1 
 
 
460 aa  198  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  37.16 
 
 
470 aa  196  7e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4525  amidase  35.31 
 
 
467 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2764  hypothetical protein  30.87 
 
 
460 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2207  amidase  38.35 
 
 
476 aa  194  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1076  amidase  33.69 
 
 
470 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3520  amidase  37.26 
 
 
488 aa  189  8e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>