More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2551 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3322  Amidase  89.24 
 
 		 476 aa  830    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2551  amidase  100 
 
 		 474 aa  953    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0761469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2905  amidase  89.45 
 
 		 474 aa  833    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132105  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3043  amidase  49.47 
 
 		 475 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.020866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3602  amidase  49.37 
 
 		 501 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00171301  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3042  amidase  46.14 
 
 		 476 aa  364  1e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3583  Amidase  47.68 
 
 		 495 aa  352  8e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  44.67 
 
 		 501 aa  351  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5288  glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  44.19 
 
 		 473 aa  350  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.836412  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3918  Amidase  45.21 
 
 		 519 aa  350  3e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3433  amidase  48.28 
 
 		 495 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0529991  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3515  Amidase  46.6 
 
 		 500 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0501  amidase  41.4 
 
 		 503 aa  344  2e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2933  amidase  45.29 
 
 		 493 aa  335  9e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.614847  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03450  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  43.82 
 
 		 493 aa  332  8e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.524183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0088  Amidase  45.89 
 
 		 502 aa  330  4e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3197  amidase  43.34 
 
 		 488 aa  329  6e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0555  amidase  43.57 
 
 		 499 aa  329  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0872819  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4526  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase, putative  44.49 
 
 		 481 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4268  amidase  44.75 
 
 		 483 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2163  amidase  42.15 
 
 		 531 aa  324  2e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0765875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1820  amidase  43.39 
 
 		 483 aa  320  5e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6315  amidase  43.04 
 
 		 482 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2401  putative 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  45.72 
 
 		 485 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726676  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1064  amidase  45.02 
 
 		 495 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.541776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6135  putative amidase  40.32 
 
 		 499 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0927  amidase  43.45 
 
 		 472 aa  303  5.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4892  amidase  42.41 
 
 		 480 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3272  amidase  42.41 
 
 		 480 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6915  amidase  42.41 
 
 		 480 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128062  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5672  amidase  43.75 
 
 		 489 aa  299  6e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6405  amidase  42.95 
 
 		 491 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5293  amidase  43.75 
 
 		 489 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5382  amidase  43.75 
 
 		 489 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1781  Amidase  41.27 
 
 		 493 aa  296  4e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0646123  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1476  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  43.57 
 
 		 492 aa  296  5e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6117  amidase  43.22 
 
 		 484 aa  296  7e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4710  amidase  41.79 
 
 		 481 aa  295  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  41.06 
 
 		 495 aa  295  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1016  amidase  43.7 
 
 		 489 aa  292  9e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5822  amidase  42.22 
 
 		 490 aa  288  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41587 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  39.6 
 
 		 508 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0202  amidase  42.48 
 
 		 492 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.226133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0518  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.18 
 
 		 498 aa  281  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492304  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2998  Amidase  42.6 
 
 		 492 aa  281  3e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0561708 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0189  amidase  42.28 
 
 		 492 aa  280  5e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1371  Amidase  40.65 
 
 		 509 aa  279  6e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3161  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.53 
 
 		 496 aa  276  5e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.386322  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4169  amidase  41.68 
 
 		 479 aa  276  6e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.291168  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  41.98 
 
 		 474 aa  275  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4842  amidase  40.46 
 
 		 476 aa  272  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00703489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3916  amidase family protein  41.55 
 
 		 517 aa  272  9e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153951  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2839  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.26 
 
 		 496 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0054  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.18 
 
 		 496 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3414  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.26 
 
 		 494 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1704  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.26 
 
 		 494 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3137  6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase  41.26 
 
 		 494 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0110  amidase  41.55 
 
 		 504 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0311  amidase  41.63 
 
 		 489 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3835  amidase family protein  41.34 
 
 		 521 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.254252  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6284  Amidase  39.05 
 
 		 476 aa  267  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.319568 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0431  amidase  38.4 
 
 		 497 aa  265  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0390  Amidase  40.24 
 
 		 506 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4559  Amidase  43.98 
 
 		 496 aa  264  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.739809  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0622  amidase  38.85 
 
 		 496 aa  263  4e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.240573  normal  0.237007 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1550  amidase  40.08 
 
 		 476 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.345213 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2126  Amidase  41.65 
 
 		 474 aa  262  1e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4331  amidase  39.84 
 
 		 522 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3378  amidase  42.39 
 
 		 492 aa  260  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6344  Amidase  38.94 
 
 		 502 aa  260  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.918159  normal  0.55014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4481  Amidase  39.87 
 
 		 494 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.4 
 
 		 473 aa  256  5e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5815  Amidase  40.99 
 
 		 476 aa  255  1.0000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.932467  decreased coverage  0.00501532 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2154  amidase  41.26 
 
 		 503 aa  253  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241394  normal  0.0235675 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  38.84 
 
 		 470 aa  248  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2832  amidase  40.45 
 
 		 492 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0275  amidase  40.45 
 
 		 492 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0257  amidase  40.65 
 
 		 492 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0183  amidase  40.04 
 
 		 492 aa  237  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.813319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7330  amidase  37.65 
 
 		 477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  37.91 
 
 		 476 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7187  putative amidase  35.86 
 
 		 491 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.349285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3053  amidase  41.95 
 
 		 475 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.807445 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2536  amidase  38.64 
 
 		 475 aa  229  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.221374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2213  amidase  36.46 
 
 		 468 aa  225  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0370665  normal  0.373518 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1346  Amidase  38.77 
 
 		 476 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.515427  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2735  amidase  38.7 
 
 		 489 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.395131  normal  0.14189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2705  amidase  38.78 
 
 		 489 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0919281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2749  amidase  38.78 
 
 		 489 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3416  Amidase  39.13 
 
 		 486 aa  220  3.9999999999999997e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.859407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3242  amidase  37.66 
 
 		 470 aa  220  5e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1519  amidase  34.11 
 
 		 488 aa  219  8.999999999999998e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1995  amidase  37.63 
 
 		 470 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2041  amidase  37.63 
 
 		 470 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0692  Amidase  36.55 
 
 		 472 aa  217  4e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1976  amidase  37.5 
 
 		 470 aa  216  9e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268082  normal  0.916059 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1228  amidase  36.02 
 
 		 466 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0191  amidase  34.62 
 
 		 492 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4525  amidase  35.86 
 
 		 467 aa  213  7e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4130  amidase  36.38 
 
 		 468 aa  210  5e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0304259  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>