More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4224 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4224  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  662    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3098  hypothetical protein  76.9 
 
 		 329 aa  528  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49783  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3081  hypothetical protein  46.56 
 
 		 337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36130  hypothetical protein  46.11 
 
 		 365 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  44.75 
 
 		 333 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  44.79 
 
 		 341 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4493  hypothetical protein  43.51 
 
 		 341 aa  283  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3051  hypothetical protein  43.46 
 
 		 345 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  0.28827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5726  hypothetical protein  43.2 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00555624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  43.54 
 
 		 337 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  43.56 
 
 		 337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1853  hypothetical protein  41.19 
 
 		 337 aa  272  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0482  hypothetical protein  42.12 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2229  hypothetical protein  41.8 
 
 		 349 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1220  hypothetical protein  36.52 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216947  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  29.19 
 
 		 332 aa  139  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  28.06 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2078  hypothetical protein  30.39 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000784829  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  26.3 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0265  hypothetical protein  30.59 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  28.34 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5403  hypothetical protein  27.72 
 
 		 340 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.757696  normal  0.848586 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  26.79 
 
 		 330 aa  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  25.85 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  25.85 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  28.71 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3545  hypothetical protein  27.57 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  27.49 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  29.87 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  29.74 
 
 		 336 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  29.35 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1325  hypothetical protein  29.22 
 
 		 330 aa  102  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  26.97 
 
 		 332 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  30 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  30 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3196  hypothetical protein  27.27 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0435858  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  24.48 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3122  hypothetical protein  27.19 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00641753  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2849  hypothetical protein  27.31 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.225811  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2123  hypothetical protein  27.61 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.176092 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1565  hypothetical protein  28.84 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0906  hypothetical protein  29.6 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1047  hypothetical protein  27.11 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0384871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  28.71 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3931  hypothetical protein  26.07 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5273  extra-cytoplasmic solute receptor  28.75 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal  0.0608959 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3516  hypothetical protein  26.07 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000184229  normal  0.0629404 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0097  hypothetical protein  26.56 
 
 		 316 aa  95.9  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  28.8 
 
 		 337 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  27.24 
 
 		 327 aa  95.9  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0114  hypothetical protein  26.56 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  27.24 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0288  hypothetical protein  26.69 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  26.06 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4413  hypothetical protein  27.24 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112259  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  28.76 
 
 		 325 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  27.88 
 
 		 345 aa  94.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  27.81 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3329  hypothetical protein  31.5 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.422296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  28.44 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0576  hypothetical protein  27.3 
 
 		 333 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2106  hypothetical protein  27.24 
 
 		 337 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  27.58 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2841  hypothetical protein  26.92 
 
 		 325 aa  93.2  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.013507  normal  0.890495 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3894  hypothetical protein  25.42 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0107663  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4804  hypothetical protein  26.95 
 
 		 350 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.589881  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0210  hypothetical protein  25.9 
 
 		 322 aa  92.8  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3213  hypothetical protein  30.24 
 
 		 327 aa  92.4  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.308307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  26.92 
 
 		 315 aa  92.4  8e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  25.71 
 
 		 322 aa  92.4  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000467968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3047  hypothetical protein  26.6 
 
 		 319 aa  92.4  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375233  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0183  hypothetical protein  24.42 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  26.55 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  29.9 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2429  hypothetical protein  27.79 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1164  hypothetical protein  28.99 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4341  extra-cytoplasmic solute receptor  28.88 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4947  extra-cytoplasmic solute receptor  26.9 
 
 		 327 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0711  hypothetical protein  27.27 
 
 		 277 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.926486 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7081  hypothetical protein  25.6 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  26.15 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1913  hypothetical protein  28.05 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0165718  hitchhiker  0.00808178 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  27.57 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  26.38 
 
 		 331 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5896  hypothetical protein  29.18 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971815  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  27.48 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  28.01 
 
 		 316 aa  90.5  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5244  hypothetical protein  28.57 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  25.23 
 
 		 329 aa  90.5  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  28.03 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4354  hypothetical protein  26.65 
 
 		 327 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110423  normal  0.165755 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  27.24 
 
 		 345 aa  90.5  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  27.24 
 
 		 345 aa  90.1  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1812  hypothetical protein  26.79 
 
 		 326 aa  90.1  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3894  hypothetical protein  27.13 
 
 		 327 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367386  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3386  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 318 aa  90.1  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0125  hypothetical protein  25.24 
 
 		 332 aa  89.7  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  28.03 
 
 		 328 aa  90.1  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  27.71 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>