More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1220 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1220  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  675    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216947  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  39.76 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  40.85 
 
 		 337 aa  245  9e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  38.07 
 
 		 333 aa  245  9e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1853  hypothetical protein  39.51 
 
 		 337 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4493  hypothetical protein  41.39 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5726  hypothetical protein  40.89 
 
 		 328 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00555624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  38.49 
 
 		 341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2229  hypothetical protein  41.06 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0482  hypothetical protein  38.28 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3051  hypothetical protein  36.42 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  0.28827 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4224  hypothetical protein  36.52 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3098  hypothetical protein  33.33 
 
 		 329 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49783  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36130  hypothetical protein  32.23 
 
 		 365 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3081  hypothetical protein  33.33 
 
 		 337 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165969  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2078  hypothetical protein  32.11 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000784829  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  30.61 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  28.97 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  30.6 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  29.41 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7081  hypothetical protein  30.07 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  29.01 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2123  hypothetical protein  26.92 
 
 		 326 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.176092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0183  hypothetical protein  29.22 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0839  hypothetical protein  28.98 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00353012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5205  extra-cytoplasmic solute receptor  28.48 
 
 		 330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375676  normal  0.234222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1161  hypothetical protein  30.82 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000162598  normal  0.390366 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0967  tricarboxylate-binding protein  28.67 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  29.72 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1006  tricarboxylate-binding protein  27.65 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1011  putative lipoprotein  27.82 
 
 		 324 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.9236  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1091  putative lipoprotein  27.01 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  28.48 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4344  putative lipoprotein  28.27 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0136809  hitchhiker  0.000000000438941 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  28.76 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0813  hypothetical protein  28.57 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3968  hypothetical protein  28.85 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2828  hypothetical protein  30.51 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.384643  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  30.26 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1918  hypothetical protein  27.33 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549926  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3300  hypothetical protein  30 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.659933  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0265  hypothetical protein  30.33 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3931  hypothetical protein  24.92 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2501  hypothetical protein  30.82 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3545  hypothetical protein  30.95 
 
 		 350 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03750  extra-cytoplasmic solute receptor, Bug family  26.67 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.549978  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3657  hypothetical protein  26.93 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  27.94 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2106  hypothetical protein  26.13 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3047  hypothetical protein  26.94 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375233  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6308  hypothetical protein  26.21 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  27.94 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  27.69 
 
 		 324 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  27.69 
 
 		 324 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1070  hypothetical protein  28.12 
 
 		 332 aa  106  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.530289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2752  hypothetical protein  28.43 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.299516 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3913  extra-cytoplasmic solute receptor  27.64 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107287  normal  0.463561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  27.94 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2869  hypothetical protein  27.88 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1383  hypothetical protein  27.27 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3975  hypothetical protein  31.05 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  29.58 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1958  hypothetical protein  26.35 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.654771  normal  0.486973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  26.03 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  29.82 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  30.69 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6179  hypothetical protein  28.21 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  31.13 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4314  hypothetical protein  25.75 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.210006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2897  hypothetical protein  26.94 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0127604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2909  hypothetical protein  30.47 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2876  hypothetical protein  26.37 
 
 		 328 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.364701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4142  hypothetical protein  25.95 
 
 		 328 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.627286  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  29.24 
 
 		 326 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1717  hypothetical protein  28.62 
 
 		 330 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.169515  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3516  hypothetical protein  26.26 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000184229  normal  0.0629404 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4626  hypothetical protein  27.27 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2356  hypothetical protein  26.94 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.632454  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0871  putative lipoprotein  27.14 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0925  putative lipoprotein  27.14 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2390  hypothetical protein  27.59 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.410983  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  30.88 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  29.24 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2399  hypothetical protein  27.15 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1767  hypothetical protein  26.54 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0125693  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  29.25 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3711  hypothetical protein  28.9 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150567  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2040  hypothetical protein  27.82 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0456371 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0710  hypothetical protein  26.56 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5776  hypothetical protein  25.91 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138477 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2463  hypothetical protein  28.62 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1842  twin-arginine translocation pathway signal  25.17 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00400007  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4221  hypothetical protein  26.46 
 
 		 318 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.565673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0309  twin-arginine translocation pathway signal  29.1 
 
 		 328 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  28.47 
 
 		 325 aa  100  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  29.83 
 
 		 329 aa  99.8  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3173  hypothetical protein  26.22 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  29.49 
 
 		 356 aa  99.8  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  28.9 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>