More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3428 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  100 
 
 		 337 aa  689    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  90.21 
 
 		 337 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1853  hypothetical protein  83.68 
 
 		 337 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  65.44 
 
 		 341 aa  463  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2229  hypothetical protein  66.99 
 
 		 349 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0482  hypothetical protein  67.63 
 
 		 337 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4493  hypothetical protein  66.01 
 
 		 341 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  52.11 
 
 		 333 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3051  hypothetical protein  51.95 
 
 		 345 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  0.28827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5726  hypothetical protein  47.22 
 
 		 328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00555624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3081  hypothetical protein  42.53 
 
 		 337 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36130  hypothetical protein  41.72 
 
 		 365 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443052 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4224  hypothetical protein  43.87 
 
 		 328 aa  272  7e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3098  hypothetical protein  42.5 
 
 		 329 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49783  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1220  hypothetical protein  40.73 
 
 		 328 aa  242  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216947  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  34.55 
 
 		 336 aa  166  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  33.94 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  27.76 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2078  hypothetical protein  29.68 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000784829  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  28.86 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  29.11 
 
 		 346 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  28.06 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  29.72 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0298  hypothetical protein  28.76 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  28.71 
 
 		 328 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3545  hypothetical protein  30.1 
 
 		 350 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3931  hypothetical protein  30.58 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  27.33 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  29.68 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  27.33 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  29.8 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  28.25 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  30.72 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  30.79 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  28.94 
 
 		 324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4354  hypothetical protein  30.54 
 
 		 327 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110423  normal  0.165755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  26.45 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  28.71 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  27.52 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3300  hypothetical protein  26.38 
 
 		 326 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.659933  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0620  hypothetical protein  30.99 
 
 		 322 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  27.89 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  29.54 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  29.54 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  26.61 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  28.39 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  28.06 
 
 		 326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  28.06 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05850  hypothetical protein  27.87 
 
 		 325 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  30.15 
 
 		 321 aa  119  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  29.77 
 
 		 346 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3516  hypothetical protein  25.83 
 
 		 318 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000184229  normal  0.0629404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4232  TctC protein, putative  27.74 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1383  hypothetical protein  31.17 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  27.08 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  30.46 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3196  hypothetical protein  25.39 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0435858  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  30.27 
 
 		 329 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  28.48 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  30.07 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  26.48 
 
 		 329 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  29.5 
 
 		 356 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  27.68 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4766  hypothetical protein  27.74 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3966  hypothetical protein  27.1 
 
 		 325 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  28.53 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  27.78 
 
 		 322 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  27.78 
 
 		 322 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  29.47 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  27.24 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4284  hypothetical protein  27.66 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  26.15 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  27.04 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  26.81 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  25 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4947  extra-cytoplasmic solute receptor  28.53 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4416  hypothetical protein  25.3 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0361  hypothetical protein  26.69 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.662417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5896  hypothetical protein  29.61 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971815  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1767  hypothetical protein  26.81 
 
 		 327 aa  110  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0125693  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2898  tricarboxylic transport  27.38 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  27.71 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2930  tricarboxylic transport  27.38 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.559785  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2348  hypothetical protein  29.13 
 
 		 331 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  25.41 
 
 		 311 aa  109  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4413  hypothetical protein  30.39 
 
 		 302 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112259  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49460  tripartite tricarboxylate transporter periplasmic receptor protein  27.51 
 
 		 327 aa  109  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0378673  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1363  hypothetical protein  28.62 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  27.43 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54540  hypothetical protein  28.06 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000174239  normal  0.0908275 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2982  tricarboxylic transport  27.08 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.672552 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  26.91 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3085  tricarboxylic transport  27.08 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2965  tricarboxylic transport  27.08 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443141 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  25.9 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  26.07 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49490  Uncharacterized protein family UPF0065  26.56 
 
 		 325 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00178438  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  26.25 
 
 		 325 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.339531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>