More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3735 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
283 aa  560  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.153195  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
424 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
421 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
294 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  41.41 
 
 
417 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
597 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  40.35 
 
 
426 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
417 aa  171  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.95 
 
 
406 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
291 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
413 aa  169  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
606 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  37.55 
 
 
271 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  36.33 
 
 
300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
596 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
593 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
423 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
593 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
267 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
301 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.88 
 
 
301 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
588 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
420 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
418 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
290 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
420 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.2 
 
 
418 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
462 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
418 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
446 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
418 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
418 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
288 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
302 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
306 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542321  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
306 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
306 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
305 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
305 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
587 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
425 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.72 
 
 
314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
423 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.853337  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
424 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.67 
 
 
392 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
306 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0853398  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
416 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.66 
 
 
318 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  42.01 
 
 
422 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.23 
 
 
284 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  40.3 
 
 
303 aa  151  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
301 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
301 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
422 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
415 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
285 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.844332  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
301 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
415 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
301 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
591 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
290 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
422 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
420 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  38.37 
 
 
294 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
541 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
304 aa  149  4e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 
415 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.11 
 
 
308 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
308 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
308 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
308 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
433 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
430 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
309 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.71 
 
 
286 aa  149  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.95 
 
 
282 aa  148  8e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  148  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  148  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.95 
 
 
282 aa  148  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  148  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  40.83 
 
 
419 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.05 
 
 
415 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.35 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.211882  normal  0.367562 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 
301 aa  146  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.22 
 
 
306 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
301 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 
309 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
301 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>