More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2479 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4838  transketolase  55.56 
 
 		 665 aa  748    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02356  transketolase 2, thiamin-binding  53.47 
 
 		 667 aa  733    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02765  transketolase 1, thiamin-binding  52.33 
 
 		 663 aa  724    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0759  transketolase  52.33 
 
 		 663 aa  724    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1205  transketolase  53.47 
 
 		 667 aa  733    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3659  transketolase  54.94 
 
 		 664 aa  727    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.119403 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0788  transketolase  54.64 
 
 		 663 aa  741    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000527477  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4965  transketolase  55.56 
 
 		 665 aa  747    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0752  transketolase  54.26 
 
 		 664 aa  733    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394111  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3040  transketolase  54.75 
 
 		 670 aa  749    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0242601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3046  transketolase  54.75 
 
 		 670 aa  749    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.590988  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0224  transketolase  52.02 
 
 		 673 aa  710    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2750  transketolase  53.24 
 
 		 675 aa  684    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1042  transketolase  54.53 
 
 		 668 aa  728    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0651  transketolase  56.31 
 
 		 723 aa  768    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3872  transketolase  52.1 
 
 		 662 aa  721    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0339  transketolase  52.25 
 
 		 667 aa  710    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2594  transketolase  53.32 
 
 		 667 aa  731    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0930  transketolase  54.49 
 
 		 664 aa  732    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0385  transketolase  55.69 
 
 		 665 aa  758    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0715  transketolase  53.29 
 
 		 664 aa  706    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.582031 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3540  transketolase  54.94 
 
 		 664 aa  729    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0018246  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0192  transketolase  49.05 
 
 		 693 aa  653    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.123051 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3480  transketolase  52.85 
 
 		 664 aa  719    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.661363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0389  transketolase  52.1 
 
 		 690 aa  693    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0938  transketolase  50.37 
 
 		 681 aa  640    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2469  transketolase  52.1 
 
 		 690 aa  693    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0154  transketolase  49.77 
 
 		 668 aa  686    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0139  transketolase  49.17 
 
 		 668 aa  679    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03567  transketolase  53.89 
 
 		 675 aa  715    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4792  transketolase  54.94 
 
 		 665 aa  753    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646987 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1617  transketolase  53.02 
 
 		 665 aa  695    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.804069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3591  transketolase  51.89 
 
 		 668 aa  687    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0287801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3626  transketolase  51.43 
 
 		 690 aa  674    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.560894  normal  0.611761 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0827  transketolase  54.94 
 
 		 664 aa  728    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000324946  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2841  transketolase  53.16 
 
 		 677 aa  694    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0872  transketolase  55.09 
 
 		 664 aa  744    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0159  transketolase  52.77 
 
 		 661 aa  707    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3040  transketolase  55.82 
 
 		 666 aa  751    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06257  transketolase  53.29 
 
 		 668 aa  712    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3467  transketolase  52.25 
 
 		 690 aa  695    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2808  transketolase  53.68 
 
 		 665 aa  727    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000368556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5267  transketolase  54.65 
 
 		 681 aa  730    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2960  transketolase  53.47 
 
 		 662 aa  734    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.986583 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3722  transketolase  52.69 
 
 		 690 aa  698    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0227  transketolase  54.02 
 
 		 657 aa  733    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3431  transketolase  52.4 
 
 		 696 aa  696    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4319  transketolase  55.16 
 
 		 666 aa  736    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.658339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1249  transketolase  52.1 
 
 		 690 aa  693    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47821  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2631  transketolase  53.38 
 
 		 664 aa  704    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0244  transketolase  50.22 
 
 		 662 aa  684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179813  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1538  transketolase  52.25 
 
 		 666 aa  694    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0168278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0847  transketolase  54.41 
 
 		 664 aa  748    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3093  transketolase  52.33 
 
 		 663 aa  724    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3954  transketolase  52.85 
 
 		 664 aa  719    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0388  transketolase  54.16 
 
 		 671 aa  714    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4056  transketolase  48.69 
 
 		 681 aa  655    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2748  transketolase  52.4 
 
 		 690 aa  699    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.495668 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1195  transketolase  51.65 
 
 		 690 aa  673    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3269  transketolase  52.18 
 
 		 663 aa  724    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1984  transketolase  55.1 
 
 		 693 aa  679    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2479  transketolase  100 
 
 		 664 aa  1360    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3341  transketolase  52.63 
 
 		 663 aa  721    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0470091 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0472  transketolase  55.82 
 
 		 667 aa  744    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0841196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0874  transketolase  54.49 
 
 		 663 aa  740    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000542021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2759  transketolase  53.47 
 
 		 663 aa  727    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2249  transketolase  51.95 
 
 		 663 aa  718    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0965691  hitchhiker  0.0000320127 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4349  transketolase  47.42 
 
 		 693 aa  640    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.331421 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4827  transketolase  48.97 
 
 		 674 aa  649    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.827436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0565  transketolase  52.55 
 
 		 662 aa  677    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2448  transketolase  52.93 
 
 		 680 aa  691    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574393 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1083  transketolase  54.64 
 
 		 664 aa  738    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2743  transketolase  53.47 
 
 		 667 aa  733    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3353  transketolase  55.09 
 
 		 664 aa  742    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.741116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0353  transketolase  54.56 
 
 		 663 aa  686    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0384  transketolase  55.26 
 
 		 663 aa  748    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0638  transketolase  52.84 
 
 		 690 aa  704    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0364868  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1849  transketolase  52.42 
 
 		 665 aa  691    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.322822 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1513  transketolase  52.66 
 
 		 684 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00869632  decreased coverage  0.000119249 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2980  transketolase  53.89 
 
 		 659 aa  693    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0075  transketolase  49.17 
 
 		 665 aa  710    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0259  transketolase  49.7 
 
 		 680 aa  655    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.336202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3959  transketolase  50.52 
 
 		 678 aa  652    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3317  transketolase  52.1 
 
 		 675 aa  693    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0155  transketolase  52.84 
 
 		 690 aa  704    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2790  transketolase  51.12 
 
 		 692 aa  648    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0026  transketolase  53.68 
 
 		 694 aa  740    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0910343  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3330  transketolase  54.01 
 
 		 666 aa  732    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0024244  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0565  transketolase  53.61 
 
 		 680 aa  738    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0551  transketolase  52.55 
 
 		 662 aa  732    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3468  transketolase  52.25 
 
 		 690 aa  695    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0773  transketolase  54.94 
 
 		 664 aa  741    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0232346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3250  transketolase  55.09 
 
 		 664 aa  742    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.456833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2261  transketolase  54.71 
 
 		 666 aa  731    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2841  transketolase  55.24 
 
 		 665 aa  734    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0647  transketolase  53.89 
 
 		 680 aa  727    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000464673  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4585  transketolase  49.78 
 
 		 695 aa  656    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0538  transketolase  52.84 
 
 		 690 aa  704    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.242033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07130  transketolase  56.16 
 
 		 665 aa  768    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0458  transketolase  55.11 
 
 		 666 aa  738    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>