More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0556 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_13490  RNA-directed DNA polymerase  73.71 
 
 		 515 aa  794    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 549 aa  1144    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  56.3 
 
 		 560 aa  638    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  56.3 
 
 		 560 aa  638    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  57.33 
 
 		 571 aa  625  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0382  RNA-directed DNA polymerase  55.49 
 
 		 568 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3149  RNA-directed DNA polymerase  56.41 
 
 		 565 aa  626  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0475182  normal  0.0238901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07480  putative reverse transcriptase  55.96 
 
 		 561 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000108992  normal  0.278112 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  55.84 
 
 		 568 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2883  RNA-directed DNA polymerase  54.38 
 
 		 566 aa  597  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1354  RNA-directed DNA polymerase  60.88 
 
 		 495 aa  585  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1825  RNA-directed DNA polymerase  51.28 
 
 		 556 aa  585  1.0000000000000001e-165  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  58.58 
 
 		 495 aa  570  1e-161  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  57.32 
 
 		 503 aa  570  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0651  RNA-directed DNA polymerase  58.96 
 
 		 490 aa  558  1e-157  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.574697  normal  0.320741 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0650  RNA-directed DNA polymerase  58.28 
 
 		 495 aa  547  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.629453  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1820  RNA-directed DNA polymerase  58.28 
 
 		 495 aa  547  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000551323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7464  RNA-directed DNA polymerase  55.08 
 
 		 503 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.685667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0654  RNA-directed DNA polymerase  53.56 
 
 		 544 aa  543  1e-153  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0693  reverse transcriptase, putative  52.46 
 
 		 515 aa  537  1e-151  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.435415  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0995  reverse transcriptase  52.46 
 
 		 515 aa  537  1e-151  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1138  reverse transcriptase, putative  52.46 
 
 		 515 aa  537  1e-151  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24600  RNA-directed DNA polymerase  55.02 
 
 		 505 aa  528  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  51.66 
 
 		 569 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  50.55 
 
 		 585 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  50.18 
 
 		 585 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2118  RNA-directed DNA polymerase  54.76 
 
 		 490 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 585 aa  503  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0690  RNA-directed DNA polymerase  47.82 
 
 		 576 aa  496  1e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0182771  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2039  RNA-directed DNA polymerase  47.91 
 
 		 592 aa  497  1e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.328329  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06869  RNA-directed DNA polymerase  51.94 
 
 		 490 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0765  RNA-directed DNA polymerase  47.62 
 
 		 576 aa  495  9.999999999999999e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2004  RNA-directed DNA polymerase  47.62 
 
 		 576 aa  495  9.999999999999999e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02987  RNA-directed DNA polymerase  51.94 
 
 		 490 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06752  RNA-directed DNA polymerase  51.94 
 
 		 490 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2517  RNA-directed DNA polymerase  52.9 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.111335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0981  RNA-directed DNA polymerase  52.9 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2985  RNA-directed DNA polymerase  52.9 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3662  RNA-directed DNA polymerase  52.9 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0634868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4249  RNA-directed DNA polymerase  52.9 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0901  RNA-directed DNA polymerase  52.9 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06166  RNA-directed DNA polymerase  51.94 
 
 		 490 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01090  RNA-directed DNA polymerase  51.59 
 
 		 504 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08258  RNA-directed DNA polymerase  51.59 
 
 		 504 aa  486  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.867561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1438  RNA-directed DNA polymerase  52.29 
 
 		 490 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02583  RNA-directed DNA polymerase  51.59 
 
 		 504 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2712  RNA-directed DNA polymerase  52.29 
 
 		 490 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2561  RNA-directed DNA polymerase  52.29 
 
 		 490 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.181143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02012  RNA-directed DNA polymerase  52.04 
 
 		 489 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06798  RNA-directed DNA polymerase  52.04 
 
 		 489 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06596  RNA-directed DNA polymerase  52.04 
 
 		 489 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3486  RNA-directed DNA polymerase  52.16 
 
 		 490 aa  484  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2317  RNA-directed DNA polymerase  52.68 
 
 		 490 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.666083  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08274  RNA-directed DNA polymerase  51.38 
 
 		 489 aa  481  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02249  RNA-directed DNA polymerase  52.23 
 
 		 458 aa  468  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  49.78 
 
 		 492 aa  465  9.999999999999999e-131  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1207  RNA-directed DNA polymerase  49.46 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0557529  normal  0.0455501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2134  RNA-directed DNA polymerase  49.46 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.0852814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2646  RNA-directed DNA polymerase  49.68 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.807029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2784  RNA-directed DNA polymerase  49.68 
 
 		 490 aa  444  1e-123  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3124  RNA-directed DNA polymerase  51.04 
 
 		 487 aa  435  1e-121  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.125839  unclonable  0.0000204119 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  48.39 
 
 		 490 aa  431  1e-119  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3286  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.89 
 
 		 596 aa  382  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0460784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.45 
 
 		 602 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  39.06 
 
 		 635 aa  366  1e-100  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  38.7 
 
 		 635 aa  360  4e-98  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2962  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.24 
 
 		 607 aa  343  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1402  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.24 
 
 		 607 aa  343  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2964  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.24 
 
 		 607 aa  343  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1400  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.24 
 
 		 607 aa  343  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0240  RNA-directed DNA polymerase  38.45 
 
 		 634 aa  343  7e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.816988  normal  0.0174648 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3336  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.19 
 
 		 648 aa  341  2.9999999999999998e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.19 
 
 		 648 aa  341  2.9999999999999998e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239454 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0196  RNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 		 553 aa  330  4e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4335  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.85 
 
 		 661 aa  330  4e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3351  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.22 
 
 		 548 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.27608  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0075  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.22 
 
 		 548 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0014  RNA-directed DNA polymerase  36.77 
 
 		 627 aa  326  8.000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0033  RNA-directed DNA polymerase  36.77 
 
 		 627 aa  326  8.000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.590524 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0091  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.22 
 
 		 548 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0063  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.22 
 
 		 548 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.904418 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3429  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.22 
 
 		 548 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  38.22 
 
 		 548 aa  326  9e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3634  RNA-directed DNA polymerase  38.33 
 
 		 554 aa  324  2e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.668654 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4731  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.95 
 
 		 437 aa  315  9.999999999999999e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0426  RNA-directed DNA polymerase  34.29 
 
 		 589 aa  298  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.350523  decreased coverage  0.00346836 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06460  RNA-directed DNA polymerase  47.64 
 
 		 311 aa  280  4e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0432  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.36 
 
 		 502 aa  258  2e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0846  retron-type reverse transcriptase-like protein  60.8 
 
 		 227 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  38.94 
 
 		 483 aa  239  8e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  35.92 
 
 		 439 aa  228  2e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5242  RNA-directed DNA polymerase  35.28 
 
 		 587 aa  224  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06458  RNA-directed DNA polymerase  59.54 
 
 		 202 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4626  RNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 503 aa  199  9e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4498  RNA-directed DNA polymerase  30.07 
 
 		 504 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.431269  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4139  RNA-directed DNA polymerase  34.53 
 
 		 488 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6987  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.91 
 
 		 507 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4800  group II intron, maturase-specific  28.47 
 
 		 666 aa  193  8e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.256541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  36.3 
 
 		 454 aa  188  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0025  group II intron-encoded reverse transcriptase/maturase  30.42 
 
 		 507 aa  181  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>