More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0253 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 571 aa  1181    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2883  RNA-directed DNA polymerase  80.74 
 
 		 566 aa  956    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3149  RNA-directed DNA polymerase  81.77 
 
 		 565 aa  967    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0475182  normal  0.0238901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07480  putative reverse transcriptase  67.38 
 
 		 561 aa  792    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000108992  normal  0.278112 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  69.15 
 
 		 568 aa  820    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0382  RNA-directed DNA polymerase  64.36 
 
 		 568 aa  761    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 		 569 aa  625  1e-178  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  58.21 
 
 		 585 aa  627  1e-178  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  57.33 
 
 		 549 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  58.08 
 
 		 585 aa  623  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  57.95 
 
 		 585 aa  621  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  54 
 
 		 560 aa  588  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  54 
 
 		 560 aa  588  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13490  RNA-directed DNA polymerase  56.69 
 
 		 515 aa  574  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1354  RNA-directed DNA polymerase  55.63 
 
 		 495 aa  513  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0651  RNA-directed DNA polymerase  55.49 
 
 		 490 aa  511  1e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.574697  normal  0.320741 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0650  RNA-directed DNA polymerase  57.32 
 
 		 495 aa  507  9.999999999999999e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.629453  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1820  RNA-directed DNA polymerase  57.32 
 
 		 495 aa  507  9.999999999999999e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000551323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  54.35 
 
 		 495 aa  505  9.999999999999999e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7464  RNA-directed DNA polymerase  52.01 
 
 		 503 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.685667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24600  RNA-directed DNA polymerase  53.78 
 
 		 505 aa  493  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1825  RNA-directed DNA polymerase  44.42 
 
 		 556 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0654  RNA-directed DNA polymerase  49.7 
 
 		 544 aa  491  1e-137  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  53.86 
 
 		 503 aa  487  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_002978  WD0693  reverse transcriptase, putative  49.09 
 
 		 515 aa  473  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.435415  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0995  reverse transcriptase  49.09 
 
 		 515 aa  473  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1138  reverse transcriptase, putative  49.09 
 
 		 515 aa  473  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2118  RNA-directed DNA polymerase  48.51 
 
 		 490 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02987  RNA-directed DNA polymerase  48.2 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06752  RNA-directed DNA polymerase  48.2 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06166  RNA-directed DNA polymerase  48.2 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06869  RNA-directed DNA polymerase  48.2 
 
 		 490 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3662  RNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0634868 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01090  RNA-directed DNA polymerase  47.93 
 
 		 504 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2517  RNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.111335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0901  RNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4249  RNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2985  RNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08258  RNA-directed DNA polymerase  47.93 
 
 		 504 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.867561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02583  RNA-directed DNA polymerase  47.93 
 
 		 504 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0981  RNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08274  RNA-directed DNA polymerase  47.68 
 
 		 489 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3486  RNA-directed DNA polymerase  48.1 
 
 		 490 aa  438  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2712  RNA-directed DNA polymerase  49.47 
 
 		 490 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06596  RNA-directed DNA polymerase  47.17 
 
 		 489 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06798  RNA-directed DNA polymerase  47.47 
 
 		 489 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02012  RNA-directed DNA polymerase  47.17 
 
 		 489 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1438  RNA-directed DNA polymerase  49.47 
 
 		 490 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2561  RNA-directed DNA polymerase  49.47 
 
 		 490 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.181143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2317  RNA-directed DNA polymerase  47.54 
 
 		 490 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.666083  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2004  RNA-directed DNA polymerase  44.28 
 
 		 576 aa  425  1e-118  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  48.16 
 
 		 492 aa  424  1e-117  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0690  RNA-directed DNA polymerase  44.1 
 
 		 576 aa  423  1e-117  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0182771  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0765  RNA-directed DNA polymerase  44.28 
 
 		 576 aa  424  1e-117  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2039  RNA-directed DNA polymerase  44.1 
 
 		 592 aa  424  1e-117  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.328329  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02249  RNA-directed DNA polymerase  48.77 
 
 		 458 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  46.42 
 
 		 490 aa  398  1e-109  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1207  RNA-directed DNA polymerase  44.47 
 
 		 490 aa  390  1e-107  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0557529  normal  0.0455501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2134  RNA-directed DNA polymerase  44.47 
 
 		 490 aa  390  1e-107  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.0852814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2646  RNA-directed DNA polymerase  45.01 
 
 		 490 aa  390  1e-107  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.807029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2784  RNA-directed DNA polymerase  44.38 
 
 		 490 aa  391  1e-107  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3124  RNA-directed DNA polymerase  46.21 
 
 		 487 aa  384  1e-105  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.125839  unclonable  0.0000204119 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  38.14 
 
 		 635 aa  357  2.9999999999999997e-97  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  38.14 
 
 		 635 aa  357  3.9999999999999996e-97  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  37.46 
 
 		 602 aa  343  5.999999999999999e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0240  RNA-directed DNA polymerase  38.09 
 
 		 634 aa  337  5e-91  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.816988  normal  0.0174648 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2962  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.5 
 
 		 607 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3286  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.92 
 
 		 596 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0460784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1400  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.5 
 
 		 607 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2964  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.5 
 
 		 607 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1402  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.5 
 
 		 607 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3634  RNA-directed DNA polymerase  38.37 
 
 		 554 aa  328  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.668654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3336  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.73 
 
 		 648 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.73 
 
 		 648 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239454 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4335  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.2 
 
 		 661 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0426  RNA-directed DNA polymerase  34.77 
 
 		 589 aa  299  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.350523  decreased coverage  0.00346836 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0196  RNA-directed DNA polymerase  34.76 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  35.23 
 
 		 548 aa  289  9e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3429  reverse transcriptase/endonuclease protein  35.23 
 
 		 548 aa  289  9e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0075  reverse transcriptase/endonuclease protein  35.23 
 
 		 548 aa  289  9e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3351  reverse transcriptase/endonuclease protein  35.23 
 
 		 548 aa  289  9e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.27608  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0063  reverse transcriptase/endonuclease protein  35.23 
 
 		 548 aa  289  9e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.904418 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0091  reverse transcriptase/endonuclease protein  35.23 
 
 		 548 aa  289  9e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0014  RNA-directed DNA polymerase  33.75 
 
 		 627 aa  277  4e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0033  RNA-directed DNA polymerase  33.75 
 
 		 627 aa  277  4e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.590524 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4731  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.64 
 
 		 437 aa  274  4.0000000000000004e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0846  retron-type reverse transcriptase-like protein  57.94 
 
 		 227 aa  244  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06460  RNA-directed DNA polymerase  43.05 
 
 		 311 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0432  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.4 
 
 		 502 aa  239  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5242  RNA-directed DNA polymerase  36.12 
 
 		 587 aa  219  1e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  34.62 
 
 		 439 aa  213  4.9999999999999996e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 483 aa  200  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06458  RNA-directed DNA polymerase  55.75 
 
 		 202 aa  198  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4800  group II intron, maturase-specific  28.21 
 
 		 666 aa  194  5e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.256541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6987  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.47 
 
 		 507 aa  190  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1120  RNA-directed DNA polymerase  44.74 
 
 		 263 aa  187  6e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.803825  hitchhiker  0.00935106 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2439  RNA-directed DNA polymerase  44.74 
 
 		 263 aa  187  6e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2026  RNA-directed DNA polymerase  44.08 
 
 		 264 aa  183  7e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3857  reverse transcriptase/endonuclease protein  30.2 
 
 		 604 aa  177  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0470  RNA-directed DNA polymerase  44.3 
 
 		 262 aa  175  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>