More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1271 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1271  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 91 aa  183  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  91.55 
 
 		 313 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  91.55 
 
 		 314 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  90.14 
 
 		 314 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  79.45 
 
 		 308 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  81.69 
 
 		 308 aa  115  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  83.56 
 
 		 306 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  83.56 
 
 		 306 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  67.03 
 
 		 304 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  76.06 
 
 		 304 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  87.32 
 
 		 313 aa  105  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  78.08 
 
 		 301 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 320 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  83.56 
 
 		 312 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  84.51 
 
 		 313 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  83.56 
 
 		 314 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  83.56 
 
 		 310 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  82.19 
 
 		 314 aa  99.4  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  71.83 
 
 		 294 aa  98.2  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 296 aa  95.9  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  66.2 
 
 		 303 aa  94  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  66.2 
 
 		 302 aa  93.6  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  82.19 
 
 		 314 aa  93.6  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  76.71 
 
 		 303 aa  93.2  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2333  LysR family transcriptional regulator  64.79 
 
 		 98 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  79.45 
 
 		 331 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  64.79 
 
 		 296 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  66.2 
 
 		 303 aa  87.8  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  64.79 
 
 		 296 aa  88.2  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 326 aa  87.8  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  73.24 
 
 		 304 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  63.01 
 
 		 317 aa  84.3  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  63.01 
 
 		 302 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  59.15 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 295 aa  81.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  65.15 
 
 		 296 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  64.52 
 
 		 294 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 301 aa  81.6  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  56 
 
 		 303 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  56 
 
 		 301 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 301 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 299 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.33 
 
 		 304 aa  80.5  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 326 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 326 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 		 326 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 299 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 304 aa  80.1  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 299 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  56 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  57.58 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 303 aa  78.2  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 299 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 323 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 305 aa  77.8  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 315 aa  77.4  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 301 aa  77.4  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  53.33 
 
 		 306 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  63.08 
 
 		 294 aa  77  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  53.33 
 
 		 304 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 316 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  53.33 
 
 		 304 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  53.33 
 
 		 306 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  53.33 
 
 		 306 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  53.33 
 
 		 306 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 323 aa  76.6  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  53.33 
 
 		 306 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  53.33 
 
 		 306 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  54.93 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.22 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  51.43 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6393  LysR family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222603 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  51.43 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  51.43 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  54.29 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  62.9 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>