More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2659 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2659  hypothetical protein  100 
 
 
421 aa  846    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3196  hypothetical protein  61.71 
 
 
410 aa  538  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1430  hypothetical protein  64.3 
 
 
428 aa  526  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001465  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  54.24 
 
 
411 aa  464  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05402  hypothetical protein  53.27 
 
 
411 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2535  protein of unknown function DUF214  36.56 
 
 
412 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0435  hypothetical protein  29.58 
 
 
431 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131989  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5303  protein of unknown function DUF214  29.04 
 
 
830 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1663  protein of unknown function DUF214  30.89 
 
 
535 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2373  ABC-type transport system, permease component  30.68 
 
 
407 aa  156  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000351897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5041  putative ABC transporter, permease protein  27.14 
 
 
441 aa  153  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0434  hypothetical protein  27.49 
 
 
425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001464  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  27.43 
 
 
409 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2374  ABC-type transport system, permease component  29.56 
 
 
409 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000200206  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2497  hypothetical protein  29.17 
 
 
422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.536779  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1621  protein of unknown function DUF214  28.77 
 
 
404 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2534  protein of unknown function DUF214  28.61 
 
 
406 aa  139  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1801  protein of unknown function DUF214  28.61 
 
 
412 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2498  hypothetical protein  28.65 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00553555  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05401  hypothetical protein  26.24 
 
 
409 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2901  hypothetical protein  28.19 
 
 
411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0934048 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5042  ABC transporter, permease protein, putative  27.71 
 
 
415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2660  hypothetical protein  27.02 
 
 
410 aa  132  9e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3197  hypothetical protein  27.61 
 
 
427 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2395  hypothetical protein  27.23 
 
 
404 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.111806  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1429  hypothetical protein  27.3 
 
 
411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2903  hypothetical protein  27.98 
 
 
410 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1691  protein of unknown function DUF214  28.72 
 
 
295 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.132145  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2020  protein of unknown function DUF214  27.65 
 
 
411 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000619382  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23260  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  23.32 
 
 
419 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0369  hypothetical protein  27.6 
 
 
403 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23230  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  24.07 
 
 
419 aa  113  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000130781  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23240  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  22.14 
 
 
415 aa  106  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0758  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25.98 
 
 
420 aa  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00020569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2846  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.43 
 
 
408 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2530  hypothetical protein  25 
 
 
407 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0995274  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3444  putative ABC transporter permease protein  24.63 
 
 
389 aa  99.8  8e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0182994  normal  0.122472 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3383  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.88 
 
 
409 aa  99.8  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3445  hypothetical protein  23.4 
 
 
389 aa  99  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000235465  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0895  hypothetical protein  20.09 
 
 
400 aa  97.1  5e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00465052  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0889  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.47 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1986  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  27.42 
 
 
418 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.914701  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0613  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  26.37 
 
 
411 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000287642  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000978  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  25.88 
 
 
422 aa  94.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1310  hypothetical protein  22.28 
 
 
409 aa  94.4  4e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1171  hypothetical protein  25.68 
 
 
404 aa  93.6  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.267769  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0918  hypothetical protein  24.26 
 
 
389 aa  92.8  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1366  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.12 
 
 
408 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.217764  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2233  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.9 
 
 
409 aa  91.3  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1622  protein of unknown function DUF214  23.08 
 
 
413 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07028  efflux ABC transporter ATP-binding/permease  25 
 
 
422 aa  90.9  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1199  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.36 
 
 
416 aa  90.5  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.132324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29500  hypothetical protein  25.41 
 
 
416 aa  90.1  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2749  hypothetical protein  24.83 
 
 
409 aa  89  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0349567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1609  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.12 
 
 
414 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0146346  normal  0.0646675 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2994  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.79 
 
 
417 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3423  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.04 
 
 
416 aa  88.2  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3015  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.25 
 
 
420 aa  88.2  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0481  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  24.94 
 
 
414 aa  87.4  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1697  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.23 
 
 
413 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934342 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1763  putative ABC transporter, integral membrane protein  26.92 
 
 
422 aa  87.8  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.412712 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1040  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.5 
 
 
416 aa  87.8  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.678846 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0641  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.94 
 
 
414 aa  87.4  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.256103  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2654  ABC transporter, permease protein  23.73 
 
 
401 aa  87  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0708496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1673  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.08 
 
 
413 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.29195  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0837  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23 
 
 
416 aa  86.7  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0822431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3586  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25 
 
 
413 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2095  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.21 
 
 
421 aa  86.7  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00459774  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2257  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  23.15 
 
 
410 aa  86.7  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23270  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  21.45 
 
 
411 aa  86.3  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1178  hypothetical protein  28.64 
 
 
847 aa  86.3  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.883962  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2156  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.7 
 
 
413 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.775226  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1118  hypothetical protein  24.21 
 
 
661 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0279794 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3239  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.78 
 
 
424 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0892821  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2394  hypothetical protein  24.16 
 
 
406 aa  84.7  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48898  normal  0.587335 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0790  putative ABC transporter permease protein  25.6 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.119405 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2146  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.57 
 
 
414 aa  84.7  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.299394  normal  0.273871 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19660  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  21.95 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2285  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.06 
 
 
416 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0114014  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1056  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.23 
 
 
416 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.504254 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0960  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.56 
 
 
416 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.100135  normal  0.0249332 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2534  hypothetical protein  25.13 
 
 
416 aa  84.3  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176241  normal  0.761271 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1906  hypothetical protein  23.71 
 
 
414 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000396781  hitchhiker  0.00508578 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1781  lipoprotein releasing system  23.14 
 
 
424 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0490622  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1210  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.48 
 
 
418 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1098  hypothetical protein  23.34 
 
 
429 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0142755  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1172  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.82 
 
 
416 aa  82.8  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0830739  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1468  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.14 
 
 
420 aa  82  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5136  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.62 
 
 
422 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433144  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1541  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25.3 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.470748  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2748  putative lipoprotein releasing system transmembrane  23.26 
 
 
418 aa  82  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3231  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.62 
 
 
422 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.113164  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1734  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.26 
 
 
416 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00172788  normal  0.754695 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1117  lipoprotein releasing system transmembrane  22.74 
 
 
416 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0172186  normal  0.243011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2111  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE  24.47 
 
 
427 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.386264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0857  protein of unknown function DUF214  25 
 
 
459 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.20592  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0787  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.05 
 
 
411 aa  81.3  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000127174  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2395  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family protein  23.3 
 
 
413 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2397  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family protein  25.14 
 
 
414 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218063  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2199  hypothetical protein  23.24 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.748449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>