More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2374 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2374  ABC-type transport system, permease component  100 
 
 
409 aa  822    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000200206  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0434  hypothetical protein  30.66 
 
 
425 aa  195  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2498  hypothetical protein  30.62 
 
 
380 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00553555  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2534  protein of unknown function DUF214  31.68 
 
 
406 aa  176  9e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261611  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2373  ABC-type transport system, permease component  33.74 
 
 
407 aa  169  7e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000351897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5041  putative ABC transporter, permease protein  29.56 
 
 
441 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5042  ABC transporter, permease protein, putative  27.45 
 
 
415 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0435  hypothetical protein  29.36 
 
 
431 aa  158  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131989  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5303  protein of unknown function DUF214  30.05 
 
 
830 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1429  hypothetical protein  28.78 
 
 
411 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1430  hypothetical protein  28.09 
 
 
428 aa  143  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3196  hypothetical protein  27.87 
 
 
410 aa  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001465  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  28.54 
 
 
411 aa  139  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2660  hypothetical protein  30.09 
 
 
410 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001464  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  27.41 
 
 
409 aa  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2535  protein of unknown function DUF214  31.15 
 
 
412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2659  hypothetical protein  28.16 
 
 
421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3197  hypothetical protein  26.04 
 
 
427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05402  hypothetical protein  28.78 
 
 
411 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23230  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  24.41 
 
 
419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05401  hypothetical protein  26.17 
 
 
409 aa  126  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2497  hypothetical protein  26.89 
 
 
422 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.536779  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1691  protein of unknown function DUF214  31.77 
 
 
295 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.132145  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1801  protein of unknown function DUF214  26.57 
 
 
412 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000978  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  29.41 
 
 
422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1663  protein of unknown function DUF214  27.5 
 
 
535 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07028  efflux ABC transporter ATP-binding/permease  29.13 
 
 
422 aa  109  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0889  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.58 
 
 
411 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23260  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  24.83 
 
 
419 aa  106  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0613  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  27.64 
 
 
411 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000287642  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2542  hypothetical protein  25.51 
 
 
441 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.429279  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2994  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25.58 
 
 
417 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0758  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25.74 
 
 
420 aa  97.4  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00020569  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1366  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.29 
 
 
408 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.217764  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2901  hypothetical protein  26.23 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0934048 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1098  hypothetical protein  25.2 
 
 
429 aa  96.7  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0142755  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3479  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  27.12 
 
 
422 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.640884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2394  hypothetical protein  25.24 
 
 
406 aa  95.5  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48898  normal  0.587335 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2233  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25.9 
 
 
409 aa  94.7  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3239  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.49 
 
 
424 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0892821  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3015  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.78 
 
 
420 aa  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3444  putative ABC transporter permease protein  22.78 
 
 
389 aa  91.7  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0182994  normal  0.122472 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2903  hypothetical protein  28.1 
 
 
410 aa  91.7  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2438  hypothetical protein  28.9 
 
 
406 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2020  protein of unknown function DUF214  26.32 
 
 
411 aa  90.5  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000619382  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4409  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.05 
 
 
433 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0837  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.33 
 
 
416 aa  90.1  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0822431  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3383  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.7 
 
 
409 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2395  hypothetical protein  22.3 
 
 
404 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.111806  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3423  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.74 
 
 
416 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1293  efflux ABC transporter, permease protein  24.24 
 
 
436 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.353692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2530  hypothetical protein  27.22 
 
 
407 aa  87.4  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0995274  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0918  hypothetical protein  23.93 
 
 
389 aa  86.3  9e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1578  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.38 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0665062  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1765  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.56 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157209  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0383  hypothetical protein  26.99 
 
 
419 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1310  hypothetical protein  21.11 
 
 
409 aa  84.7  0.000000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1796  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.66 
 
 
439 aa  83.6  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.401704  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1563  protein of unknown function DUF214  23.44 
 
 
385 aa  83.2  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2846  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.36 
 
 
408 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1740  ABC transporter membrane spanning protein  21.75 
 
 
435 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147499  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2626  protein of unknown function DUF214  25.47 
 
 
467 aa  82.4  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1472  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit LolE  23.72 
 
 
414 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3827  hypothetical protein  24.83 
 
 
408 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2270  ABC transporter, permease protein  22.82 
 
 
423 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4227  hypothetical protein  24.76 
 
 
408 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.650749 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0224  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.32 
 
 
415 aa  82  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0795  ABC transporter, permease protein  22.19 
 
 
422 aa  82  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.372785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2395  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family protein  24.78 
 
 
413 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0489  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  26.59 
 
 
420 aa  82  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2259  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC, putative  25.3 
 
 
416 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3743  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.47 
 
 
410 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.14534  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7413  ABC efflux pump, inner membrane subunit  25.61 
 
 
405 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155043  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3567  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.39 
 
 
423 aa  80.9  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.756596  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0940  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  20.92 
 
 
415 aa  80.5  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1172  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.45 
 
 
416 aa  79.7  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0830739  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1117  lipoprotein releasing system transmembrane  23.93 
 
 
416 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0172186  normal  0.243011 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2829  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.51 
 
 
419 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.417689  normal  0.0183937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1747  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.6 
 
 
414 aa  79.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.726619  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1056  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  25 
 
 
416 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.504254 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3275  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.43 
 
 
422 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.314483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4145  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.9 
 
 
428 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1468  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.44 
 
 
420 aa  78.2  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23240  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  23.8 
 
 
415 aa  79  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1621  protein of unknown function DUF214  23.3 
 
 
404 aa  78.2  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1740  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.6 
 
 
411 aa  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1076  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.15 
 
 
416 aa  78.2  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0609031  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0369  hypothetical protein  22.05 
 
 
403 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1280  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.75 
 
 
434 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0107812  normal  0.317103 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1547  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.43 
 
 
417 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.124688  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1634  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.42 
 
 
417 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0870078  normal  0.876319 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1846  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  26.81 
 
 
427 aa  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.105079  normal  0.498084 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4530  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  21.39 
 
 
426 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1904  hypothetical protein  23.64 
 
 
416 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.745747  hitchhiker  0.00175073 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0402  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.35 
 
 
428 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0832  protein of unknown function DUF214  20.83 
 
 
417 aa  77  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01532  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit LolE  24.85 
 
 
407 aa  77  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0960  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.71 
 
 
416 aa  77  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.100135  normal  0.0249332 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2095  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.28 
 
 
421 aa  77  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00459774  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1040  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.65 
 
 
416 aa  77  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.678846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>