186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3412 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3412  NERD domain-containing protein  100 
 
 		 722 aa  1499    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3704  hypothetical protein  29.21 
 
 		 351 aa  139  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.687667  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0831  hypothetical protein  19.51 
 
 		 869 aa  65.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0159  hypothetical protein  23.86 
 
 		 815 aa  57  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1538  SEC-C motif domain protein  22.74 
 
 		 822 aa  54.7  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.685502  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3971  preprotein translocase subunit SecA  50 
 
 		 872 aa  52.8  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000111083  unclonable  0.000000000374715 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2483  preprotein translocase, SecA subunit  49.06 
 
 		 859 aa  52  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2456  yecA family protein  51.28 
 
 		 228 aa  50.8  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0229  preprotein translocase subunit SecA  64.29 
 
 		 896 aa  49.7  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0140186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  81.82 
 
 		 235 aa  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0667  SEC-C motif domain protein  78.26 
 
 		 421 aa  49.7  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000105843  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2556  SEC-C motif domain protein  69.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0466  preprotein translocase subunit SecA  80.95 
 
 		 888 aa  49.3  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0238  hypothetical protein  78.26 
 
 		 830 aa  49.3  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0889025  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1794  preprotein translocase subunit SecA  65.52 
 
 		 894 aa  48.9  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00704006  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0052  preprotein translocase, SecA subunit  80.95 
 
 		 866 aa  48.9  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2011  preprotein translocase subunit SecA  51.22 
 
 		 836 aa  49.3  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1048  SecC motif-containing protein  51.16 
 
 		 161 aa  48.5  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1146  SecC motif-containing protein  80.95 
 
 		 1277 aa  48.5  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3417  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0477  preprotein translocase subunit SecA  76.19 
 
 		 897 aa  48.9  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000253416  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0943  SecC motif-containing protein  70.37 
 
 		 291 aa  48.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000368461  hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8691  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase B subunit-like protein  22.49 
 
 		 944 aa  48.5  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2104  preprotein translocase, SecA subunit  46.15 
 
 		 848 aa  48.1  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2224  YgfB and YecA  76.19 
 
 		 239 aa  48.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.358802 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3327  protein translocase subunit secA  71.43 
 
 		 901 aa  47.8  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2027  preprotein translocase, SecA subunit  80 
 
 		 933 aa  47.8  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.942365  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18560  SEC-C motif domain protein  45 
 
 		 535 aa  48.1  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2086  protein translocase subunit secA  71.43 
 
 		 909 aa  47.8  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2443  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 912 aa  47.8  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163659  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1385  preprotein translocase subunit SecA  72.73 
 
 		 910 aa  47.8  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4386  transporter  85 
 
 		 228 aa  47.8  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387377  normal  0.216789 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2565  SEC-C motif domain protein  69.23 
 
 		 161 aa  47.8  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2203  hypothetical protein  70.83 
 
 		 155 aa  47.4  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  31.67 
 
 		 267 aa  47.4  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1888  hypothetical protein  66.67 
 
 		 168 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.188129 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0369  preprotein translocase, SecA subunit  73.91 
 
 		 1136 aa  47  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1865  hypothetical protein  67.65 
 
 		 159 aa  46.6  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5240  preprotein translocase, SecA subunit  52.78 
 
 		 1067 aa  47.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0916466  normal  0.569995 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1860  hypothetical protein  67.65 
 
 		 159 aa  46.6  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  76.19 
 
 		 221 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2323  preprotein translocase subunit SecA  65.52 
 
 		 896 aa  47  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1603  SEC-C motif domain protein  68.18 
 
 		 291 aa  47  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0528578 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0205  SecC motif-containing protein  64.29 
 
 		 162 aa  47.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1082  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 864 aa  47  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  75 
 
 		 910 aa  47  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  80.95 
 
 		 875 aa  47  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1882  hypothetical protein  66.67 
 
 		 168 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.974002  normal  0.355304 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3156  SecC motif-containing protein  68.18 
 
 		 293 aa  46.6  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  76.19 
 
 		 221 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  76.19 
 
 		 221 aa  47  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1429  SEC-C motif domain protein  80 
 
 		 384 aa  47.4  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2859  yecA family protein  40.35 
 
 		 249 aa  47.4  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.448598  normal  0.212674 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  76.19 
 
 		 221 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1113  SecC motif-containing protein  80 
 
 		 618 aa  46.6  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  76.19 
 
 		 221 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2368  preprotein translocase, SecA subunit  48.65 
 
 		 1200 aa  47.4  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.464933  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1290  SEC-C motif domain protein  77.27 
 
 		 457 aa  47.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.98442e-32 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1859  preprotein translocase subunit SecA  80 
 
 		 869 aa  47  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0385967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1573  hypothetical protein  66.67 
 
 		 168 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.9407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1945  hypothetical protein  66.67 
 
 		 168 aa  47.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1631  SecC motif-containing protein  68.18 
 
 		 291 aa  47  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783853  normal  0.0894126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1718  hypothetical protein  66.67 
 
 		 159 aa  46.6  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0110448  normal  0.691398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01209  hypothetical protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.728151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5550  SEC-C motif domain protein  71.43 
 
 		 296 aa  46.2  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2416  SEC-C motif domain protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000597111  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04358  preprotein translocase subunit SecA  46.34 
 
 		 912 aa  46.6  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1419  preprotein translocase subunit SecA  46.15 
 
 		 896 aa  46.6  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2485  preprotein translocase subunit SecA  38.71 
 
 		 917 aa  46.2  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00468846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1982  SEC-C domain-containing protein  80 
 
 		 166 aa  46.2  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0152  preprotein translocase subunit SecA  65.38 
 
 		 901 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  76.19 
 
 		 718 aa  46.2  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3769  SecC motif-containing protein  71.43 
 
 		 378 aa  46.2  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00054409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3195  preprotein translocase subunit SecA  60.71 
 
 		 837 aa  46.6  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1913  SEC-C motif domain protein  68.18 
 
 		 291 aa  46.6  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4216  SecC motif-containing protein  80 
 
 		 162 aa  46.2  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.900488  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0244  yecA family protein  71.43 
 
 		 253 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1908  hypothetical protein  66.67 
 
 		 159 aa  46.6  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0591101  normal  0.221603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0060  hypothetical protein  64.29 
 
 		 167 aa  46.2  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000251524  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4747  preprotein translocase, SecA subunit  75 
 
 		 834 aa  46.2  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000758665  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2490  hypothetical protein  76.19 
 
 		 222 aa  46.6  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1398  hypothetical protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3378  preprotein translocase subunit SecA  51.72 
 
 		 904 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000297957  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2278  hypothetical protein  25.71 
 
 		 155 aa  46.2  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167317  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01219  hypothetical protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.598325  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2394  hypothetical protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000143297 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1341  hypothetical protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00535372  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1382  hypothetical protein  66.67 
 
 		 152 aa  46.6  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.159988  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0460  SEC-C motif domain protein  80 
 
 		 156 aa  46.6  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.439567  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  60 
 
 		 237 aa  46.2  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2909  preprotein translocase subunit SecA  51.72 
 
 		 904 aa  45.8  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00674204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3509  preprotein translocase subunit SecA  51.72 
 
 		 904 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259592  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3351  SEC-C motif domain protein  75 
 
 		 731 aa  45.4  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1898  preprotein translocase subunit SecA  66.67 
 
 		 922 aa  45.4  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1299  SEC-C domain-containing protein  52.94 
 
 		 162 aa  45.8  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0448026  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1390  hypothetical protein  66.67 
 
 		 168 aa  45.8  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.334198  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2780  SecC motif-containing protein  75 
 
 		 291 aa  45.8  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.307535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  65.22 
 
 		 838 aa  45.4  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0190  preprotein translocase, SecA subunit  75 
 
 		 921 aa  45.8  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.893566  normal  0.461403 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3211  SEC-C motif domain protein  75 
 
 		 731 aa  45.4  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.777206  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0739  SecC motif-containing protein  76.19 
 
 		 96 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>