More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1113 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1113  SecC motif-containing protein  100 
 
 		 618 aa  1243    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0071  SEC-C motif domain protein  35.97 
 
 		 593 aa  345  1e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1793  hypothetical protein  25.85 
 
 		 579 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0647755  hitchhiker  0.00106985 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0477  preprotein translocase subunit SecA  57.14 
 
 		 897 aa  58.5  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000253416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4747  preprotein translocase, SecA subunit  52.27 
 
 		 834 aa  57.4  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000758665  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2011  preprotein translocase subunit SecA  86.36 
 
 		 836 aa  55.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0369  preprotein translocase, SecA subunit  74.07 
 
 		 1136 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0238  hypothetical protein  87.5 
 
 		 830 aa  55.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0889025  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4386  transporter  86.96 
 
 		 228 aa  56.2  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387377  normal  0.216789 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3971  preprotein translocase subunit SecA  86.36 
 
 		 872 aa  55.5  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000111083  unclonable  0.000000000374715 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1429  SEC-C motif domain protein  49.06 
 
 		 384 aa  55.5  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0466  preprotein translocase subunit SecA  90.91 
 
 		 888 aa  55.5  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1082  preprotein translocase subunit SecA  90.48 
 
 		 864 aa  54.7  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0229  preprotein translocase subunit SecA  90.48 
 
 		 896 aa  54.7  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0140186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0052  preprotein translocase, SecA subunit  95.24 
 
 		 866 aa  54.7  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2104  preprotein translocase, SecA subunit  90.48 
 
 		 848 aa  54.3  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0190  preprotein translocase, SecA subunit  73.08 
 
 		 921 aa  54.3  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.893566  normal  0.461403 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2368  preprotein translocase, SecA subunit  81.82 
 
 		 1200 aa  53.9  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.464933  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1863  SecC motif-containing protein  31.9 
 
 		 800 aa  53.9  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  81.82 
 
 		 910 aa  53.9  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3769  SecC motif-containing protein  86.36 
 
 		 378 aa  53.9  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00054409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4216  SecC motif-containing protein  95.24 
 
 		 162 aa  53.5  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.900488  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0849  SEC-C motif domain protein  90.48 
 
 		 170 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.132285  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2323  preprotein translocase subunit SecA  86.36 
 
 		 896 aa  53.5  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1982  SEC-C domain-containing protein  95.24 
 
 		 166 aa  53.5  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  81.82 
 
 		 838 aa  53.5  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1709  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 858 aa  53.5  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.283153  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2086  protein translocase subunit secA  75 
 
 		 909 aa  53.5  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511235 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18560  SEC-C motif domain protein  86.36 
 
 		 535 aa  53.5  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3540  preprotein translocase subunit SecA  41.94 
 
 		 905 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1390  hypothetical protein  58.33 
 
 		 168 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.334198  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1680  preprotein translocase subunit SecA  57.89 
 
 		 842 aa  52.4  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1961  hypothetical protein  86.36 
 
 		 155 aa  52.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1945  hypothetical protein  58.33 
 
 		 168 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2873  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 844 aa  53.1  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3831  preprotein translocase subunit SecA  41.94 
 
 		 905 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0539  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 932 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117164  normal  0.600522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1888  hypothetical protein  58.33 
 
 		 168 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.188129 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3654  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 932 aa  52.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321986  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2456  yecA family protein  85.71 
 
 		 228 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2234  protein translocase subunit secA  58.33 
 
 		 908 aa  52.4  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0826801  normal  0.15252 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1370  SecC motif-containing protein  95.24 
 
 		 135 aa  52.4  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0646  preprotein translocase, SecA subunit  75 
 
 		 881 aa  52.8  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2027  preprotein translocase, SecA subunit  75 
 
 		 933 aa  52.8  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.942365  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0087  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 932 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2483  preprotein translocase, SecA subunit  90.48 
 
 		 859 aa  53.1  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2203  hypothetical protein  86.36 
 
 		 155 aa  52.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1882  hypothetical protein  58.33 
 
 		 168 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.974002  normal  0.355304 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1573  hypothetical protein  58.33 
 
 		 168 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.9407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0569  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 932 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3195  preprotein translocase subunit SecA  77.27 
 
 		 837 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3327  protein translocase subunit secA  66.67 
 
 		 901 aa  53.1  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0362  preprotein translocase subunit SecA  55 
 
 		 908 aa  52.8  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0221508  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2156  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 833 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0244  yecA family protein  90.48 
 
 		 253 aa  53.1  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01209  hypothetical protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.728151  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2416  SEC-C motif domain protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000597111  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5295  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5038  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4868  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52.4  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4883  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52.4  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.638638  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0938  preprotein translocase subunit SecA  26.06 
 
 		 884 aa  52  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5277  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52.4  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000840877 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01219  hypothetical protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.598325  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1018  preprotein translocase subunit SecA  86.36 
 
 		 1017 aa  52.4  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00760005  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5421  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2485  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 917 aa  52  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00468846  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2394  hypothetical protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000143297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  85.71 
 
 		 235 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5650  preprotein translocase subunit SecA  27.34 
 
 		 835 aa  52  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000356308 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1398  hypothetical protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03250  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 902 aa  52  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1382  hypothetical protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.159988  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1718  hypothetical protein  58.33 
 
 		 159 aa  52  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0110448  normal  0.691398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1341  hypothetical protein  58.33 
 
 		 152 aa  52  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00535372  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5352  preprotein translocase subunit SecA  28.12 
 
 		 835 aa  52.4  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1908  hypothetical protein  58.33 
 
 		 159 aa  52  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0591101  normal  0.221603 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2443  preprotein translocase subunit SecA  77.27 
 
 		 912 aa  52  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163659  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  51.22 
 
 		 232 aa  52.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  51.22 
 
 		 232 aa  52.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1898  preprotein translocase subunit SecA  81.82 
 
 		 922 aa  51.6  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0420  preprotein translocase subunit SecA  42.86 
 
 		 844 aa  51.6  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.737547  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3445  preprotein translocase subunit SecA  55.26 
 
 		 907 aa  51.6  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000355256  hitchhiker  0.0000512951 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0390  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 953 aa  51.6  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5307  preprotein translocase subunit SecA  27.34 
 
 		 835 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0205  SecC motif-containing protein  81.82 
 
 		 162 aa  51.6  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0526  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 947 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.723301  normal  0.383723 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7588  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 950 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.334261 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2827  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 932 aa  52  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0342  SEC-C motif domain protein  73.08 
 
 		 276 aa  51.6  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0940465  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1865  SecC motif-containing protein  86.36 
 
 		 257 aa  51.6  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.356111  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0511  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 946 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1385  preprotein translocase subunit SecA  51.28 
 
 		 910 aa  52  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0353  SecC motif-containing protein  73.08 
 
 		 276 aa  51.6  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1794  preprotein translocase subunit SecA  77.27 
 
 		 894 aa  51.2  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00704006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0530  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 946 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.630171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0299  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 946 aa  51.6  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129971 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3289  SEC-C motif domain protein  70.37 
 
 		 164 aa  51.2  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111655  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5497  preprotein translocase subunit SecA  70.83 
 
 		 915 aa  51.2  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.441973  normal  0.259871 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0959  SEC-C motif domain protein  70.37 
 
 		 164 aa  51.6  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.510797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>