More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2836 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  520  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.194663  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5935  FixR protein  33.33 
 
 
282 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
250 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
306 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.487588 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
288 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  30.16 
 
 
258 aa  118  7e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0956  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
290 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449608  normal  0.117901 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.795595  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0621  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.167858  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
265 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0113148 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2625  acetoacetyl-CoA reductase  32.13 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4082  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.55 
 
 
244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.858342  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3821  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00400497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
262 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.473951 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
273 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 
254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
249 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
240 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0328303  normal  0.0791888 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
244 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0960196  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
251 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.307403 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
262 aa  111  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  30.36 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1349  acetyacetyl-CoA reductase  32.27 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0325  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.47 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145907  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1358  acetyacetyl-CoA reductase  32.53 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2462  short-chain dehydrogenase  32.68 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1067  Short-chain alcohol dehydrogenase  32.81 
 
 
258 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71076  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1204  Short-chain dehydrogenase/reductase  31.27 
 
 
258 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  31.33 
 
 
261 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
243 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0711669 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0924  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.4 
 
 
246 aa  110  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1585  acetyacetyl-CoA reductase  32.27 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.0323128 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.91 
 
 
271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1914  acetyacetyl-CoA reductase  32.27 
 
 
246 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.263338  normal  0.044907 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
250 aa  109  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
254 aa  109  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
256 aa  109  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.262642  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.43 
 
 
266 aa  109  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
244 aa  109  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 
258 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
285 aa  108  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  32.92 
 
 
297 aa  108  6e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
263 aa  108  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.24 
 
 
246 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4933  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
262 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.545921 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
251 aa  108  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.347308 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 
269 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
267 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3122  acetoacetyl-CoA reductase  32.03 
 
 
246 aa  107  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.868541  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
249 aa  107  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6281  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
242 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
275 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
260 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
259 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
261 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
254 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
245 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
255 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.84 
 
 
246 aa  107  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
285 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
258 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  31.05 
 
 
257 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  32.27 
 
 
251 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.99 
 
 
285 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
263 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
254 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
285 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  30.59 
 
 
257 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.15 
 
 
257 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.15 
 
 
257 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0283  short chain dehydrogenase  28.68 
 
 
259 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.879782  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1633  acetyacetyl-CoA reductase  32.67 
 
 
246 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.389319 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1627  short chain dehydrogenase  28.68 
 
 
259 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  30.24 
 
 
260 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
251 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.437087  decreased coverage  0.00119468 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1330  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.38 
 
 
240 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 
255 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
251 aa  106  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2467  acetoacetyl-CoA reductase  34.96 
 
 
241 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0113  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.76 
 
 
268 aa  107  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0686594  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2649  short chain dehydrogenase  28.68 
 
 
259 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>