More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0017 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011204  SeD_B0017  virulence genes transcriptional activator  100 
 
 		 324 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0789  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02752  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0772  transcriptional regulator, LysR family  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3056  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.711321 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3247  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3079  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02715  hypothetical protein  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3344  transcriptional regulator, LysR family  30.09 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 312 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1887  transcriptional regulator of LysR family protein  35.29 
 
 		 308 aa  53.5  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  0.0439695 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 295 aa  53.5  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 295 aa  53.5  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 300 aa  53.5  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0204  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 320 aa  53.1  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0533244  normal  0.505533 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2176  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 299 aa  53.1  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 291 aa  52.8  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 307 aa  52.4  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 302 aa  52.4  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 334 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.77 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 335 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 300 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 303 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.77 
 
 		 301 aa  50.4  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 307 aa  50.4  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 344 aa  50.4  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  22.28 
 
 		 305 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 296 aa  50.4  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  38.36 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  49.7  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.36 
 
 		 313 aa  50.1  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4666  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 307 aa  49.7  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 295 aa  50.1  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 296 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.96 
 
 		 307 aa  49.7  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 309 aa  50.1  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 298 aa  49.7  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  49.7  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3664  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 296 aa  49.3  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0148  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  49.7  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0716986  decreased coverage  0.0000000188935 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  41.94 
 
 		 300 aa  49.3  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 301 aa  49.7  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2451  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 318 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  31.11 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 300 aa  48.5  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 303 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 339 aa  48.5  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3664  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 297 aa  48.9  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  47.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4633  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.949623  normal  0.676677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0794  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 393 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.576117  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 306 aa  48.5  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 293 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  24.66 
 
 		 304 aa  48.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0572  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 297 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0935642  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.94 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0156  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 299 aa  47.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 316 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 292 aa  48.5  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 305 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 		 305 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 293 aa  47.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  40.32 
 
 		 300 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  24.22 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 292 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>