More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3954 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3954  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  441  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001039  transcriptional regulator  67 
 
 		 228 aa  282  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 349 aa  92.8  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1462  ThiJ/PfpI domain protein  32.82 
 
 		 208 aa  92.4  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0961162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0489  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 325 aa  84.3  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9264  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  28.88 
 
 		 328 aa  82  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.341665 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 319 aa  81.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  30.81 
 
 		 314 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2623  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.1 
 
 		 242 aa  81.6  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0079  ThiJ/PfpI domain protein  28.43 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.245604  normal  0.248016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1857  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.114565  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5782  ThiJ/PfpI domain-containing protein  29.44 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639034  hitchhiker  0.00267139 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3414  hypothetical protein  32.32 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.30652  normal  0.0495124 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  31.52 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  28.98 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2739  ThiJ/PfpI  32.46 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.446828 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1218  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 324 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  31.15 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4080  transcriptional regulator  26.7 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3202  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125903  unclonable  0.000000000016632 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2364  transcriptional regulator, AraC family  30.9 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000189765 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5828  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488143 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2164  ThiJ/PfpI domain protein  28.35 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000571514 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  28.99 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2904  ThiJ/PfpI domain-containing protein  29.17 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  30.46 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2168  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1008  Fis family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 346 aa  75.1  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254492 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5148  AraC family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 328 aa  75.1  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0642429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 330 aa  75.1  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0475  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 350 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625315  normal  0.0311111 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3587  transcriptional activator FtrA  29.79 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3598  transcriptional regulator, AraC family  28.5 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167816  normal  0.0986203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3530  ThiJ/PfpI domain-containing protein  28.35 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2631  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0133443  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0228  ThiJ/PfpI domain protein  27.05 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000506965  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2051  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0974748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3225  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.448526 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1495  ThiJ/PfpI domain-containing protein  25.91 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  28.57 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1334  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1271  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  0.171456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 324 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4043  transcriptional regulator, AraC family  30.81 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0813  hypothetical protein  28.65 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.396328  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0488  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 342 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1581  ThiJ/PfpI domain-containing protein  25.65 
 
 		 193 aa  72  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.816456  normal  0.183616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2954  ThiJ/PfpI family protein  31.61 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0165103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3963  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 335 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2951  ThiJ/PfpI domain protein  27.75 
 
 		 254 aa  72  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.0783376 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  29.05 
 
 		 327 aa  72  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2581  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.898766  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3836  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 335 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2626  ThiJ/PfpI domain-containing protein  26.04 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.618286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 324 aa  71.6  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  37.38 
 
 		 330 aa  71.6  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 319 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  29.59 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2521  ThiJ/PfpI  29.53 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.572774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3780  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15150  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.414846  hitchhiker  0.0000298096 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>