More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4002 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
311 aa  620  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
311 aa  620  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  76.77 
 
 
310 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  58.69 
 
 
312 aa  348  9e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  58.69 
 
 
312 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  55.59 
 
 
331 aa  333  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  57.28 
 
 
324 aa  327  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  58.47 
 
 
312 aa  319  3e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  55.41 
 
 
322 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  54.84 
 
 
315 aa  318  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  48.72 
 
 
322 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  49.84 
 
 
338 aa  276  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  50.48 
 
 
322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
324 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
324 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  47.81 
 
 
327 aa  272  6e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  50.48 
 
 
338 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  50.63 
 
 
338 aa  270  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  48.72 
 
 
322 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  50.16 
 
 
387 aa  265  8e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  48.88 
 
 
334 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  46.43 
 
 
342 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  47.71 
 
 
316 aa  260  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  46.79 
 
 
335 aa  260  3e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  45.78 
 
 
314 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 
314 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1652  AraC family transcriptional regulator  49.35 
 
 
327 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
343 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  49.84 
 
 
369 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  49.84 
 
 
369 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  49.84 
 
 
374 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
346 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
346 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
346 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  44.62 
 
 
325 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  50.32 
 
 
320 aa  249  5e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  44.48 
 
 
311 aa  249  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  50.32 
 
 
320 aa  249  5e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  45.45 
 
 
315 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  44.16 
 
 
331 aa  244  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  44.09 
 
 
319 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  43.65 
 
 
313 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  45.6 
 
 
318 aa  241  9e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  45.11 
 
 
322 aa  241  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  46.2 
 
 
338 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  44.81 
 
 
312 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 
317 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  45.4 
 
 
318 aa  239  5e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  44.37 
 
 
328 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 
316 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  45.08 
 
 
318 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  43.77 
 
 
317 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 
316 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 
316 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 
321 aa  236  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  43.18 
 
 
319 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  43.46 
 
 
317 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  44.51 
 
 
321 aa  236  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 
321 aa  236  4e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 
338 aa  236  4e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  46.56 
 
 
311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  42.77 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  43.83 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  41.51 
 
 
341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 
348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 
315 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 
321 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 
321 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  42.77 
 
 
321 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  43.83 
 
 
315 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  43.83 
 
 
315 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  45.81 
 
 
315 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  45.57 
 
 
327 aa  231  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
319 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  46.1 
 
 
318 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  45.63 
 
 
318 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0160  transcriptional regulator, AraC family  44.38 
 
 
323 aa  230  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0641212  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 
321 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 
321 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  43.23 
 
 
319 aa  229  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 
313 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
330 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  42.14 
 
 
329 aa  229  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  43.91 
 
 
328 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  45.48 
 
 
315 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  42.27 
 
 
339 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
321 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
321 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 
341 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 
332 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  40.44 
 
 
336 aa  225  6e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  43.26 
 
 
336 aa  223  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  40.06 
 
 
358 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 
321 aa  222  6e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 
336 aa  222  7e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  42.32 
 
 
362 aa  222  7e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5267  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.589428 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 
326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  44.41 
 
 
321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>