More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3030 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
312 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  83.33 
 
 
312 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  81.29 
 
 
322 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  72.35 
 
 
312 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  63.02 
 
 
324 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  56.45 
 
 
315 aa  333  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  58.36 
 
 
311 aa  332  5e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  58.36 
 
 
311 aa  332  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  55.88 
 
 
310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  53.42 
 
 
331 aa  308  5.9999999999999995e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  50.97 
 
 
311 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  53.23 
 
 
320 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  53.23 
 
 
320 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  50.16 
 
 
314 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  48.71 
 
 
313 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
322 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  48.23 
 
 
324 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  47.91 
 
 
324 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  48.23 
 
 
324 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  46.77 
 
 
322 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  48.73 
 
 
317 aa  268  8.999999999999999e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  50.49 
 
 
311 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  47.92 
 
 
314 aa  268  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  48.23 
 
 
334 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  48.55 
 
 
327 aa  264  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  45.98 
 
 
315 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  47.12 
 
 
312 aa  262  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  47.1 
 
 
322 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  48.73 
 
 
317 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  48.88 
 
 
316 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  46.62 
 
 
315 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  46.62 
 
 
315 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  46.62 
 
 
315 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  45.81 
 
 
319 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  46.82 
 
 
342 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  47.91 
 
 
338 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  47.91 
 
 
387 aa  255  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  47.74 
 
 
322 aa  255  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  47.3 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  48.4 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  47.3 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  46.33 
 
 
330 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  46.01 
 
 
319 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  47.76 
 
 
318 aa  253  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  47.76 
 
 
318 aa  252  7e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  47.91 
 
 
318 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  48.39 
 
 
338 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  46.79 
 
 
320 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  46.96 
 
 
313 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  47.59 
 
 
315 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  46.35 
 
 
321 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  46.33 
 
 
323 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  46.95 
 
 
315 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 
316 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  47.27 
 
 
338 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 
316 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 
316 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  46.03 
 
 
318 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
346 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
343 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  48.55 
 
 
369 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
346 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  48.55 
 
 
369 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  48.55 
 
 
374 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 
346 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  43.71 
 
 
335 aa  239  5e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  44.09 
 
 
321 aa  238  9e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  45.13 
 
 
317 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 
318 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4876  AraC family transcriptional regulator  49.51 
 
 
321 aa  235  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395791  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1652  AraC family transcriptional regulator  48.05 
 
 
327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  42.9 
 
 
319 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0874  AraC family transcriptional regulator  42.77 
 
 
334 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 
321 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  42.68 
 
 
325 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.42 
 
 
321 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  41.35 
 
 
325 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  43.59 
 
 
338 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  40.97 
 
 
316 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4441  AraC family transcriptional regulator  44.52 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  38.39 
 
 
334 aa  219  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  45.22 
 
 
351 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  41.03 
 
 
349 aa  218  8.999999999999998e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 
339 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 
320 aa  217  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2581  AraC family transcriptional regulator  43.69 
 
 
325 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0339755  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2990  transcriptional regulator  37.99 
 
 
320 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  39.23 
 
 
332 aa  215  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  39.87 
 
 
362 aa  215  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  40.06 
 
 
319 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  39.44 
 
 
336 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  39.56 
 
 
341 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 
338 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  37.5 
 
 
316 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>