204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0231 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0231  putative release factor H-coupled RctB family protein  100 
 
 		 188 aa  390  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0262  hypothetical protein  97.7 
 
 		 388 aa  351  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0267  hypothetical protein  97.7 
 
 		 388 aa  351  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0289  hypothetical protein  91.95 
 
 		 379 aa  332  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15887 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0344  hypothetical protein  75.86 
 
 		 379 aa  279  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.119955  normal  0.8307 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0363  hypothetical protein  75.86 
 
 		 379 aa  279  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0348  hypothetical protein  75.86 
 
 		 379 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0353  hypothetical protein  75.86 
 
 		 379 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0355  hypothetical protein  75.86 
 
 		 379 aa  279  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000772132 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72210  hypothetical protein  63.64 
 
 		 379 aa  217  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6268  hypothetical protein  63.64 
 
 		 379 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01749  hypothetical protein  58.62 
 
 		 379 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.447388  normal  0.514599 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3596  hypothetical protein  57.47 
 
 		 373 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3438  hypothetical protein  58.05 
 
 		 373 aa  194  8.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4862  hypothetical protein  53.18 
 
 		 382 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0844197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3903  release factor H-coupled RctB family protein  50 
 
 		 392 aa  187  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0221573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2460  release factor H-coupled RctB family protein  51.08 
 
 		 384 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0331  hypothetical protein  49.7 
 
 		 410 aa  152  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0728371 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0280  release factor H-coupled RctB family protein  94.2 
 
 		 84 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.638866 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00230  hypothetical protein  94.2 
 
 		 88 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00233  hypothetical protein  94.2 
 
 		 88 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0759  release factor H-coupled RctB family protein  41.14 
 
 		 357 aa  132  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1125  hypothetical protein  41.67 
 
 		 379 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3283  release factor H-coupled RctB family protein  39.23 
 
 		 407 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.812621  normal  0.065367 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0241  hypothetical protein  39.55 
 
 		 396 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2040  hypothetical protein  38.42 
 
 		 395 aa  106  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.943911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1757  protein of unknown function UPF0027  29.25 
 
 		 473 aa  79.3  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5608  hypothetical protein  30.14 
 
 		 511 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.30311  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0742  hypothetical protein  31.48 
 
 		 486 aa  75.1  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22420  hypothetical protein  27.15 
 
 		 447 aa  74.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_727  hypothetical protein  29.63 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0186  hypothetical protein  32.09 
 
 		 480 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.490529  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1472  hypothetical protein  30.14 
 
 		 474 aa  73.6  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1281  hypothetical protein  32.09 
 
 		 480 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.141518  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0875  hypothetical protein  27.54 
 
 		 443 aa  73.2  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0703  hypothetical protein  29.25 
 
 		 480 aa  73.2  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3181  hypothetical protein  29.11 
 
 		 477 aa  72.4  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2009  hypothetical protein  32.58 
 
 		 396 aa  72  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0383885  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1426  hypothetical protein  30.59 
 
 		 474 aa  72  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2758  protein of unknown function UPF0027  28.37 
 
 		 486 aa  71.2  0.000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0799133  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23210  hypothetical protein  32.61 
 
 		 398 aa  71.2  0.000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280562  normal  0.598303 
 
 
-
 
NC_002936  DET0823  hypothetical protein  31.13 
 
 		 486 aa  70.9  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.521188  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0269  hypothetical protein  29.7 
 
 		 482 aa  70.5  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0639  hypothetical protein  28.3 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0637  hypothetical protein  30.7 
 
 		 480 aa  69.7  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0603804  normal  0.09209 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0477  hypothetical protein  26.87 
 
 		 473 aa  68.9  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2615  protein of unknown function UPF0027  29.8 
 
 		 369 aa  68.6  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000177521 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0576  hypothetical protein  30.16 
 
 		 401 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1864  hypothetical protein  25.11 
 
 		 484 aa  68.2  0.00000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000183648  normal  0.470127 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1279  protein of unknown function UPF0027  32.14 
 
 		 372 aa  68.2  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000928274  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2291  protein of unknown function UPF0027  33.33 
 
 		 475 aa  67.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.607361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2024  protein of unknown function UPF0027  28.44 
 
 		 502 aa  67.4  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.724572  normal  0.445146 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1252  hypothetical protein  27.93 
 
 		 500 aa  67  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2089  hypothetical protein  32.02 
 
 		 478 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2904  hypothetical protein  31.61 
 
 		 470 aa  67  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0776011 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4745  hypothetical protein  32.56 
 
 		 473 aa  67  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256245  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2571  hypothetical protein  30.52 
 
 		 477 aa  67.4  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.444433  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1945  protein of unknown function UPF0027  28.11 
 
 		 482 aa  67  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0738266  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1475  protein of unknown function UPF0027  31.28 
 
 		 384 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60650  hypothetical protein  28.8 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2355  hypothetical protein  28.89 
 
 		 486 aa  66.6  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.314227  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0681  hypothetical protein  29.05 
 
 		 472 aa  66.6  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1792  hypothetical protein  29.38 
 
 		 477 aa  66.2  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.873352 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4449  hypothetical protein  32.07 
 
 		 395 aa  65.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.317252 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1018  protein of unknown function UPF0027  27.57 
 
 		 477 aa  65.5  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.725171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05440  hypothetical protein  31.41 
 
 		 407 aa  65.1  0.0000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2207  hypothetical protein  29.25 
 
 		 486 aa  65.1  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0112717  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0414  protein of unknown function UPF0027  27.01 
 
 		 488 aa  64.7  0.0000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.042837  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0543  protein of unknown function UPF0027  31.21 
 
 		 388 aa  64.3  0.0000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1651  hypothetical protein  29.41 
 
 		 478 aa  64.7  0.0000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1193  hypothetical protein  28.26 
 
 		 408 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2449  protein of unknown function UPF0027  30 
 
 		 402 aa  64.3  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.995987  normal  0.287762 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1873  hypothetical protein  31.91 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3701  RtcB protein  28.88 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0858  hypothetical protein  28.72 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121475 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0127  protein of unknown function UPF0027  27.48 
 
 		 486 aa  63.5  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5225  hypothetical protein  28.26 
 
 		 404 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891662  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0293  protein of unknown function UPF0027  28.34 
 
 		 408 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0966  protein of unknown function UPF0027  29.15 
 
 		 484 aa  62.8  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1946  hypothetical protein  29.19 
 
 		 409 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0019  hypothetical protein  28.77 
 
 		 480 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140083  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2835  hypothetical protein  29.71 
 
 		 470 aa  62.8  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1752  hypothetical protein  27.31 
 
 		 460 aa  62.8  0.000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.000000573149  normal  0.0520768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3896  RtcB protein  28.34 
 
 		 408 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5947  hypothetical protein  27.32 
 
 		 395 aa  62  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.9215  normal  0.0109632 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0235  protein of unknown function UPF0027  27.72 
 
 		 406 aa  62.4  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4729  RtcB protein  28.34 
 
 		 408 aa  62  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2770  protein of unknown function UPF0027  30.99 
 
 		 393 aa  62.4  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3890  RtcB protein  27.81 
 
 		 405 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2183  protein of unknown function UPF0027  26.98 
 
 		 451 aa  62  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00364968  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2560  protein of unknown function UPF0027  26.39 
 
 		 488 aa  62  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3720  conserved protein RtcB  27.27 
 
 		 405 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3458  hypothetical protein  31.75 
 
 		 463 aa  62  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.235018  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1374  hypothetical protein  27.93 
 
 		 473 aa  61.6  0.000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0293  hypothetical protein  27.96 
 
 		 408 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.973171 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3827  hypothetical protein  27.81 
 
 		 405 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3618  RtcB protein  27.96 
 
 		 408 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03272  hypothetical protein  27.96 
 
 		 408 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103712  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03224  hypothetical protein  27.96 
 
 		 408 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0813124  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0480  hypothetical protein  28.15 
 
 		 484 aa  61.6  0.000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.188355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>