218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0331 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0331  hypothetical protein  100 
 
 		 410 aa  850    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0728371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3903  release factor H-coupled RctB family protein  48.72 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0221573 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72210  hypothetical protein  49.35 
 
 		 379 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3438  hypothetical protein  46.53 
 
 		 373 aa  349  4e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6268  hypothetical protein  48.31 
 
 		 379 aa  349  6e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01749  hypothetical protein  47.16 
 
 		 379 aa  348  8e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.447388  normal  0.514599 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3596  hypothetical protein  46.02 
 
 		 373 aa  345  6e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4862  hypothetical protein  46.04 
 
 		 382 aa  340  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0844197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0289  hypothetical protein  46.89 
 
 		 379 aa  328  8e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15887 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0262  hypothetical protein  47.4 
 
 		 388 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0344  hypothetical protein  44.7 
 
 		 379 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.119955  normal  0.8307 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0363  hypothetical protein  44.7 
 
 		 379 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0267  hypothetical protein  47.14 
 
 		 388 aa  325  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0353  hypothetical protein  44.44 
 
 		 379 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0355  hypothetical protein  44.62 
 
 		 379 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000772132 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0348  hypothetical protein  44.44 
 
 		 379 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2460  release factor H-coupled RctB family protein  42.67 
 
 		 384 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0759  release factor H-coupled RctB family protein  37.47 
 
 		 357 aa  273  6e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1125  hypothetical protein  41.42 
 
 		 379 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0241  hypothetical protein  38.21 
 
 		 396 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2040  hypothetical protein  38.34 
 
 		 395 aa  224  3e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.943911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3283  release factor H-coupled RctB family protein  35.23 
 
 		 407 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.812621  normal  0.065367 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0231  putative release factor H-coupled RctB family protein  49.7 
 
 		 188 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22420  hypothetical protein  28.95 
 
 		 447 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0681  hypothetical protein  28.1 
 
 		 472 aa  130  4.0000000000000003e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2560  protein of unknown function UPF0027  26.07 
 
 		 488 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1757  protein of unknown function UPF0027  26.42 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1453  hypothetical protein  29.82 
 
 		 482 aa  124  4e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0205  hypothetical protein  30.37 
 
 		 440 aa  122  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.044781  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2904  hypothetical protein  28.02 
 
 		 470 aa  120  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0776011 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0858  hypothetical protein  27.92 
 
 		 404 aa  121  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121475 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2024  protein of unknown function UPF0027  27.59 
 
 		 502 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.724572  normal  0.445146 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1426  hypothetical protein  26.56 
 
 		 474 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1472  hypothetical protein  26.56 
 
 		 474 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1306  protein of unknown function UPF0027  28.26 
 
 		 439 aa  120  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560605 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2758  protein of unknown function UPF0027  25.76 
 
 		 486 aa  119  7.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0799133  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2009  hypothetical protein  27.34 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0383885  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3926  hypothetical protein  27.12 
 
 		 407 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.449305  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0703  hypothetical protein  24.95 
 
 		 480 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0477  hypothetical protein  24.67 
 
 		 473 aa  117  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2151  hypothetical protein  28.79 
 
 		 476 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0986  hypothetical protein  26.38 
 
 		 479 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2089  hypothetical protein  26.75 
 
 		 478 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1281  hypothetical protein  25.06 
 
 		 480 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.141518  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2125  hypothetical protein  28.85 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0155  protein of unknown function UPF0027  26.68 
 
 		 462 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00324351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5869  hypothetical protein  27.59 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1279  protein of unknown function UPF0027  28.89 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000928274  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2207  hypothetical protein  26.65 
 
 		 486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0112717  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0013  protein of unknown function UPF0027  26.65 
 
 		 407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0186  hypothetical protein  25.06 
 
 		 480 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.490529  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1265  RtcB  27.63 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.268683  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1273  hypothetical protein  27.17 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0966  protein of unknown function UPF0027  25.62 
 
 		 484 aa  114  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0637  hypothetical protein  24.94 
 
 		 480 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0603804  normal  0.09209 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3119  hypothetical protein  27.03 
 
 		 388 aa  113  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5339  hypothetical protein  27.27 
 
 		 384 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.535527  normal  0.804772 
 
 
-
 
NC_002936  DET0823  hypothetical protein  27.37 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.521188  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1252  hypothetical protein  25.5 
 
 		 500 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0946  hypothetical protein  26.84 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.504697  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1651  hypothetical protein  26.75 
 
 		 478 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0903  hypothetical protein  27.97 
 
 		 475 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354068  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12650  hypothetical protein  27.52 
 
 		 432 aa  110  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000105377  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0835  hypothetical protein  28.35 
 
 		 465 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.500441  normal  0.402596 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2571  hypothetical protein  27.25 
 
 		 477 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.444433  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0576  hypothetical protein  26.3 
 
 		 401 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1864  hypothetical protein  26.39 
 
 		 484 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000183648  normal  0.470127 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3181  hypothetical protein  28.38 
 
 		 477 aa  110  5e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03272  hypothetical protein  26 
 
 		 408 aa  110  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103712  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03224  hypothetical protein  26 
 
 		 408 aa  110  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0813124  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4795  protein of unknown function UPF0027  27.29 
 
 		 481 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2183  protein of unknown function UPF0027  25.23 
 
 		 451 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00364968  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4745  hypothetical protein  27.32 
 
 		 473 aa  110  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256245  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1475  protein of unknown function UPF0027  26.17 
 
 		 384 aa  109  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2130  protein of unknown function UPF0027  26.75 
 
 		 398 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3271  protein of unknown function UPF0027  25.93 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0127  protein of unknown function UPF0027  26.08 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1792  hypothetical protein  28.57 
 
 		 477 aa  109  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.873352 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3896  RtcB protein  25.53 
 
 		 408 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0293  hypothetical protein  25.76 
 
 		 408 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.973171 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1873  hypothetical protein  26.56 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3890  RtcB protein  25.53 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0989  protein of unknown function UPF0027  25.93 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3618  RtcB protein  25.76 
 
 		 408 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0293  protein of unknown function UPF0027  25.76 
 
 		 408 aa  108  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3555  hypothetical protein  27.03 
 
 		 466 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.771976  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3587  hypothetical protein  26.51 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.588472 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1711  protein of unknown function UPF0027  26.63 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4729  RtcB protein  24.59 
 
 		 408 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2355  hypothetical protein  25.98 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.314227  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0224  RTCB protein  26.7 
 
 		 406 aa  106  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3701  RtcB protein  25.06 
 
 		 408 aa  106  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1934  protein of unknown function UPF0027  26.22 
 
 		 410 aa  106  8e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3418  hypothetical protein  26.92 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1946  hypothetical protein  25.72 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1473  hypothetical protein  24.71 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.375634  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60650  hypothetical protein  25.3 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3720  conserved protein RtcB  24.52 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3827  hypothetical protein  24.28 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3458  hypothetical protein  26.78 
 
 		 463 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.235018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>