221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3438 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3438  hypothetical protein  100 
 
 		 373 aa  770    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3596  hypothetical protein  96.51 
 
 		 373 aa  745    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01749  hypothetical protein  65.43 
 
 		 379 aa  501  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.447388  normal  0.514599 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72210  hypothetical protein  65.52 
 
 		 379 aa  494  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6268  hypothetical protein  65.08 
 
 		 379 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4862  hypothetical protein  58.99 
 
 		 382 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0844197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0355  hypothetical protein  59.84 
 
 		 379 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000772132 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0363  hypothetical protein  59.84 
 
 		 379 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0353  hypothetical protein  59.84 
 
 		 379 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0348  hypothetical protein  59.84 
 
 		 379 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0344  hypothetical protein  59.57 
 
 		 379 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.119955  normal  0.8307 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0289  hypothetical protein  57.67 
 
 		 379 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15887 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0262  hypothetical protein  57.14 
 
 		 388 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0267  hypothetical protein  56.88 
 
 		 388 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3903  release factor H-coupled RctB family protein  52.19 
 
 		 392 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0221573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2460  release factor H-coupled RctB family protein  54.95 
 
 		 384 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0331  hypothetical protein  46.53 
 
 		 410 aa  349  4e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0728371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1125  hypothetical protein  42.74 
 
 		 379 aa  275  9e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0759  release factor H-coupled RctB family protein  37.85 
 
 		 357 aa  268  2e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0241  hypothetical protein  41.19 
 
 		 396 aa  241  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2040  hypothetical protein  41.07 
 
 		 395 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.943911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3283  release factor H-coupled RctB family protein  37.11 
 
 		 407 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.812621  normal  0.065367 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0231  putative release factor H-coupled RctB family protein  58.05 
 
 		 188 aa  194  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1279  protein of unknown function UPF0027  30.53 
 
 		 372 aa  150  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000928274  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4449  hypothetical protein  30.23 
 
 		 395 aa  146  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.317252 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2758  protein of unknown function UPF0027  30.4 
 
 		 486 aa  145  9e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0799133  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23210  hypothetical protein  31.58 
 
 		 398 aa  145  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280562  normal  0.598303 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0858  hypothetical protein  31.03 
 
 		 404 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121475 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3555  hypothetical protein  28.48 
 
 		 466 aa  142  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.771976  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1475  protein of unknown function UPF0027  31.51 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0487  protein of unknown function UPF0027  29.44 
 
 		 411 aa  139  7e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0875  hypothetical protein  26.93 
 
 		 443 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1711  protein of unknown function UPF0027  31.83 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0639  hypothetical protein  30.5 
 
 		 399 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2449  protein of unknown function UPF0027  29.93 
 
 		 402 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.995987  normal  0.287762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0235  protein of unknown function UPF0027  30.62 
 
 		 406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22420  hypothetical protein  28.83 
 
 		 447 aa  136  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0404  hypothetical protein  29.2 
 
 		 411 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1273  hypothetical protein  29.54 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2560  protein of unknown function UPF0027  29.73 
 
 		 488 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2130  hypothetical protein  30.69 
 
 		 399 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.549422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3926  hypothetical protein  31.63 
 
 		 407 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.449305  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2130  protein of unknown function UPF0027  32.28 
 
 		 398 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5869  hypothetical protein  30.88 
 
 		 409 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05440  hypothetical protein  30.52 
 
 		 407 aa  133  6e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2770  protein of unknown function UPF0027  29.06 
 
 		 393 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0576  hypothetical protein  29.66 
 
 		 401 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0835  hypothetical protein  27.83 
 
 		 465 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.500441  normal  0.402596 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1873  hypothetical protein  31.08 
 
 		 398 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0012  protein of unknown function UPF0027  30.62 
 
 		 409 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4421  protein of unknown function UPF0027  30.29 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1934  protein of unknown function UPF0027  29.02 
 
 		 410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209355  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0224  RTCB protein  29.03 
 
 		 406 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03272  hypothetical protein  29.54 
 
 		 408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103712  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03224  hypothetical protein  29.54 
 
 		 408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0813124  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3896  RtcB protein  29.47 
 
 		 408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1281  hypothetical protein  27.09 
 
 		 480 aa  129  6e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.141518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3701  RtcB protein  29.23 
 
 		 408 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2355  hypothetical protein  30.92 
 
 		 486 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.314227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0293  protein of unknown function UPF0027  29.47 
 
 		 408 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0293  hypothetical protein  29.47 
 
 		 408 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.973171 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3618  RtcB protein  29.47 
 
 		 408 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3740  protein of unknown function UPF0027  32.96 
 
 		 466 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.349709  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4729  RtcB protein  29.47 
 
 		 408 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1306  protein of unknown function UPF0027  30.13 
 
 		 439 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0013  protein of unknown function UPF0027  28.85 
 
 		 407 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0186  hypothetical protein  27.09 
 
 		 480 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.490529  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2009  hypothetical protein  30 
 
 		 396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0383885  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1472  hypothetical protein  27.81 
 
 		 474 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2265  protein of unknown function UPF0027  28.61 
 
 		 397 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000176241  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1357  hypothetical protein  28.61 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0530  protein of unknown function UPF0027  28.78 
 
 		 393 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1473  hypothetical protein  29.34 
 
 		 410 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.375634  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3720  conserved protein RtcB  29.58 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0127  protein of unknown function UPF0027  27.48 
 
 		 486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3587  hypothetical protein  29.9 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.588472 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3827  hypothetical protein  29.58 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0273  Fis family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000862524 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1411  protein of unknown function UPF0027  30.15 
 
 		 395 aa  126  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0164259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3890  RtcB protein  29.34 
 
 		 405 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1426  hypothetical protein  27.59 
 
 		 474 aa  126  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0637  hypothetical protein  26.8 
 
 		 480 aa  126  7e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0603804  normal  0.09209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0678  hypothetical protein  29.76 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3893  protein of unknown function UPF0027  30.6 
 
 		 406 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2417  hypothetical protein  29.41 
 
 		 428 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0769394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4671  hypothetical protein  29.06 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.653476  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3692  hypothetical protein  29.06 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0498  hypothetical protein  30.46 
 
 		 430 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1193  hypothetical protein  29.06 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1792  hypothetical protein  29.82 
 
 		 477 aa  125  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.873352 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0155  protein of unknown function UPF0027  26.87 
 
 		 462 aa  124  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00324351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3801  RtcB protein  29.1 
 
 		 408 aa  124  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.586783  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1946  hypothetical protein  28.5 
 
 		 409 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3829  hypothetical protein  29.06 
 
 		 407 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2904  hypothetical protein  29.09 
 
 		 470 aa  123  5e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0776011 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60650  hypothetical protein  30.1 
 
 		 404 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5947  hypothetical protein  28.39 
 
 		 395 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.9215  normal  0.0109632 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2571  hypothetical protein  27.09 
 
 		 477 aa  122  9e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.444433  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1651  hypothetical protein  28.35 
 
 		 478 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5339  hypothetical protein  28.64 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.535527  normal  0.804772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>