218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3890 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03272  hypothetical protein  88.24 
 
 		 408 aa  764    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103712  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0293  protein of unknown function UPF0027  88.24 
 
 		 408 aa  762    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3890  RtcB protein  100 
 
 		 405 aa  852    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3827  hypothetical protein  99.26 
 
 		 405 aa  845    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0224  RTCB protein  73.02 
 
 		 406 aa  634    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0404  hypothetical protein  73.65 
 
 		 411 aa  645    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03224  hypothetical protein  88.24 
 
 		 408 aa  764    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0813124  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3720  conserved protein RtcB  98.77 
 
 		 405 aa  841    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0293  hypothetical protein  88.24 
 
 		 408 aa  762    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.973171 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3801  RtcB protein  87.5 
 
 		 408 aa  756    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.586783  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0487  protein of unknown function UPF0027  73.02 
 
 		 411 aa  639    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4729  RtcB protein  87.75 
 
 		 408 aa  759    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3701  RtcB protein  88.24 
 
 		 408 aa  763    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3618  RtcB protein  88.24 
 
 		 408 aa  762    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3896  RtcB protein  88.24 
 
 		 408 aa  763    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0013  protein of unknown function UPF0027  70.79 
 
 		 407 aa  614  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5869  hypothetical protein  71.71 
 
 		 409 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1946  hypothetical protein  70.47 
 
 		 409 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1193  hypothetical protein  70.99 
 
 		 408 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5225  hypothetical protein  70.74 
 
 		 404 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.891662  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2417  hypothetical protein  68.97 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0769394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4671  hypothetical protein  68.97 
 
 		 407 aa  594  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.653476  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60650  hypothetical protein  70.48 
 
 		 404 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3692  hypothetical protein  68.97 
 
 		 407 aa  594  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0576  hypothetical protein  70 
 
 		 401 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3587  hypothetical protein  68.4 
 
 		 411 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.588472 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3829  hypothetical protein  68.47 
 
 		 407 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5432  hypothetical protein  68.64 
 
 		 407 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0678  hypothetical protein  65.27 
 
 		 412 aa  571  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1473  hypothetical protein  64.63 
 
 		 410 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.375634  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4421  protein of unknown function UPF0027  65.84 
 
 		 407 aa  564  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0498  hypothetical protein  63.08 
 
 		 430 aa  550  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0235  protein of unknown function UPF0027  62.56 
 
 		 406 aa  543  1e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1273  hypothetical protein  64.21 
 
 		 409 aa  522  1e-147  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0858  hypothetical protein  57.24 
 
 		 404 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121475 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3893  protein of unknown function UPF0027  56.62 
 
 		 406 aa  456  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0273  Fis family transcriptional regulator  55.5 
 
 		 398 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000862524 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1873  hypothetical protein  54.3 
 
 		 398 aa  431  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1711  protein of unknown function UPF0027  54.43 
 
 		 398 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2130  protein of unknown function UPF0027  53.88 
 
 		 398 aa  421  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3418  hypothetical protein  49.28 
 
 		 393 aa  387  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0530  protein of unknown function UPF0027  49.15 
 
 		 393 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2770  protein of unknown function UPF0027  51.19 
 
 		 393 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4449  hypothetical protein  50 
 
 		 395 aa  384  1e-105  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.317252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1475  protein of unknown function UPF0027  50.89 
 
 		 384 aa  380  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1357  hypothetical protein  50.5 
 
 		 395 aa  378  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23210  hypothetical protein  48.81 
 
 		 398 aa  369  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.280562  normal  0.598303 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3926  hypothetical protein  47.91 
 
 		 407 aa  369  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.449305  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0639  hypothetical protein  49.16 
 
 		 399 aa  368  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826954  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1411  protein of unknown function UPF0027  47.52 
 
 		 395 aa  359  6e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0164259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1410  protein of unknown function UPF0027  49.48 
 
 		 389 aa  357  1.9999999999999998e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0288746 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2265  protein of unknown function UPF0027  46.53 
 
 		 397 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000176241  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2449  protein of unknown function UPF0027  48.37 
 
 		 402 aa  351  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.995987  normal  0.287762 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0012  protein of unknown function UPF0027  47.89 
 
 		 409 aa  351  1e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0543  protein of unknown function UPF0027  48.83 
 
 		 388 aa  350  2e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3119  hypothetical protein  46.74 
 
 		 388 aa  348  8e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5947  hypothetical protein  47.3 
 
 		 395 aa  347  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.9215  normal  0.0109632 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1934  protein of unknown function UPF0027  47.01 
 
 		 410 aa  345  8.999999999999999e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3677  protein of unknown function UPF0027  46.89 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1716  protein of unknown function UPF0027  46.52 
 
 		 390 aa  338  9.999999999999999e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.115138  normal  0.0983851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5339  hypothetical protein  46.23 
 
 		 384 aa  331  2e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.535527  normal  0.804772 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05440  hypothetical protein  46.29 
 
 		 407 aa  324  2e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4478  protein of unknown function UPF0027  45.11 
 
 		 394 aa  322  9.000000000000001e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00757416 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1675  protein of unknown function UPF0027  48.65 
 
 		 715 aa  313  4.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.445004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1648  protein of unknown function UPF0027  48.65 
 
 		 715 aa  312  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2009  hypothetical protein  42.61 
 
 		 396 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0383885  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1279  protein of unknown function UPF0027  34.67 
 
 		 372 aa  207  4e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000928274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2835  hypothetical protein  34.5 
 
 		 470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4745  hypothetical protein  34.61 
 
 		 473 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256245  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3385  protein of unknown function UPF0027  33.42 
 
 		 462 aa  189  8e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.67035  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3458  hypothetical protein  33.93 
 
 		 463 aa  185  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.235018  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1492  protein of unknown function UPF0027  34.1 
 
 		 512 aa  179  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00457459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2291  protein of unknown function UPF0027  33.5 
 
 		 475 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.607361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2130  hypothetical protein  35.05 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.549422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2904  hypothetical protein  34.77 
 
 		 470 aa  172  6.999999999999999e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0776011 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3800  protein of unknown function UPF0027  31.46 
 
 		 391 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0804  hypothetical protein  33.33 
 
 		 375 aa  172  1e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.671535  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2560  protein of unknown function UPF0027  30.91 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0086  protein of unknown function UPF0027  35.14 
 
 		 484 aa  172  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3033  hypothetical protein  30.29 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000141174  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2736  hypothetical protein  29.74 
 
 		 395 aa  170  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000182015  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3725  protein of unknown function UPF0027  33.16 
 
 		 508 aa  170  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.471294 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2758  protein of unknown function UPF0027  31.26 
 
 		 486 aa  170  5e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0799133  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0699  protein of unknown function UPF0027  33.33 
 
 		 474 aa  169  6e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0414  protein of unknown function UPF0027  32.18 
 
 		 488 aa  169  8e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.042837  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3035  hypothetical protein  30.22 
 
 		 395 aa  169  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0066731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2787  hypothetical protein  29.26 
 
 		 395 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.535488  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2999  hypothetical protein  29.26 
 
 		 395 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000593147  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2717  hypothetical protein  29.74 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.145401  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2997  hypothetical protein  29.74 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000377658 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0250  hypothetical protein  29.33 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00470202  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0172  hypothetical protein  30.77 
 
 		 498 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.329648 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1281  hypothetical protein  32.24 
 
 		 480 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.141518  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0186  hypothetical protein  32.01 
 
 		 480 aa  161  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.490529  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0141  hypothetical protein  29.37 
 
 		 484 aa  160  5e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0637  hypothetical protein  31.78 
 
 		 480 aa  159  6e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0603804  normal  0.09209 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0157  hypothetical protein  30.13 
 
 		 484 aa  159  9e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.540934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7273  protein of unknown function UPF0027  30.15 
 
 		 478 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000026234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0703  hypothetical protein  31.54 
 
 		 480 aa  157  4e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0205  hypothetical protein  31.05 
 
 		 440 aa  157  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.044781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>