More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4028 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4028  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  100 
 
 
224 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4140  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  100 
 
 
224 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.700414  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1135  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.47 
 
 
214 aa  204  1e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4284  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50 
 
 
215 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1909  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.06 
 
 
219 aa  199  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07040  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.96 
 
 
222 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.238632 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2059  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.41 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1684  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.5 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.49616  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2141  CoA-transferase subunit beta  45.41 
 
 
220 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.356261  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2075  aetate CoA-transferase, beta subunit  45.41 
 
 
220 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2296  CoA-transferase subunit beta  45.41 
 
 
220 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.489848  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2079  aetate CoA-transferase, beta subunit  45.41 
 
 
220 aa  194  7e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2321  CoA-transferase, beta subunit  45.41 
 
 
220 aa  194  7e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0211  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.93 
 
 
216 aa  194  8.000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2277  CoA-transferase, beta subunit  44.71 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2330  CoA-transferase, beta subunit  45.41 
 
 
220 aa  193  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0269075  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2404  CoA-transferase, beta subunit  45.41 
 
 
220 aa  193  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3046  CoA-transferase, beta subunit  44.71 
 
 
220 aa  193  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2247  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  46.38 
 
 
219 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4163  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.85 
 
 
215 aa  192  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08490  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  45.37 
 
 
224 aa  192  4e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.506696 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1407  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.86 
 
 
268 aa  192  5e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000217887 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7913  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.63 
 
 
221 aa  189  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1306  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  49.51 
 
 
453 aa  189  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2344  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  48.99 
 
 
215 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000606975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4891  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  48.78 
 
 
211 aa  189  4e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.690445  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2114  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  44.71 
 
 
220 aa  189  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.300708  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1389  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  46.73 
 
 
255 aa  189  4e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2696  3-oxoacid CoA-transferase B subunit  47.12 
 
 
448 aa  188  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.494818  normal  0.507072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6962  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.52 
 
 
219 aa  188  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.978999  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12525  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase beta subunit scoB  46.73 
 
 
218 aa  187  8e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.288021  normal  0.0468104 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.63 
 
 
220 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.931642  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2065  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.63 
 
 
220 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.82743 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4338  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  44.71 
 
 
222 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3297  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  43.96 
 
 
218 aa  185  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_33142  3-oxoacid CoA-transferase Succinyl-CoA:alpha-ketoacid-CoA transferase  44.24 
 
 
505 aa  184  9e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01940  3-oxoacid CoA-transferase subunit B family enzyme  43.54 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0468596  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4892  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.85 
 
 
218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1076  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  44.13 
 
 
216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02149  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase, beta subunit  49.04 
 
 
216 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.746207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1436  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.04 
 
 
216 aa  182  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.633734  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02108  hypothetical protein  49.04 
 
 
216 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.796966  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2363  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.04 
 
 
216 aa  182  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2491  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.75 
 
 
219 aa  182  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000498099 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1428  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.04 
 
 
216 aa  182  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.773263  hitchhiker  0.000356142 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2371  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.04 
 
 
216 aa  182  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0826912  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4355  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  42.45 
 
 
218 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1164  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  44.34 
 
 
229 aa  181  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2253  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B protein  45.19 
 
 
220 aa  181  6e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0867253  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0591  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.56 
 
 
217 aa  181  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1856  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.21 
 
 
222 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1075  coenzyme A transferase, beta subunit  48.33 
 
 
220 aa  179  2e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.425854 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2576  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  40.74 
 
 
218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0809  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  46.31 
 
 
209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2432  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  41.55 
 
 
218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05669  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase (ScoT), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12250)  46.05 
 
 
519 aa  179  4e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1161  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.7 
 
 
215 aa  178  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1619  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.56 
 
 
218 aa  178  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07620  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  45.93 
 
 
221 aa  178  7e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2734  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  41.06 
 
 
218 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2004  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  47.83 
 
 
239 aa  177  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2252  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  42.51 
 
 
218 aa  177  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3123  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  40.58 
 
 
218 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  44.88 
 
 
213 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1669  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.56 
 
 
218 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0887  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.41 
 
 
217 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2852  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.07 
 
 
218 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1382  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.75 
 
 
218 aa  176  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0830  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  48.26 
 
 
218 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.127359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2593  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  40.58 
 
 
218 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3468  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  41.06 
 
 
220 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1713  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.07 
 
 
218 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1452  3-oxoacid CoA-transferase  42.57 
 
 
218 aa  175  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00341898  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0655  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  40.58 
 
 
220 aa  175  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2883  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.29 
 
 
236 aa  175  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.182423  normal  0.207239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2804  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  41.55 
 
 
218 aa  175  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.753217  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3719  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.77 
 
 
229 aa  175  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.269738  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3292  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  40.58 
 
 
219 aa  175  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05860  Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase, putative  42.53 
 
 
561 aa  175  6e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.124065  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0331  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  44.28 
 
 
214 aa  175  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1471  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  46.63 
 
 
219 aa  175  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.155964  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3229  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  42.03 
 
 
218 aa  174  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0245093 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3170  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.63 
 
 
215 aa  174  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1524  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  42.57 
 
 
218 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2834  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  42.57 
 
 
218 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1134  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.32 
 
 
208 aa  174  7e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.530595  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2979  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  42.57 
 
 
218 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3848  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.96 
 
 
215 aa  174  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0238959  normal  0.733298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3294  putative CoA transferase, subunit B  41.06 
 
 
218 aa  174  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38640  putative CoA transferase, subunit B  41.06 
 
 
218 aa  174  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426102  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2291  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  44.14 
 
 
226 aa  174  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3085  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  41.43 
 
 
222 aa  174  9e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2328  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  42.57 
 
 
218 aa  174  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.208746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2400  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  42.57 
 
 
218 aa  174  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.724461  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1666  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  42.57 
 
 
218 aa  174  9e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1533  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  43.54 
 
 
447 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.172337 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6118  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B  44.78 
 
 
229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1549  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  42.38 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0212  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  42.38 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00734779  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0952  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  42.38 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.334541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>