298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6118 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6118  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B  100 
 
 
229 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0637  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  86.9 
 
 
229 aa  420  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5884  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  87.34 
 
 
229 aa  417  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3719  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  87.34 
 
 
229 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.269738  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6798  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  86.78 
 
 
234 aa  411  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5093  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.35 
 
 
227 aa  384  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137227  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5021  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80 
 
 
223 aa  367  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.446414  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3668  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  57.49 
 
 
215 aa  259  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.611031  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2065  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.34 
 
 
220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.82743 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.34 
 
 
220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.931642  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5586  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.56 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3038  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.49 
 
 
226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0832  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.92 
 
 
220 aa  250  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  54.84 
 
 
218 aa  248  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5287  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.18 
 
 
217 aa  246  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674868  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5018  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.73 
 
 
218 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3128  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  52.73 
 
 
218 aa  244  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5112  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  52.73 
 
 
218 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5747  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.73 
 
 
218 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.105539 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4476  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.73 
 
 
218 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3159  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.73 
 
 
218 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1261  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  55.83 
 
 
221 aa  244  9e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2253  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B protein  55.29 
 
 
220 aa  243  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0867253  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3592  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  52.56 
 
 
255 aa  243  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2596  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.09 
 
 
213 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.602175 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.45 
 
 
219 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.327202 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0068  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0850445  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1554  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.964102  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1201  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0057  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.472547  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1484  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0055  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  53.18 
 
 
218 aa  241  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.174134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3594  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.04 
 
 
213 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.575523  normal  0.553848 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3952  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit B  55.56 
 
 
213 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.375307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3709  3-oxoadipate CoA-transferase  54.46 
 
 
236 aa  240  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0644  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.98 
 
 
219 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.397938  normal  0.0625276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1870  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.56 
 
 
213 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4337  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.59 
 
 
212 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3085  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.59 
 
 
222 aa  238  4e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1119  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.34 
 
 
217 aa  235  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4313  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.55 
 
 
219 aa  234  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.268622  normal  0.768911 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5290  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.33 
 
 
213 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4434  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.64 
 
 
217 aa  231  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1845  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.56 
 
 
218 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0820994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50 
 
 
229 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2059  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.59 
 
 
220 aa  229  4e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3549  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.48 
 
 
217 aa  228  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.427569  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4338  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.45 
 
 
222 aa  227  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2872  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.48 
 
 
217 aa  227  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0866  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.1 
 
 
214 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.78885  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3945  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  51.44 
 
 
215 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.474433  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1230  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.72 
 
 
213 aa  224  7e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000363739  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3297  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.76 
 
 
218 aa  224  9e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1035  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  51.96 
 
 
213 aa  224  9e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0395144  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4284  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.18 
 
 
215 aa  223  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4355  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.05 
 
 
218 aa  219  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51600  3-oxoacid CoA-transferase  47.93 
 
 
218 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2350  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.15 
 
 
214 aa  218  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1783  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.72 
 
 
213 aa  216  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.74 
 
 
213 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4892  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.94 
 
 
218 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1389  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  51.71 
 
 
255 aa  216  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1669  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.24 
 
 
218 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0591  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.28 
 
 
217 aa  214  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7913  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.93 
 
 
221 aa  214  7e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1726  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.445298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0212  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00734779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1700  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.375649  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1107  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485565  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0952  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.334541  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1878  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0343592  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1549  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  51.23 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0809  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  50.97 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4595  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.4 
 
 
223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2607  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  50.74 
 
 
213 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2760  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.26 
 
 
213 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1503  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.26 
 
 
220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3847  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.9 
 
 
227 aa  211  5.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1505  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.75 
 
 
220 aa  211  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18940  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.75 
 
 
217 aa  211  7e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0409943  normal  0.556426 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0331  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.51 
 
 
214 aa  211  7.999999999999999e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5060  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit beta  48.56 
 
 
233 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00134827  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01940  3-oxoacid CoA-transferase subunit B family enzyme  49.76 
 
 
217 aa  210  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0468596  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1367  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.26 
 
 
213 aa  210  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4339  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.03 
 
 
210 aa  209  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.353241 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2106  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.51 
 
 
215 aa  210  2e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.422134  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4611  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.75 
 
 
213 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00383872  normal  0.923474 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1391  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.25 
 
 
213 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.755461  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1351  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.25 
 
 
213 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.897973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2075  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.85 
 
 
221 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03100  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, beta subunit  46.3 
 
 
217 aa  209  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07040  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.24 
 
 
222 aa  209  4e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.238632 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1112  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.47 
 
 
222 aa  208  5e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08490  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.25 
 
 
224 aa  208  6e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.506696 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07620  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  49.76 
 
 
221 aa  208  7e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2363  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.24 
 
 
219 aa  208  7e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0158273  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4071  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.95 
 
 
231 aa  208  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1501  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  49.76 
 
 
218 aa  207  9e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1506  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.72 
 
 
218 aa  207  9e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.233777  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>