More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3952 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3952  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit B  100 
 
 
213 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.375307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1870  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  100 
 
 
213 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3594  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  99.06 
 
 
213 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.575523  normal  0.553848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2596  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  96.24 
 
 
213 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.602175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5290  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  90.14 
 
 
213 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5287  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  78.95 
 
 
217 aa  344  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674868  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5018  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  78.47 
 
 
218 aa  343  8.999999999999999e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3159  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  78.47 
 
 
218 aa  343  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3128  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  78.47 
 
 
218 aa  343  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4476  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  78.47 
 
 
218 aa  343  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5112  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  78.47 
 
 
218 aa  343  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5747  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  78.47 
 
 
218 aa  343  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.105539 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  78.47 
 
 
218 aa  341  5e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0644  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  77.99 
 
 
219 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.397938  normal  0.0625276 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  77.99 
 
 
219 aa  338  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.327202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4313  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  77.51 
 
 
219 aa  337  8e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.268622  normal  0.768911 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0057  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.472547  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1554  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.964102  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0055  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.174134  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1484  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1201  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0068  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  76.56 
 
 
218 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0850445  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5586  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  72.38 
 
 
212 aa  315  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3668  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  72.12 
 
 
215 aa  316  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.611031  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4337  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  69.23 
 
 
212 aa  305  3e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  68.1 
 
 
220 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.931642  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2065  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  68.1 
 
 
220 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.82743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0832  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  68.54 
 
 
220 aa  302  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2253  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B protein  69.52 
 
 
220 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0867253  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0866  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  67.45 
 
 
214 aa  295  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.78885  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4434  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  68.25 
 
 
217 aa  294  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3038  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  68.12 
 
 
226 aa  292  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3945  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  66.98 
 
 
215 aa  292  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.474433  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1035  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  68.27 
 
 
213 aa  291  5e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0395144  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  66.04 
 
 
229 aa  291  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1230  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  67.31 
 
 
213 aa  291  7e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000363739  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2872  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  64.15 
 
 
217 aa  287  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3549  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  64.29 
 
 
217 aa  283  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.427569  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1261  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  64.73 
 
 
221 aa  278  6e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1503  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.68 
 
 
220 aa  274  8e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1119  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  65.52 
 
 
217 aa  274  8e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3085  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.38 
 
 
222 aa  267  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1505  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  61.84 
 
 
220 aa  263  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4595  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  63.98 
 
 
223 aa  263  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3847  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  63.59 
 
 
227 aa  261  4.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3709  3-oxoadipate CoA-transferase  59.22 
 
 
236 aa  254  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1015  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  62.25 
 
 
216 aa  254  7e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0247784  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4071  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  61.54 
 
 
231 aa  254  9e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3592  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  56.04 
 
 
255 aa  251  6e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4339  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.56 
 
 
210 aa  249  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.353241 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0621  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  63.21 
 
 
219 aa  248  5e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.15873  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0637  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  57.97 
 
 
229 aa  245  4e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6798  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57 
 
 
234 aa  241  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3719  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57 
 
 
229 aa  241  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.269738  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5884  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57 
 
 
229 aa  240  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6118  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B  55.56 
 
 
229 aa  239  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4402  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  64.52 
 
 
227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.377192  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5021  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.6 
 
 
223 aa  238  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.446414  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5060  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit beta  56.73 
 
 
233 aa  237  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00134827  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1845  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.33 
 
 
218 aa  234  8e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0820994  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1112  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.5 
 
 
222 aa  232  4.0000000000000004e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5093  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.81 
 
 
227 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137227  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3261  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.33 
 
 
212 aa  228  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4338  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.59 
 
 
222 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1783  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.12 
 
 
213 aa  224  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1700  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.375649  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1726  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.445298  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1107  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485565  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0952  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.334541  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1878  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0343592  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0212  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00734779  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1549  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  54.63 
 
 
213 aa  224  7e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4611  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.63 
 
 
213 aa  223  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00383872  normal  0.923474 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2607  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  54.63 
 
 
213 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4265  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.95 
 
 
212 aa  222  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0745238  normal  0.356459 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1747  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  60.66 
 
 
240 aa  222  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.558517  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1681  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  60.66 
 
 
240 aa  222  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0814197  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0525  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  60.66 
 
 
240 aa  222  3e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1731  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  60.66 
 
 
240 aa  222  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1367  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.66 
 
 
213 aa  222  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1703  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  60.66 
 
 
240 aa  222  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.41651  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1763  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.48 
 
 
212 aa  222  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.255353  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3126  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.11 
 
 
213 aa  222  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.859515  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1962  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.48 
 
 
212 aa  222  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1077  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  53.24 
 
 
226 aa  221  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.135615  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0984  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  54.63 
 
 
213 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1444  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.63 
 
 
213 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.085725  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1466  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.63 
 
 
213 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2760  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.15 
 
 
213 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0565  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  60.11 
 
 
240 aa  220  9e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1391  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.15 
 
 
213 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.755461  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0809  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  56.57 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1351  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.15 
 
 
213 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.897973  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17560  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  54.19 
 
 
202 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.66 
 
 
213 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2607  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.18 
 
 
213 aa  218  6e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4284  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.56 
 
 
215 aa  218  7e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18940  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.34 
 
 
217 aa  217  8.999999999999998e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0409943  normal  0.556426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1906  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.72 
 
 
211 aa  216  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.750884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>