More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3709 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3709  3-oxoadipate CoA-transferase  100 
 
 
236 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3592  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  72 
 
 
255 aa  355  3.9999999999999996e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0832  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.98 
 
 
220 aa  289  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1261  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  60.98 
 
 
221 aa  273  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.2 
 
 
220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.931642  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2065  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.2 
 
 
220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.82743 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5287  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.95 
 
 
217 aa  266  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674868  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2253  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B protein  61.24 
 
 
220 aa  265  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0867253  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.46 
 
 
219 aa  265  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.327202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5018  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.46 
 
 
218 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5586  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  61.17 
 
 
212 aa  265  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4313  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.46 
 
 
219 aa  265  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.268622  normal  0.768911 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3128  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  61.46 
 
 
218 aa  265  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5112  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  61.46 
 
 
218 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5747  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.46 
 
 
218 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.105539 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3159  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.46 
 
 
218 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4476  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  61.46 
 
 
218 aa  264  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0644  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  60.98 
 
 
219 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.397938  normal  0.0625276 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1484  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0055  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.174134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1201  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1554  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.964102  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0068  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0850445  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0057  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  61.95 
 
 
218 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.472547  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3668  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  61.27 
 
 
215 aa  262  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.611031  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  60.49 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3038  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.13 
 
 
226 aa  258  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4337  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  59.02 
 
 
212 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3594  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.71 
 
 
213 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.575523  normal  0.553848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2596  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.22 
 
 
213 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.602175 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3952  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit B  59.22 
 
 
213 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.375307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1119  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.59 
 
 
217 aa  254  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1870  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.22 
 
 
213 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1503  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.14 
 
 
220 aa  250  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.22 
 
 
229 aa  249  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0866  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.21 
 
 
214 aa  248  5e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.78885  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4434  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.71 
 
 
217 aa  248  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3549  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.72 
 
 
217 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.427569  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5290  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.28 
 
 
213 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2872  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.72 
 
 
217 aa  246  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1035  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  56.22 
 
 
213 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0395144  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5093  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.25 
 
 
227 aa  245  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137227  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0637  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  56.34 
 
 
229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0518  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.98 
 
 
210 aa  242  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.19694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3719  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.81 
 
 
229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.269738  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0809  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  55.83 
 
 
209 aa  242  5e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5021  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.14 
 
 
223 aa  241  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.446414  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4339  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  60.11 
 
 
210 aa  241  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.353241 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6118  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B  54.46 
 
 
229 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5060  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit beta  56.02 
 
 
233 aa  239  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00134827  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1845  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.07 
 
 
218 aa  239  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0820994  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3085  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.22 
 
 
222 aa  238  9e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4611  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.77 
 
 
213 aa  238  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00383872  normal  0.923474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3945  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.9 
 
 
215 aa  237  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.474433  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1230  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.73 
 
 
213 aa  237  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000363739  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1015  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  59.14 
 
 
216 aa  237  1e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0247784  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0212  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00734779  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1549  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1726  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.445298  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1107  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485565  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1700  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.375649  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1878  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0343592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0952  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  55.29 
 
 
213 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.334541  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03176  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  55.29 
 
 
209 aa  236  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.303462  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5884  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.46 
 
 
229 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.29 
 
 
213 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1367  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.85 
 
 
213 aa  235  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1593  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  53.92 
 
 
209 aa  235  4e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1783  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.81 
 
 
213 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2607  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  55.29 
 
 
213 aa  234  6e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2760  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.85 
 
 
213 aa  234  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1444  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.29 
 
 
213 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.085725  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0984  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  55.29 
 
 
213 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1466  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.29 
 
 
213 aa  234  7e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1429  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  51.9 
 
 
209 aa  234  8e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.164203 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1391  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.81 
 
 
213 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.755461  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4595  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.68 
 
 
223 aa  234  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17560  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  55.67 
 
 
202 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2607  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.74 
 
 
213 aa  233  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1351  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.81 
 
 
213 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.897973  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1571  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B protein  53.52 
 
 
212 aa  232  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1270  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.52 
 
 
212 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6798  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.52 
 
 
234 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1705  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.43 
 
 
209 aa  231  9e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1476  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.43 
 
 
219 aa  229  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.038287  normal  0.12448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1154  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  52.58 
 
 
212 aa  228  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1983  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.25 
 
 
212 aa  228  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000315327 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3261  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.25 
 
 
212 aa  228  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7913  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.45 
 
 
221 aa  226  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4355  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.92 
 
 
218 aa  226  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4071  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  57.53 
 
 
231 aa  226  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3297  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.9 
 
 
218 aa  226  4e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1112  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.28 
 
 
222 aa  225  5.0000000000000005e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1350  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.94 
 
 
228 aa  224  6e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.596228 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4402  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.77 
 
 
227 aa  224  7e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.377192  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2634  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  53.3 
 
 
212 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.428059  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1134  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.45 
 
 
208 aa  223  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.530595  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0566  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.07 
 
 
219 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1505  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  51.96 
 
 
220 aa  222  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>