More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5021 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5021  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  100 
 
 
223 aa  453  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.446414  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0637  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  80.45 
 
 
229 aa  377  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3719  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.91 
 
 
229 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.269738  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6798  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.91 
 
 
234 aa  374  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5884  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80 
 
 
229 aa  370  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6118  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B  80 
 
 
229 aa  367  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5093  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  79.36 
 
 
227 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137227  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3668  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  58.94 
 
 
215 aa  252  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.611031  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1261  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  58.37 
 
 
221 aa  252  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3038  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.14 
 
 
226 aa  251  7e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5586  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  57.21 
 
 
212 aa  250  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.94 
 
 
220 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.931642  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2065  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.94 
 
 
220 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.82743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0832  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.22 
 
 
220 aa  249  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2596  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.02 
 
 
213 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.602175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5287  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.73 
 
 
217 aa  245  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674868  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5018  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.25 
 
 
218 aa  244  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  57.69 
 
 
218 aa  244  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3592  3-oxoadipate CoA-transferase, beta subunit  57.14 
 
 
255 aa  244  9e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3085  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.67 
 
 
222 aa  244  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3128  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  56.25 
 
 
218 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5112  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  56.25 
 
 
218 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3159  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.25 
 
 
218 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5747  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.25 
 
 
218 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.105539 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4476  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.25 
 
 
218 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3594  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.55 
 
 
213 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.575523  normal  0.553848 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3709  3-oxoadipate CoA-transferase  57.14 
 
 
236 aa  241  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0644  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.77 
 
 
219 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.397938  normal  0.0625276 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2253  3-oxoadipate CoA-transferase subunit B protein  57 
 
 
220 aa  240  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0867253  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0068  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0850445  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1484  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0047  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1201  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1554  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.964102  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0057  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.472547  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0055  3-oxoadipate CoA-transferase, B subunit  56.73 
 
 
218 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.174134  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4458  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.29 
 
 
219 aa  239  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.327202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3952  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit B  56.6 
 
 
213 aa  238  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.375307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1870  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.6 
 
 
213 aa  238  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4338  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.59 
 
 
222 aa  238  5.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3549  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.25 
 
 
217 aa  237  9e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.427569  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4434  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.59 
 
 
217 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2872  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.88 
 
 
217 aa  236  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.9 
 
 
229 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4313  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.33 
 
 
219 aa  235  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.268622  normal  0.768911 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0866  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.88 
 
 
214 aa  234  7e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.78885  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1845  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.66 
 
 
218 aa  234  8e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0820994  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1035  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  56.37 
 
 
213 aa  234  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0395144  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1119  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.73 
 
 
217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4337  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  56.4 
 
 
212 aa  233  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3945  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.56 
 
 
215 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.474433  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5290  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.72 
 
 
213 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2059  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.29 
 
 
220 aa  230  1e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3297  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  50.93 
 
 
218 aa  228  7e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51600  3-oxoacid CoA-transferase  48.13 
 
 
218 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18940  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  55.84 
 
 
217 aa  225  5.0000000000000005e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0409943  normal  0.556426 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1389  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  51.61 
 
 
255 aa  224  6e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1230  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.43 
 
 
213 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000363739  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4892  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.08 
 
 
218 aa  223  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2075  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.2 
 
 
221 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5060  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit beta  53.81 
 
 
233 aa  223  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00134827  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1669  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  48.13 
 
 
218 aa  222  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01940  3-oxoacid CoA-transferase subunit B family enzyme  48.6 
 
 
217 aa  222  4e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0468596  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4355  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.46 
 
 
218 aa  222  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3294  putative CoA transferase, subunit B  47.2 
 
 
218 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38640  putative CoA transferase, subunit B  47.2 
 
 
218 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426102  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3468  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.25 
 
 
220 aa  221  7e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0655  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.25 
 
 
220 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3292  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.44 
 
 
219 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0519  3-oxoacid CoA-transferase  47.66 
 
 
221 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.216025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3054  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.73 
 
 
219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0591  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.2 
 
 
217 aa  219  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1505  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.23 
 
 
220 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1407  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  51.9 
 
 
268 aa  219  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000217887 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1077  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  50.23 
 
 
226 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.135615  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7913  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.2 
 
 
221 aa  218  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1139  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  46.26 
 
 
218 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1891  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, beta subunit  47.44 
 
 
218 aa  217  8.999999999999998e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1713  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.44 
 
 
218 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07620  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  52.63 
 
 
221 aa  217  1e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2328  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.44 
 
 
218 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.208746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2400  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.44 
 
 
218 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.724461  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1666  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  47.44 
 
 
218 aa  217  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1524  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.98 
 
 
218 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2834  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.98 
 
 
218 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2979  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.98 
 
 
218 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12525  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase beta subunit scoB  52.4 
 
 
218 aa  216  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.288021  normal  0.0468104 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2576  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.66 
 
 
218 aa  216  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2852  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  46.98 
 
 
218 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4284  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  50.23 
 
 
215 aa  216  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2363  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.33 
 
 
219 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0158273  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0331  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  53.17 
 
 
214 aa  215  4e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2733  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.66 
 
 
218 aa  215  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1506  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.33 
 
 
218 aa  215  5e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.233777  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1619  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.2 
 
 
218 aa  215  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2804  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  47.66 
 
 
218 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.753217  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2432  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  45.79 
 
 
218 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2350  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  53.69 
 
 
214 aa  214  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1596  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  52.38 
 
 
218 aa  214  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1597  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, beta subunit  47.2 
 
 
218 aa  213  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>