More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3123 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3123  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  100 
 
 
218 aa  443  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2593  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  99.54 
 
 
218 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2734  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  99.08 
 
 
218 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2432  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  96.79 
 
 
218 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3456  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B family  91.28 
 
 
218 aa  410  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3238  3-oxoacid CoA-transferase  90.83 
 
 
218 aa  407  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.507702  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3294  putative CoA transferase, subunit B  90.37 
 
 
218 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38640  putative CoA transferase, subunit B  90.37 
 
 
218 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426102  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51600  3-oxoacid CoA-transferase  88.53 
 
 
218 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2075  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  88.07 
 
 
221 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3054  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  86.7 
 
 
219 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1139  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  88.07 
 
 
218 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0591  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  88.43 
 
 
217 aa  390  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1669  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  86.11 
 
 
218 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3229  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  83.03 
 
 
218 aa  374  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0245093 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1356  3-oxoacid CoA-transferase  82.57 
 
 
218 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.684977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1452  3-oxoacid CoA-transferase  82.11 
 
 
218 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00341898  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2252  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  82.57 
 
 
218 aa  372  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1524  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.73 
 
 
218 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2576  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  81.65 
 
 
218 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2834  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.73 
 
 
218 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2804  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  81.19 
 
 
218 aa  367  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.753217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2979  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.73 
 
 
218 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1666  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  81.19 
 
 
218 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2328  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  81.19 
 
 
218 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.208746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2400  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  81.19 
 
 
218 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.724461  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1713  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  81.19 
 
 
218 aa  368  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2852  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.28 
 
 
218 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1891  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, beta subunit  80.73 
 
 
218 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2733  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  80.73 
 
 
218 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0519  3-oxoacid CoA-transferase  80.28 
 
 
221 aa  362  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.216025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3292  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  80.28 
 
 
219 aa  362  2e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0655  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  80.28 
 
 
220 aa  362  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3468  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  79.82 
 
 
220 aa  362  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1597  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, beta subunit  79.82 
 
 
218 aa  361  6e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237466  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01940  3-oxoacid CoA-transferase subunit B family enzyme  75 
 
 
217 aa  337  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0468596  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1619  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  74.54 
 
 
218 aa  328  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6962  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  64.22 
 
 
219 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.978999  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03100  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase, beta subunit  66.2 
 
 
217 aa  288  6e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2917  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  63.59 
 
 
219 aa  280  9e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000753738 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1593  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  65.52 
 
 
209 aa  280  1e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1429  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  63.94 
 
 
209 aa  279  2e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.164203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0887  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  64.02 
 
 
217 aa  278  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4338  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.72 
 
 
222 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3297  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  58.72 
 
 
218 aa  272  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0518  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.56 
 
 
210 aa  272  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.19694 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0809  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  61.24 
 
 
209 aa  271  5.000000000000001e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1705  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.32 
 
 
209 aa  270  9e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03176  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  62.07 
 
 
209 aa  267  8e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.303462  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1013  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.32 
 
 
216 aa  266  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.300705  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1164  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  56.54 
 
 
229 aa  265  2.9999999999999995e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1367  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  59.9 
 
 
213 aa  264  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2760  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.42 
 
 
213 aa  264  7e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4355  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  55.14 
 
 
218 aa  264  8e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3848  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  62.93 
 
 
215 aa  263  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0238959  normal  0.733298 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1154  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  61.79 
 
 
212 aa  263  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7913  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.37 
 
 
221 aa  263  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1571  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B protein  60.38 
 
 
212 aa  261  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1270  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  60.85 
 
 
212 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08490  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  60.1 
 
 
224 aa  261  4e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.506696 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1476  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  58.85 
 
 
219 aa  261  6.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.038287  normal  0.12448 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0826  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  60.87 
 
 
216 aa  259  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18940  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  58.41 
 
 
217 aa  258  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0409943  normal  0.556426 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1562  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.45 
 
 
213 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2607  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.96 
 
 
213 aa  256  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2124  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  59.52 
 
 
211 aa  255  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0212  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00734779  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1107  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485565  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1549  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1878  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0343592  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1726  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.445298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1700  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.375649  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4284  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.62 
 
 
215 aa  255  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0952  3-oxoacid CoA-transferase subunit B  58.45 
 
 
213 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.334541  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1596  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.8 
 
 
218 aa  254  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2657  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.96 
 
 
212 aa  254  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2883  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.8 
 
 
236 aa  253  1.0000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.182423  normal  0.207239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4611  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  58.45 
 
 
213 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00383872  normal  0.923474 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1783  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.45 
 
 
213 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2634  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  58.29 
 
 
212 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.428059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0984  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  58.37 
 
 
213 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1466  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.37 
 
 
213 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1444  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.37 
 
 
213 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.085725  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1407  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  54.59 
 
 
268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000217887 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1501  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.33 
 
 
218 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2607  3-oxoadipate CoA-succinyl transferase beta subunit  57.89 
 
 
213 aa  252  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4891  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.86 
 
 
211 aa  252  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.690445  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1652  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.91 
 
 
211 aa  252  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.200149  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1391  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.37 
 
 
213 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.755461  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1506  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  58.8 
 
 
218 aa  251  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.233777  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1351  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  57.89 
 
 
213 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.897973  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0331  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  57.21 
 
 
214 aa  251  6e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2363  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  57.87 
 
 
219 aa  251  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0158273  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17560  3-oxoacid CoA-transferase, subunit B  59.9 
 
 
202 aa  251  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1982  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  59.43 
 
 
211 aa  250  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1457  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  59.9 
 
 
212 aa  249  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0588304  normal  0.817341 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0566  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  57.97 
 
 
219 aa  249  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2258  3-oxoacid CoA-transferase, B subunit  56.6 
 
 
226 aa  249  2e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.545318  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1389  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  54.13 
 
 
255 aa  249  2e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12525  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase beta subunit scoB  54.81 
 
 
218 aa  248  4e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.288021  normal  0.0468104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>