More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3918 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3805  Pyruvate, water dikinase  100 
 
 
842 aa  1682    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1613  pyruvate, water dikinase  47.73 
 
 
854 aa  720    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3918  Pyruvate, water dikinase  100 
 
 
842 aa  1682    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2043  PEP-utilising protein mobile region  45.54 
 
 
725 aa  616  1e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.80006  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2412  phosphoenolpyruvate-utilizing enzyme mobile domain protein  45.3 
 
 
708 aa  608  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2649  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  33.94 
 
 
884 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3844  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  35.73 
 
 
889 aa  484  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.193358  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5613  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  31.22 
 
 
873 aa  267  5e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650843  normal  0.554799 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0384  phosphoenolpyruvate synthase  30.87 
 
 
907 aa  247  6.999999999999999e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0474  pyruvate, water dikinase  29.8 
 
 
906 aa  241  5e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.247096  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2960  phosphoenolpyruvate synthase  26.64 
 
 
866 aa  239  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000180391 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0644  phosphoenolpyruvate synthase  28.3 
 
 
870 aa  238  3e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0824821 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0605  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  32.13 
 
 
950 aa  235  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00206316 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5062  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  28.93 
 
 
840 aa  227  7e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3169  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  29.82 
 
 
852 aa  223  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.0000002594 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3580  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  24.79 
 
 
887 aa  222  3e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1622  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  26.14 
 
 
891 aa  220  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1157  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  31.17 
 
 
869 aa  212  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3615  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  28.2 
 
 
902 aa  209  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0493  pyruvate, water dikinase  29.11 
 
 
791 aa  207  9e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0607  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  26.04 
 
 
971 aa  205  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0623  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.42 
 
 
971 aa  203  9e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.252366  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0620  phosphoenolpyruvate synthase  27.15 
 
 
842 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1818  pyruvate, water dikinase  27.88 
 
 
788 aa  197  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0545713 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1949  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  23.11 
 
 
868 aa  191  4e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2777  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.27 
 
 
975 aa  189  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2689  phosphoenolpyruvate synthase  28.35 
 
 
871 aa  182  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.769187 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3009  phosphoenolpyruvate synthase  27.07 
 
 
885 aa  182  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.963609  normal  0.276048 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0349  phosphoenolpyruvate synthase, putative  23.76 
 
 
825 aa  181  5.999999999999999e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0441  PEP-utilising enzyme, mobile region  26.92 
 
 
963 aa  180  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.299176 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4143  phosphoenolpyruvate synthase  26.95 
 
 
885 aa  178  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.917793  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4726  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  26.6 
 
 
959 aa  161  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0267018  normal  0.466648 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1069  Pyruvate, water dikinase  28.11 
 
 
835 aa  159  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486381  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1894  Phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like protein  28.68 
 
 
971 aa  156  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1713  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  37.21 
 
 
867 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0623992  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0682  Phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like protein  27.18 
 
 
873 aa  147  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1849  phosphoenolpyruvate synthase  33.44 
 
 
762 aa  141  4.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1117  phosphoenolpyruvate synthase  29.56 
 
 
891 aa  141  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2868  phosphoenolpyruvate synthase  28.41 
 
 
868 aa  141  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.424665  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3264  phosphoenolpyruvate synthase  29.59 
 
 
890 aa  140  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000174113  normal  0.320272 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2899  phosphoenolpyruvate synthase  28.9 
 
 
868 aa  140  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.407068  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3116  phosphoenolpyruvate synthase  28.9 
 
 
868 aa  140  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2825  phosphoenolpyruvate synthase  28.41 
 
 
869 aa  139  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0751  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  29.77 
 
 
887 aa  139  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0402174 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3137  phosphoenolpyruvate synthase  30.26 
 
 
868 aa  138  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3119  phosphoenolpyruvate synthase  29.57 
 
 
869 aa  138  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4939  phosphoenolpyruvate synthase  32.46 
 
 
865 aa  135  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0930681 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3140  phosphoenolpyruvate synthase  29.75 
 
 
868 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.103594  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2728  phosphoenolpyruvate synthase  30.63 
 
 
874 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.336193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3108  phosphoenolpyruvate synthase  29.23 
 
 
868 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.721717  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1951  phosphoenolpyruvate synthase  28.12 
 
 
871 aa  132  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2894  phosphoenolpyruvate synthase  27.61 
 
 
868 aa  132  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.497322  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2573  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  34.92 
 
 
835 aa  132  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2130  phosphoenolpyruvate synthase  29.48 
 
 
868 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1544  phosphoenolpyruvate synthase  30.42 
 
 
758 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00247245  hitchhiker  0.0000582812 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1730  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 
781 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2857  phosphoenolpyruvate synthase  32.19 
 
 
892 aa  130  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321665  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0508  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  31.89 
 
 
903 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.93502  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6941  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  33.11 
 
 
810 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.951528  normal  0.75146 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2165  phosphoenolpyruvate synthase  33.01 
 
 
761 aa  129  3e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1867  phosphoenolpyruvate synthase  29.54 
 
 
794 aa  128  5e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1694  phosphoenolpyruvate synthase  31.73 
 
 
779 aa  126  2e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.434121 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1637  phosphoenolpyruvate synthase  30.74 
 
 
754 aa  125  3e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2632  pyruvate, water dikinase  35.62 
 
 
886 aa  125  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.514233  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3057  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  28.97 
 
 
811 aa  124  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0118124  decreased coverage  0.000000211627 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2079  phosphoenolpyruvate synthase  29.97 
 
 
761 aa  124  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3294  phosphoenolpyruvate synthase  28.15 
 
 
837 aa  124  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0271  phosphoenolpyruvate synthase  29.69 
 
 
769 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.187508  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5551  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding protein  33.24 
 
 
826 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0952263  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5147  phosphoenolpyruvate synthase  36.96 
 
 
414 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2466  phosphoenolpyruvate synthase  28.96 
 
 
782 aa  122  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.407223  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0588  phosphoenolpyruvate synthase  29.89 
 
 
824 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0490  phosphoenolpyruvate synthase  28.06 
 
 
758 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12720  phosphoenolpyruvate synthase  28.98 
 
 
764 aa  121  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1185  pyruvate, water dikinase  33.77 
 
 
275 aa  120  9e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0704  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  24.83 
 
 
797 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3829  phosphoenolpyruvate synthase  31.69 
 
 
760 aa  120  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.424859  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1946  pyruvate, water dikinase  30.72 
 
 
1115 aa  119  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.558692  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0313  phosphoenolpyruvate synthase  29.73 
 
 
809 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1888  phosphoenolpyruvate synthase  29.36 
 
 
809 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0346  phosphoenolpyruvate synthase  27.42 
 
 
758 aa  119  3e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000716638 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3011  phosphoenolpyruvate synthase  30.96 
 
 
726 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000544209  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1446  phosphoenolpyruvate synthase  31.42 
 
 
794 aa  118  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.529194  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1573  phosphoenolpyruvate synthase  27.74 
 
 
758 aa  118  5e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0419  phosphoenolpyruvate synthase  27.09 
 
 
757 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.603284  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_494  phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase  29.05 
 
 
758 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000095153  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2610  phosphoenolpyruvate synthase  30.94 
 
 
762 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1574  pyruvate,water dikinase  30.7 
 
 
366 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.328565  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1204  phosphoenolpyruvate synthase  33.92 
 
 
810 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.490144 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4990  phosphoenolpyruvate synthase  31.37 
 
 
765 aa  115  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.82613  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3593  PEP-utilising enzyme, mobile region  23.38 
 
 
1097 aa  115  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1445  phosphoenolpyruvate synthase  29.6 
 
 
812 aa  114  7.000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.123077 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4026  PEP-utilising enzyme, mobile region  31.51 
 
 
537 aa  114  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.756461  normal  0.963801 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0529  phosphoenolpyruvate synthase  28.13 
 
 
758 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000746686  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0133  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding protein  28.61 
 
 
956 aa  114  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.967311  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0554  phosphoenolpyruvate synthase  27.76 
 
 
758 aa  113  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.435689  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4547  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  34.83 
 
 
386 aa  112  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529657  normal  0.0228656 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2598  phosphoenolpyruvate synthase  29.78 
 
 
785 aa  112  4.0000000000000004e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0510  pyruvate, water dikinase  30.79 
 
 
334 aa  111  5e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.749276  normal  0.163777 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1054  phosphoenolpyruvate synthase  26.7 
 
 
809 aa  110  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>