More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4885 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4885  inner-membrane translocator  100 
 
 		 341 aa  656    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4207  inner-membrane translocator  92.6 
 
 		 339 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4059  inner-membrane translocator  91.42 
 
 		 336 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372426  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7685  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  85.84 
 
 		 336 aa  530  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1371  inner-membrane translocator  89.16 
 
 		 336 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  61.37 
 
 		 353 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2554  inner-membrane translocator  63.58 
 
 		 330 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639448  normal  0.862916 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1983  inner-membrane translocator  63.24 
 
 		 341 aa  363  3e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2421  inner-membrane translocator  62.25 
 
 		 327 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719223  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0328  inner-membrane translocator  61.39 
 
 		 327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.59084  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  43.1 
 
 		 286 aa  222  6e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  43.45 
 
 		 286 aa  218  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  43.45 
 
 		 286 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  43.45 
 
 		 286 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.45 
 
 		 286 aa  218  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 286 aa  197  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.45 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3408  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.45 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000427982 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2034  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.191012  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 287 aa  172  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 286 aa  169  9e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 287 aa  160  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 293 aa  160  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  38.3 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 287 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 290 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 652 aa  149  6e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3913  inner-membrane translocator  40.3 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.188652  normal  0.0711399 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0077  branched-chain amino acid ABC transporter permease protein  38.61 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 628 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 291 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.9 
 
 		 290 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  38.46 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 306 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0420  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 286 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 289 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 299 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  36.24 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  32 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 286 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.86 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0041  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00123525  normal  0.0537939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  34.74 
 
 		 628 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.04 
 
 		 545 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1616  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 622 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0311969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 329 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2176  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.817413  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  31.86 
 
 		 542 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.51 
 
 		 550 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.56 
 
 		 558 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 630 aa  125  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 542 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.3 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 642 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.56 
 
 		 545 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>