More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0077 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0077  branched-chain amino acid ABC transporter permease protein  100 
 
 		 298 aa  555  1e-157  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0041  inner-membrane translocator  83.28 
 
 		 299 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00123525  normal  0.0537939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3913  inner-membrane translocator  62.59 
 
 		 292 aa  275  5e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.188652  normal  0.0711399 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0420  inner-membrane translocator  57.44 
 
 		 288 aa  265  7e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7909  inner-membrane translocator  65.67 
 
 		 291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 353 aa  165  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  39.39 
 
 		 286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0328  inner-membrane translocator  41.14 
 
 		 327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.59084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3802  inner-membrane translocator  41.11 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2554  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639448  normal  0.862916 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4885  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1983  inner-membrane translocator  41.85 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2421  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  40.15 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4207  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 339 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.77 
 
 		 286 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.77 
 
 		 286 aa  159  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  39.77 
 
 		 286 aa  159  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7685  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.62 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1371  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4059  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372426  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  40.53 
 
 		 286 aa  149  8e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.15 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 306 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3408  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.15 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000427982 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.77 
 
 		 286 aa  145  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2034  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.31 
 
 		 284 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.191012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.52 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 652 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.61 
 
 		 528 aa  139  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  39.84 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 524 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 524 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  36.5 
 
 		 315 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 526 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.25 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2176  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.817413  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 527 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.22 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.39 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2529  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.658317  normal  0.422906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 534 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0565  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0221  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.87 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3144  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.33 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 526 aa  125  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  41.44 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  33.45 
 
 		 534 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 637 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33 
 
 		 551 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  34.83 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  39.01 
 
 		 628 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.45 
 
 		 515 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 286 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3134  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0428472  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4107  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 519 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.758696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.04 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>