More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3717 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3717  inner-membrane translocator  100 
 
 		 335 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0967855  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2760  inner-membrane translocator  94.63 
 
 		 335 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1945  inner-membrane translocator  92.24 
 
 		 335 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3134  inner-membrane translocator  93.13 
 
 		 335 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0428472  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3829  inner-membrane translocator  92.24 
 
 		 335 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.956576  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1382  inner-membrane translocator  70.55 
 
 		 343 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0563263 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1512  inner-membrane translocator  71.43 
 
 		 343 aa  437  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.542173  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1403  inner-membrane translocator  70.26 
 
 		 343 aa  411  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  34.95 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 548 aa  170  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 628 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 537 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 287 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 652 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.23 
 
 		 537 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 542 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 305 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 542 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  34.04 
 
 		 285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.23 
 
 		 520 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 287 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  32 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 547 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 288 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 290 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.43 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 286 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  35.65 
 
 		 293 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 291 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  31 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  32.83 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 526 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 526 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 315 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 551 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.43 
 
 		 286 aa  143  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.43 
 
 		 286 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.43 
 
 		 286 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2529  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 345 aa  142  6e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.658317  normal  0.422906 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.13 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 527 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.72 
 
 		 292 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 524 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.09 
 
 		 545 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 524 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2176  inner-membrane translocator  32.45 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.817413  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.12 
 
 		 294 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 300 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 554 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.63 
 
 		 558 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.4 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.82 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  33.12 
 
 		 534 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  30.82 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.61 
 
 		 528 aa  136  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  29.63 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  30.6 
 
 		 295 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.58 
 
 		 551 aa  135  7.000000000000001e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.61 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>