More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1403 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1403  inner-membrane translocator  100 
 
 		 343 aa  677    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1512  inner-membrane translocator  85.13 
 
 		 343 aa  539  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.542173  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1382  inner-membrane translocator  82.51 
 
 		 343 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0563263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2760  inner-membrane translocator  71.14 
 
 		 335 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3829  inner-membrane translocator  70.55 
 
 		 335 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.956576  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1945  inner-membrane translocator  69.97 
 
 		 335 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3134  inner-membrane translocator  69.97 
 
 		 335 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0428472  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3717  inner-membrane translocator  70.26 
 
 		 335 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0967855  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  34.32 
 
 		 291 aa  172  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  36.98 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.83 
 
 		 285 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.74 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 290 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 290 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 291 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.83 
 
 		 652 aa  157  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2176  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 340 aa  155  7e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.817413  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  36.8 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 291 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  36.8 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 285 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 628 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  33.24 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  35 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 287 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 286 aa  149  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  30.7 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 286 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  31.55 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  33.53 
 
 		 286 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.24 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.24 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.24 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2529  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 345 aa  145  8.000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.658317  normal  0.422906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  31.6 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 291 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 305 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  31.66 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  29.79 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 286 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  30 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 286 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.86 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.81 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.15 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3830  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.84807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 554 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4907  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.15 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.94 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.94 
 
 		 286 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  29.13 
 
 		 548 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  30 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 286 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>