More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1512 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1512  inner-membrane translocator  100 
 
 		 343 aa  677    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.542173  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1403  inner-membrane translocator  85.13 
 
 		 343 aa  537  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1382  inner-membrane translocator  81.63 
 
 		 343 aa  531  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0563263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2760  inner-membrane translocator  71.14 
 
 		 335 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1945  inner-membrane translocator  70.55 
 
 		 335 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3134  inner-membrane translocator  70.85 
 
 		 335 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0428472  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3829  inner-membrane translocator  69.97 
 
 		 335 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.956576  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3717  inner-membrane translocator  71.43 
 
 		 335 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0967855  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  34.32 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.82 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 293 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  30.47 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  34.22 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 652 aa  159  7e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 290 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.45 
 
 		 285 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  32.05 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 287 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 287 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 286 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 288 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 286 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 293 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.47 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 628 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.06 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2176  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.817413  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 287 aa  146  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.06 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.06 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 290 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.06 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 286 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  31.76 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2529  inner-membrane translocator  30.37 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.658317  normal  0.422906 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.18 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  30.97 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 288 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 548 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  30.06 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.66 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  30.7 
 
 		 313 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 286 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  28.44 
 
 		 537 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.66 
 
 		 295 aa  137  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  31.2 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4907  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3830  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.84807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  27.19 
 
 		 542 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.06 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.14 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4271  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  30.7 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>