More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3134 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3134  inner-membrane translocator  100 
 
 		 335 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0428472  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2760  inner-membrane translocator  97.61 
 
 		 335 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1945  inner-membrane translocator  97.61 
 
 		 335 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3829  inner-membrane translocator  94.93 
 
 		 335 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.956576  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3717  inner-membrane translocator  93.13 
 
 		 335 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0967855  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1382  inner-membrane translocator  68.51 
 
 		 343 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0563263 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1512  inner-membrane translocator  70.85 
 
 		 343 aa  430  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.542173  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1403  inner-membrane translocator  69.97 
 
 		 343 aa  408  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  34.77 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 299 aa  176  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 548 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 628 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 288 aa  159  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 289 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.74 
 
 		 285 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 306 aa  158  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 287 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 287 aa  156  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 652 aa  156  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 537 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 291 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 293 aa  153  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.87 
 
 		 537 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 542 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 547 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.84 
 
 		 520 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 542 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  32.83 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.73 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  29.91 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 527 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 526 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 315 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 524 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  31 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 551 aa  142  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.73 
 
 		 286 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.42 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.73 
 
 		 286 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 524 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.73 
 
 		 286 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.43 
 
 		 286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2529  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.658317  normal  0.422906 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.21 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.71 
 
 		 545 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 526 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 288 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  30.82 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.98 
 
 		 551 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.01 
 
 		 528 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2176  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.817413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.81 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 554 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.94 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.61 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  29.94 
 
 		 297 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 522 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>