More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5446 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010086  Bmul_4579  major facilitator transporter  78.72 
 
 		 487 aa  774    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2459  major facilitator transporter  77.45 
 
 		 471 aa  735    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.489656  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2083  major facilitator transporter  78.51 
 
 		 507 aa  752    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.835156  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5446  putative MFS superfamily transport protein  100 
 
 		 484 aa  955    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1122  major facilitator transporter  80.04 
 
 		 482 aa  758    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4363  major facilitator superfamily MFS_1  50.22 
 
 		 478 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0025  major facilitator family transporter  30.86 
 
 		 454 aa  230  5e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1045  major facilitator transporter  30 
 
 		 478 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2481  major facilitator transporter  30.21 
 
 		 496 aa  179  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7502  major facilitator transporter  31.69 
 
 		 475 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0253072  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6518  major facilitator transporter  31.56 
 
 		 475 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6752  major facilitator transporter  31.56 
 
 		 475 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0303663 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6341  major facilitator transporter  31.34 
 
 		 475 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4107  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.338047  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4136  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2161  major facilitator transporter  30.92 
 
 		 514 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1518  major facilitator superfamily permease  31.79 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.28243  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1432  major facilitator family transporter  31.91 
 
 		 489 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1172  MFS transporter  31.91 
 
 		 489 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.537598  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0027  putative sugar transport protein  31.69 
 
 		 489 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225858  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0113  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 499 aa  159  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1443  major facilitator transporter  27.68 
 
 		 493 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1829  General substrate transporter  29.1 
 
 		 480 aa  110  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.392144  normal  0.18053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3234  general substrate transporter  24.53 
 
 		 445 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1633  general substrate transporter  24.56 
 
 		 476 aa  104  3e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.904084  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2255  general substrate transporter  27.91 
 
 		 446 aa  104  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000684239  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0730  General substrate transporter  28.74 
 
 		 464 aa  103  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2681  general substrate transporter  24.71 
 
 		 438 aa  104  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31051 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0049  major facilitator family transporter  26.93 
 
 		 443 aa  102  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0047  major facilitator family transporter  26.93 
 
 		 443 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.454742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00049  predicted transporter  26.93 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00048  hypothetical protein  26.93 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3610  major facilitator transporter  26.93 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0100231 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3554  major facilitator superfamily MFS_1  26.93 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0051  major facilitator family transporter  26.93 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0049  major facilitator family transporter  26.93 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0085  putative metabolite transport protein YaaU  26.78 
 
 		 468 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0085  putative metabolite transport protein YaaU  26.78 
 
 		 468 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1094  major facilitator transporter  26.46 
 
 		 427 aa  100  4e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0086  putative metabolite transport protein YaaU  26.78 
 
 		 468 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.509383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0089  putative metabolite transport protein YaaU  26.78 
 
 		 468 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343682  normal  0.458255 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0088  putative metabolite transport protein YaaU  26.78 
 
 		 468 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2894  General substrate transporter  27.38 
 
 		 458 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3296  major facilitator family transporter  27.38 
 
 		 458 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4043  general substrate transporter  24.08 
 
 		 452 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0578  general substrate transporter  26.33 
 
 		 458 aa  89.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4111  major facilitator transporter  26.2 
 
 		 442 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0861  major facilitator superfamily MFS_1  25.42 
 
 		 483 aa  88.6  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2238  glucose transport protein  27.07 
 
 		 471 aa  88.6  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.154375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09740  putative MFS transporter  27.27 
 
 		 442 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809883  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2863  major facilitator superfamily MFS_1  21.73 
 
 		 423 aa  85.9  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.82901  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1898  major facilitator superfamily MFS_1  24.87 
 
 		 448 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4061  sugar transporter  26.09 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1804  major facilitator transporter  25.27 
 
 		 470 aa  83.2  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000239079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1641  major facilitator transporter  22.86 
 
 		 434 aa  81.3  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0119358  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2277  major facilitator family transporter  27.38 
 
 		 465 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1924  major facilitator superfamily MFS_1  27.38 
 
 		 465 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2467  major facilitator transporter  25.83 
 
 		 453 aa  80.5  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1373  major facilitator transporter  25.41 
 
 		 443 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5716  major facilitator transporter  28.32 
 
 		 482 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8056  major facilitator superfamily MFS_1  28.4 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0712  general substrate transporter  25.74 
 
 		 463 aa  76.6  0.0000000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0221085  hitchhiker  0.00000000000000199551 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0694  General substrate transporter  24.04 
 
 		 459 aa  76.3  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0920  General substrate transporter  23.01 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3608  general substrate transporter  25 
 
 		 469 aa  76.3  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0434  major facilitator superfamily MFS_1  26.17 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104713  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6930  major facilitator superfamily MFS_1  23.67 
 
 		 460 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0944  sugar transporter  27.62 
 
 		 480 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0853  D-xylose proton-symporter  27.19 
 
 		 459 aa  74.7  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9947  predicted protein  27.15 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4572  General substrate transporter  22.78 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3321  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 439 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1884  D-xylose proton-symporter  22.9 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.326848  hitchhiker  0.0000000000014456 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  23.52 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3221  General substrate transporter  24.45 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  24.69 
 
 		 480 aa  70.5  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0186  major facilitator transporter  24.16 
 
 		 479 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0341  major facilitator superfamily MFS_1  27.8 
 
 		 508 aa  69.7  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0285  major facilitator superfamily sugar transporter  25.66 
 
 		 464 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  28.57 
 
 		 442 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7070  major facilitator superfamily MFS_1  23.48 
 
 		 467 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  25.57 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0325  major facilitator superfamily MFS_1  24.48 
 
 		 477 aa  67.4  0.0000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.184754  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3468  General substrate transporter  27.31 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47769  predicted protein  29.93 
 
 		 522 aa  67.4  0.0000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0613  major facilitator superfamily MFS_1  25.27 
 
 		 473 aa  67  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274336 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4993  MFS family membrane efflux protein  27.93 
 
 		 526 aa  66.6  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1543  major facilitator transporter  24.1 
 
 		 452 aa  66.6  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3410  major facilitator superfamily MFS_1  27.17 
 
 		 484 aa  66.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1856  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1484  major facilitator superfamily MFS_1  21.89 
 
 		 474 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.074526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0278  major facilitator transporter  24.55 
 
 		 441 aa  66.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.672912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0846  general substrate transporter  22.43 
 
 		 442 aa  65.5  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03836  conserved hypothetical protein  26.13 
 
 		 547 aa  65.1  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1269  major facilitator transporter  27.7 
 
 		 466 aa  65.5  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4340  general substrate transporter  25 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1720  major facilitator transporter  24.1 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0929915  hitchhiker  0.00114848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2828  major facilitator transporter  23.84 
 
 		 457 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1652  general substrate transporter  24.1 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1920  major facilitator superfamily permease  25.9 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000507154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>