88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0268 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0268  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0321  transmembrane protein  75 
 
 		 218 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.828045  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0226  putative transmembrane protein  61.95 
 
 		 218 aa  258  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0245  hypothetical protein  61.95 
 
 		 218 aa  257  9e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.455343  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0370  hypothetical protein  62.93 
 
 		 215 aa  252  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.176513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6169  hypothetical protein  57.22 
 
 		 208 aa  224  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0464  hypothetical protein  56.73 
 
 		 210 aa  224  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.252219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2850  hypothetical protein  56.35 
 
 		 196 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.210738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2226  hypothetical protein  56.7 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2839  hypothetical protein  56.7 
 
 		 208 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2896  hypothetical protein  55.84 
 
 		 208 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4164  hypothetical protein  48.21 
 
 		 220 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.966786 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0552  hypothetical protein  48.21 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.28845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2756  hypothetical protein  57.67 
 
 		 185 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0515  hypothetical protein  52.97 
 
 		 215 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0680  Sco1  53.24 
 
 		 213 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.235059  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0497  hypothetical protein  52.97 
 
 		 215 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2857  hypothetical protein  52.05 
 
 		 215 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1430  hypothetical protein  52.05 
 
 		 215 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3190  hypothetical protein  52.31 
 
 		 213 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0162  hypothetical protein  52.31 
 
 		 213 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0284  hypothetical protein  54.12 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0433  hypothetical protein  51.14 
 
 		 249 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1687  hypothetical protein  42.72 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3175  hypothetical protein  39.41 
 
 		 239 aa  154  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.189685  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1386  hypothetical protein  42.23 
 
 		 217 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.027164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1252  hypothetical protein  41.26 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0885  hypothetical protein  43.64 
 
 		 190 aa  143  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3529  hypothetical protein  41.33 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0530138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3826  hypothetical protein  41.67 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.422395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2852  hypothetical protein  41.33 
 
 		 219 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.484652  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4384  hypothetical protein  39.9 
 
 		 227 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1638  putative transmembrane protein  40.51 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.211067  normal  0.707062 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0333  transmembrane protein  39.9 
 
 		 195 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.641985  normal  0.0102497 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3901  hypothetical protein  38.5 
 
 		 221 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1933  putative transmembrane protein  39.05 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1682  hypothetical protein  37.44 
 
 		 220 aa  129  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0190  putative transmembrane protein  34.52 
 
 		 201 aa  124  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3041  hypothetical protein  28.27 
 
 		 204 aa  96.3  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00218245  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3787  hypothetical protein  26.47 
 
 		 181 aa  86.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4317  hypothetical protein  25.98 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0149  hypothetical protein  25.98 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4186  hypothetical protein  25.98 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4118  hypothetical protein  25.49 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3870  hypothetical protein  27.23 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3996  hypothetical protein  26.7 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4612  hypothetical protein  26.7 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3797  hypothetical protein  27.23 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0119  hypothetical protein  30.18 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3522  hypothetical protein  25.51 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001451  hypothetical protein in Cytochrome oxidase biogenesis cluster  25.98 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00960  hypothetical protein  30 
 
 		 195 aa  72  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0132  hypothetical protein  29.89 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.244121  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0299  putative transmembrane protein  24.34 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0172  hypothetical protein  24.47 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0192  hypothetical protein  23.66 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4004  hypothetical protein  25.25 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0068  hypothetical protein  30.88 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.612562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4240  hypothetical protein  27.98 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01350  hypothetical protein  24.87 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0186  hypothetical protein  24.26 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3004  hypothetical protein  28.72 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0073  hypothetical protein  23.86 
 
 		 188 aa  62  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.516477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1464  transmembrane protein  25.62 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3489  hypothetical protein  26.19 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.204932 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06266  hypothetical protein  25.5 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0148  hypothetical protein  28.86 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04007  hypothetical protein  27.65 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0252  hypothetical protein  23.26 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0108  hypothetical protein  28.37 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985875  normal  0.440482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0125  hypothetical protein  28.37 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0123  hypothetical protein  28.37 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.0223002 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0231  hypothetical protein  25 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.12557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0128  hypothetical protein  25.17 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2403  hypothetical protein  21.79 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0453  hypothetical protein  23.44 
 
 		 181 aa  49.7  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0477  hypothetical protein  23.44 
 
 		 181 aa  49.3  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0042  hypothetical protein  24.24 
 
 		 208 aa  48.9  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0511047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3423  electron transport protein SCO1/SenC  23.6 
 
 		 198 aa  48.5  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0514  electron transport protein SCO1/SenC  23.12 
 
 		 219 aa  48.5  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0721  electron transport protein SCO1/SenC  24.84 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5169  electron transport protein SCO1/SenC  23.68 
 
 		 199 aa  45.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0284  electron transport protein SCO1/SenC  27.78 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1044  hypothetical protein  25.68 
 
 		 186 aa  42.4  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04026  hypothetical protein  23.04 
 
 		 191 aa  42.4  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00930  Electron transport protein SCO1/SenC  26.8 
 
 		 211 aa  42  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.330102  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0997  electron transport protein SCO1/SenC  22.73 
 
 		 199 aa  42  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.995366  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2858  cytochrome c oxidase assembly factor transmembrane protein  23.79 
 
 		 199 aa  41.6  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>