84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0245 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0245  hypothetical protein  100 
 
 
218 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.455343  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0226  putative transmembrane protein  98.62 
 
 
218 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0370  hypothetical protein  84.4 
 
 
215 aa  355  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.176513  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0321  transmembrane protein  61.82 
 
 
218 aa  258  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.828045  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0268  hypothetical protein  61.95 
 
 
225 aa  257  8e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2896  hypothetical protein  49.76 
 
 
208 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0464  hypothetical protein  51.53 
 
 
210 aa  207  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.252219  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0552  hypothetical protein  47.22 
 
 
220 aa  206  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.28845  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2850  hypothetical protein  51.02 
 
 
196 aa  205  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.210738  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2839  hypothetical protein  51.3 
 
 
208 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2226  hypothetical protein  51.3 
 
 
208 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6169  hypothetical protein  50.78 
 
 
208 aa  204  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4164  hypothetical protein  45.83 
 
 
220 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.966786 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2756  hypothetical protein  51.06 
 
 
185 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0497  hypothetical protein  52.27 
 
 
215 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0515  hypothetical protein  52.27 
 
 
215 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1430  hypothetical protein  51.36 
 
 
215 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0680  Sco1  52.07 
 
 
213 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.235059  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2857  hypothetical protein  51.36 
 
 
215 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0284  hypothetical protein  49.74 
 
 
223 aa  190  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0433  hypothetical protein  49.77 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0162  hypothetical protein  51.15 
 
 
213 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3190  hypothetical protein  51.15 
 
 
213 aa  188  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1687  hypothetical protein  46.53 
 
 
228 aa  160  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3175  hypothetical protein  45.13 
 
 
239 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.189685  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3901  hypothetical protein  44.72 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116245  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1252  hypothetical protein  45.41 
 
 
210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1386  hypothetical protein  43.41 
 
 
217 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.027164  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1933  putative transmembrane protein  38.57 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0885  hypothetical protein  47.59 
 
 
190 aa  135  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44111  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3826  hypothetical protein  44.1 
 
 
220 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.422395 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0190  putative transmembrane protein  36.92 
 
 
201 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3529  hypothetical protein  43.88 
 
 
249 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0530138  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2852  hypothetical protein  43.37 
 
 
219 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.484652  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0333  transmembrane protein  40.21 
 
 
195 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.641985  normal  0.0102497 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4384  hypothetical protein  42.35 
 
 
227 aa  126  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1682  hypothetical protein  40.1 
 
 
220 aa  125  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1638  putative transmembrane protein  36.92 
 
 
218 aa  122  5e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.211067  normal  0.707062 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3041  hypothetical protein  26.24 
 
 
204 aa  85.9  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00218245  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0132  hypothetical protein  32.76 
 
 
206 aa  77.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.244121  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3787  hypothetical protein  25.62 
 
 
181 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3004  hypothetical protein  30.1 
 
 
216 aa  71.6  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1464  transmembrane protein  32.53 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0299  putative transmembrane protein  27.66 
 
 
208 aa  65.9  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4317  hypothetical protein  23.15 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4612  hypothetical protein  26.32 
 
 
181 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4118  hypothetical protein  23.15 
 
 
181 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3870  hypothetical protein  24.74 
 
 
181 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0149  hypothetical protein  23.15 
 
 
181 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4186  hypothetical protein  23.15 
 
 
181 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001451  hypothetical protein in Cytochrome oxidase biogenesis cluster  24.02 
 
 
178 aa  61.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3996  hypothetical protein  24.74 
 
 
181 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3797  hypothetical protein  25.52 
 
 
181 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01350  hypothetical protein  28.06 
 
 
192 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0252  hypothetical protein  28.1 
 
 
183 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3489  hypothetical protein  27.07 
 
 
180 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.204932 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0068  hypothetical protein  27.69 
 
 
213 aa  56.6  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.612562  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06266  hypothetical protein  24.24 
 
 
178 aa  55.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0186  hypothetical protein  28.06 
 
 
192 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4240  hypothetical protein  24.43 
 
 
186 aa  54.3  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4004  hypothetical protein  25.13 
 
 
180 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0148  hypothetical protein  27.23 
 
 
193 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00960  hypothetical protein  28.44 
 
 
195 aa  52.4  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0119  hypothetical protein  24.62 
 
 
183 aa  51.6  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0108  hypothetical protein  23.89 
 
 
193 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985875  normal  0.440482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0125  hypothetical protein  23.89 
 
 
193 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0123  hypothetical protein  26.4 
 
 
193 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242172  normal  0.0223002 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0128  hypothetical protein  27.21 
 
 
194 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0192  hypothetical protein  22.7 
 
 
181 aa  48.5  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0073  hypothetical protein  22.73 
 
 
188 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.516477  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0172  hypothetical protein  22.14 
 
 
181 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0042  hypothetical protein  22.56 
 
 
208 aa  47.4  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0511047  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0885  electron transport protein SCO1/SenC  26.97 
 
 
199 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5169  electron transport protein SCO1/SenC  26.67 
 
 
199 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04007  hypothetical protein  28.15 
 
 
167 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2379  electron transport protein SCO1/SenC  24.52 
 
 
204 aa  46.2  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778887  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3522  hypothetical protein  22.14 
 
 
196 aa  45.4  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0514  electron transport protein SCO1/SenC  23.86 
 
 
219 aa  44.7  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1998  electron transport protein SCO1/SenC  24 
 
 
221 aa  44.3  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0997  electron transport protein SCO1/SenC  26.97 
 
 
199 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.995366  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0231  hypothetical protein  23.33 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.12557  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00930  Electron transport protein SCO1/SenC  35.56 
 
 
211 aa  42.4  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.330102  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1255  electron transport protein SCO1/SenC  23.87 
 
 
209 aa  41.6  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01390  hypothetical protein  29.11 
 
 
211 aa  41.6  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>