62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1852 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1852  patatin  100 
 
 		 336 aa  676    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1791  patatin  31.22 
 
 		 386 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0415582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1412  Patatin  34.66 
 
 		 422 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.414709 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17250  Patatin-like phospholipase  29.85 
 
 		 466 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0268924 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6768  patatin  31.93 
 
 		 498 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409159  normal  0.0432181 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1775  patatin  26.79 
 
 		 361 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1399  patatin  29.2 
 
 		 467 aa  73.6  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0398519  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0658  patatin  25.68 
 
 		 392 aa  68.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.404015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0946  patatin  29.54 
 
 		 364 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.239636  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2584  putative lipoprotein  27.76 
 
 		 497 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0545  hypothetical protein  55.56 
 
 		 77 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1455  patatin  25.19 
 
 		 480 aa  63.9  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000881553 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1025  patatin  29 
 
 		 453 aa  62  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1627  Patatin  27.4 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.999239  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0408  Patatin  29.22 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.129061  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3515  Patatin  31.03 
 
 		 461 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2273  patatin  29.38 
 
 		 471 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0626503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2907  hypothetical protein  53.06 
 
 		 809 aa  54.7  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.415179 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0076  patatin family protein  26.51 
 
 		 563 aa  54.3  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.869707  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1998  patatin  30.07 
 
 		 459 aa  53.1  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1067  patatin  29.34 
 
 		 468 aa  52.8  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.71878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2474  hypothetical protein  43.28 
 
 		 887 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0176  Patatin  28.78 
 
 		 327 aa  50.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000373316  decreased coverage  0.00000313207 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4239  Patatin  28.9 
 
 		 259 aa  50.1  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.441037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3836  hypothetical protein  47.54 
 
 		 828 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2266  patatin  26.89 
 
 		 460 aa  49.7  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.745618  normal  0.307315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1378  patatin  27.61 
 
 		 358 aa  49.7  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000417303  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1623  hypothetical protein  24.02 
 
 		 516 aa  49.3  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3973  hypothetical protein  54.35 
 
 		 877 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0974285  normal  0.211682 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1219  patatin  26.25 
 
 		 349 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000227608  normal  0.293429 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1079  Patatin  25.74 
 
 		 251 aa  48.5  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0128373  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1656  Patatin  27.55 
 
 		 241 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.447346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1566  hypothetical protein  23.69 
 
 		 527 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0727  patatin  26.09 
 
 		 760 aa  47.4  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2062  patatin  26.51 
 
 		 467 aa  46.6  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0066  alpha-beta hydrolase family esterase  27.68 
 
 		 310 aa  46.6  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1795  hypothetical protein  42.31 
 
 		 680 aa  46.2  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0505644  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4031  hypothetical protein  39.51 
 
 		 1120 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.280222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4118  patatin  26.77 
 
 		 590 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.252862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4248  patatin  26.77 
 
 		 590 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200413  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0605  patatin  27.55 
 
 		 767 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.37871  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1652  hypothetical protein  44.78 
 
 		 869 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.296706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2220  Patatin  29.78 
 
 		 351 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0960823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4343  hypothetical protein  50 
 
 		 913 aa  43.9  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316221  normal  0.363569 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2104  patatin-like phospholipase  24.72 
 
 		 347 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000214716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  31.46 
 
 		 352 aa  44.3  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1113  Patatin  28.34 
 
 		 318 aa  43.9  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.344867  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1917  Patatin  25.82 
 
 		 267 aa  43.9  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1021  Patatin  28.34 
 
 		 318 aa  43.9  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000453292  normal  0.111336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1611  patatin  27.56 
 
 		 327 aa  43.9  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000105595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3029  hypothetical protein  53.06 
 
 		 713 aa  43.9  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0560209  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  27.27 
 
 		 312 aa  43.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1983  patatin-like phospholipase  26.36 
 
 		 358 aa  43.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00013559  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1601  patatin-like phospholipase  26.12 
 
 		 306 aa  43.1  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000189293  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2542  patatin family phospholipase  26.12 
 
 		 347 aa  43.1  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0832269  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3110  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.69 
 
 		 748 aa  43.1  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185086  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2488  patatin family phospholipase  26.12 
 
 		 347 aa  43.1  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00508161  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2629  patatin-like phospholipase  24.72 
 
 		 474 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000046656  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  29.41 
 
 		 314 aa  42.7  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5962  hypothetical protein  44.23 
 
 		 935 aa  42.7  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0060576 
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  29.1 
 
 		 315 aa  42.7  0.009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  29.1 
 
 		 315 aa  42.7  0.01  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>