20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3515 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3515  Patatin  100 
 
 		 461 aa  924    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2266  patatin  73.23 
 
 		 460 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.745618  normal  0.307315 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1998  patatin  65.04 
 
 		 459 aa  578  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2273  patatin  65.71 
 
 		 471 aa  580  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0626503  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1623  hypothetical protein  40.67 
 
 		 516 aa  315  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1566  hypothetical protein  40.22 
 
 		 527 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1455  patatin  32.87 
 
 		 480 aa  215  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000881553 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1067  patatin  30.84 
 
 		 468 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.71878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2584  putative lipoprotein  32.61 
 
 		 497 aa  153  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1399  patatin  29.15 
 
 		 467 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0398519  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2062  patatin  28.6 
 
 		 467 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6768  patatin  28.42 
 
 		 498 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409159  normal  0.0432181 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4248  patatin  27.41 
 
 		 590 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200413  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4118  patatin  27.41 
 
 		 590 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.252862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1852  patatin  25.6 
 
 		 336 aa  64.3  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1025  patatin  24.4 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1791  patatin  29.26 
 
 		 386 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0415582 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0545  hypothetical protein  42.25 
 
 		 77 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2371  hypothetical protein  32.88 
 
 		 550 aa  44.3  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0658  patatin  34.95 
 
 		 392 aa  43.1  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.404015  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>