22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2062 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2062  patatin  100 
 
 		 467 aa  938    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1455  patatin  38.11 
 
 		 480 aa  255  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000881553 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1399  patatin  37.94 
 
 		 467 aa  249  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0398519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1067  patatin  35.15 
 
 		 468 aa  213  3.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.71878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2584  putative lipoprotein  33.41 
 
 		 497 aa  195  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1623  hypothetical protein  29 
 
 		 516 aa  130  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1566  hypothetical protein  28.78 
 
 		 527 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2273  patatin  30.37 
 
 		 471 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0626503  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1998  patatin  30.02 
 
 		 459 aa  123  5e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3515  Patatin  28.72 
 
 		 461 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2266  patatin  28.6 
 
 		 460 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.745618  normal  0.307315 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6768  patatin  28.99 
 
 		 498 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409159  normal  0.0432181 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1025  patatin  25.42 
 
 		 453 aa  93.6  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4118  patatin  28.61 
 
 		 590 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.252862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4248  patatin  28.61 
 
 		 590 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1791  patatin  28.69 
 
 		 386 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0415582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1852  patatin  27.94 
 
 		 336 aa  59.7  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2164  patatin  26.41 
 
 		 398 aa  48.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.22699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1775  patatin  24.5 
 
 		 361 aa  44.3  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1412  Patatin  28.91 
 
 		 422 aa  44.3  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.414709 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0545  hypothetical protein  45.61 
 
 		 77 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1611  patatin  25 
 
 		 327 aa  43.1  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000105595  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>