142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03057 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03057  hypothetical protein  100 
 
 		 449 aa  920    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0573  phosphoribosylglycinamide synthetase  31.32 
 
 		 420 aa  87.8  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23534  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0194  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein ATP-grasp  30.85 
 
 		 419 aa  87.4  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296569  normal  0.160479 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2987  phosphoribosylglycinamide synthetase  28.8 
 
 		 410 aa  87  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000000875543  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4648  protein of unknown function DUF201  29.93 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.896666  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0177  hypothetical protein  26.76 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3759  protein of unknown function DUF201  28.42 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2158  argininosuccinate lyase  26.1 
 
 		 914 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3660  hypothetical protein  28.57 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.853995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2002  argininosuccinate lyase  26.1 
 
 		 900 aa  72  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.848902  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1270  protein of unknown function DUF201  25.16 
 
 		 399 aa  71.6  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.964812  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3626  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  26.64 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2022  argininosuccinate lyase  25.74 
 
 		 900 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10658  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7725  hypothetical protein  24.74 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0791  biotin carboxylase  27.44 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0170  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  24.36 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1929  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  27.15 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0292  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp  24.36 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2144  phosphoribosylglycinamide synthetase  26.51 
 
 		 416 aa  67  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2737  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  25.5 
 
 		 723 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0449  putative glycolate oxidase  25.2 
 
 		 404 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6153  protein of unknown function DUF201  27.81 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2209  CarB family protein  27.31 
 
 		 543 aa  65.5  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.304362  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2663  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  30.71 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2428  protein of unknown function DUF201  26.86 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.281403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2020  phosphoribosylglycinamide synthetase  24.19 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2668  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.74 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2251  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.32 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000511987 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1971  argininosuccinate lyase  26.3 
 
 		 891 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3192  argininosuccinate lyase  26.74 
 
 		 924 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.655648  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37420  biotin carboxylase  26.87 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.442231 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2646  argininosuccinate lyase  30.61 
 
 		 904 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2507  argininosuccinate lyase  30.61 
 
 		 912 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1396  argininosuccinate lyase  26.55 
 
 		 926 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1620  argininosuccinate lyase  29.59 
 
 		 896 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2122  argininosuccinate lyase  29.59 
 
 		 894 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2560  argininosuccinate lyase  29.59 
 
 		 904 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  29.55 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1401  protein of unknown function DUF201  24.91 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2148  hypothetical protein  29.8 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  28.63 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3265  hypothetical protein  25.75 
 
 		 412 aa  57  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  26.27 
 
 		 324 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  22.86 
 
 		 405 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  26.47 
 
 		 315 aa  53.9  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1498  biotin carboxylase-like  25.64 
 
 		 428 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6149  hypothetical protein  27.23 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.669475 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3647  D-alanine--D-alanine ligase  28.23 
 
 		 313 aa  50.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.498697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  26.21 
 
 		 313 aa  50.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 		 319 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  25.52 
 
 		 313 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  26.21 
 
 		 313 aa  50.4  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6224  pyruvate carboxylase subunit A  28.05 
 
 		 471 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 		 318 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7724  putative biotin carboxylase  23.95 
 
 		 430 aa  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1164  protein of unknown function DUF201  24.05 
 
 		 437 aa  50.1  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71740  pyruvate carboxylase subunit A  28.05 
 
 		 471 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0138  pyruvate carboxylase subunit A  22.85 
 
 		 500 aa  49.7  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.732252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6150  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  22.41 
 
 		 410 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.639194 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3256  putative carbamoyl-phosphate synthase large chain  22.38 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.077916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  25.94 
 
 		 318 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  34.18 
 
 		 313 aa  49.3  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  24.37 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3798  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  26 
 
 		 583 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.608993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5090  hypothetical protein  26.56 
 
 		 453 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5770  hypothetical protein  26.56 
 
 		 453 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0282385 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0619  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.15 
 
 		 410 aa  49.3  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.241949  hitchhiker  0.00233057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4479  pyruvate carboxylase subunit A  27.46 
 
 		 471 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.841815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1299  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  26 
 
 		 579 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.969977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  25.1 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  25.19 
 
 		 313 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0615  carbamoyl phosphate synthase large subunit  27.34 
 
 		 1064 aa  48.9  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.120313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  25.21 
 
 		 319 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2026  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  23.67 
 
 		 423 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3200  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  25.43 
 
 		 664 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237038  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0979  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  26.88 
 
 		 659 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.513441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5640  pyruvate carboxylase subunit A  25.66 
 
 		 481 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0418  hypothetical protein  25.79 
 
 		 411 aa  47.4  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02050  pyruvate carboxylase subunit A  25.94 
 
 		 471 aa  47.4  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0912  biotin carboxylase-like protein  27.4 
 
 		 410 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.527326 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4069  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  24.21 
 
 		 389 aa  47.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1033  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  22.75 
 
 		 1102 aa  47.4  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4524  Biotin carboxylase-like protein  22.83 
 
 		 403 aa  47.4  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.799309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1268  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.47 
 
 		 400 aa  47.4  0.0006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.584392  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0794  pyruvate carboxylase subunit A  31.54 
 
 		 499 aa  47.4  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  31.33 
 
 		 332 aa  47  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1783  pyruvate carboxylase subunit A  30.23 
 
 		 493 aa  46.6  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.304639  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0730  hypothetical protein  25.44 
 
 		 436 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2986  carbamoyl-phosphate synthase large chain  22.03 
 
 		 431 aa  46.2  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.556183  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1587  pyruvate carboxylase subunit A  31.93 
 
 		 493 aa  46.2  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3760  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  26.06 
 
 		 662 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.156644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1065  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  26.44 
 
 		 448 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000015139  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  31.52 
 
 		 331 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3190  pyruvate carboxylase subunit A  23.82 
 
 		 492 aa  45.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2205  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  23.39 
 
 		 658 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0738027  normal  0.716563 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2030  D-alanine--D-alanine ligase  27.97 
 
 		 379 aa  45.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.24983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1553  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp, putative  23.56 
 
 		 267 aa  45.1  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  30.11 
 
 		 330 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5125  pyruvate carboxylase subunit A  25.66 
 
 		 471 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.638532 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0996  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.21 
 
 		 541 aa  45.8  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000037072 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>