More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3545 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3545  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 236 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.350632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.93 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 211 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  43.94 
 
 		 209 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 209 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 209 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  29.95 
 
 		 202 aa  98.6  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1946  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 220 aa  96.7  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0042  LuxR family DNA-binding response regulator  32.63 
 
 		 212 aa  96.3  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 218 aa  95.9  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  28.64 
 
 		 216 aa  96.3  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0038  LuxR family DNA-binding response regulator  32.63 
 
 		 212 aa  96.3  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  30.59 
 
 		 214 aa  95.5  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 210 aa  95.5  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 209 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  31.68 
 
 		 210 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  31 
 
 		 209 aa  94.7  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 203 aa  93.6  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5185  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 208 aa  93.2  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  30.85 
 
 		 205 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  28.79 
 
 		 205 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  31.79 
 
 		 205 aa  92.8  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 203 aa  92.8  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.47 
 
 		 213 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 208 aa  92.4  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  29.23 
 
 		 208 aa  91.3  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  30 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  31.5 
 
 		 210 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7267  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.06 
 
 		 217 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 210 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 208 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  33.68 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 216 aa  89.7  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 207 aa  88.6  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 207 aa  88.6  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  28.79 
 
 		 208 aa  88.6  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  29.7 
 
 		 212 aa  88.2  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  28.95 
 
 		 212 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  29.95 
 
 		 210 aa  87  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 213 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.9 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5458  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.64 
 
 		 213 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0682828  normal  0.0164406 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  29.17 
 
 		 200 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.45 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  29.82 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 202 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 208 aa  86.3  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.72 
 
 		 210 aa  86.3  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.69 
 
 		 211 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  28.86 
 
 		 205 aa  86.3  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  30.35 
 
 		 205 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  29.5 
 
 		 203 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6046  two component LuxR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 502 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 220 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 		 211 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.77 
 
 		 220 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2356  response regulator receiver protein  34.2 
 
 		 215 aa  84.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  28.95 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6022  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  29.5 
 
 		 596 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.277911  normal  0.668143 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  34.54 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 203 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0907  two component LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 202 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.285724  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  28.43 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2567  response regulator receiver protein  30.57 
 
 		 202 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 502 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0245  response regulator receiver protein  30.05 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1614  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3169  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.65 
 
 		 1445 aa  84  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  27.92 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  30.1 
 
 		 204 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2279  two component LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 774 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>