156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3998 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4492  major facilitator superfamily transporter  95.69 
 
 		 400 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1420  major facilitator superfamily transporter  95.71 
 
 		 400 aa  670    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3998  major facilitator superfamily transporter  100 
 
 		 395 aa  760    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00916117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3781  major facilitator superfamily transporter  94.67 
 
 		 395 aa  657    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1819  transporter, putative  76.44 
 
 		 399 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.967109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3578  major facilitator superfamily transporter  76.59 
 
 		 399 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0428659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1495  major facilitator superfamily transporter  81.52 
 
 		 399 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.490608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38730  major facilitator superfamily transporter  71.72 
 
 		 402 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3302  major facilitator superfamily transporter  71.98 
 
 		 402 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0792  major facilitator superfamily transporter  59.95 
 
 		 403 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.376906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3887  major facilitator superfamily transporter  60.2 
 
 		 403 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0710  major facilitator superfamily transporter  61.07 
 
 		 404 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0727  major facilitator superfamily transporter  61.07 
 
 		 404 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.606213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0347  major facilitator superfamily transporter  60.56 
 
 		 404 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148845  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0831  major facilitator superfamily transporter  60.56 
 
 		 404 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215644  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0803  major facilitator superfamily transporter  60.56 
 
 		 404 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3923  major facilitator superfamily transporter  60.05 
 
 		 404 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28990  Major facilitator superfamily transporter, MFS_1  57.85 
 
 		 409 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2043  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.802734  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3216  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0335223  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1407  major facilitator superfamily transporter  60.51 
 
 		 404 aa  402  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0145739  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0869  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0235133  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2703  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3162  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3201  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1907  major facilitator superfamily transporter  60 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.756225  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2764  transporter, putative  53.28 
 
 		 410 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0479681  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2423  major facilitator superfamily transporter  60.97 
 
 		 403 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2493  major facilitator superfamily transporter  52.04 
 
 		 407 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2553  major facilitator superfamily transporter  60.77 
 
 		 404 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2608  major facilitator superfamily transporter  58.36 
 
 		 395 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.183302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2837  major facilitator superfamily transporter  53.44 
 
 		 397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171853 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0088  major facilitator superfamily transporter  53.37 
 
 		 399 aa  355  8.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2935  major facilitator superfamily transporter  53.94 
 
 		 397 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.372552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2756  major facilitator superfamily transporter  53.94 
 
 		 397 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4141  major facilitator superfamily transporter  52.85 
 
 		 408 aa  351  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00457527  normal  0.517797 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0084  major facilitator superfamily transporter  52.83 
 
 		 400 aa  350  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2751  major facilitator superfamily transporter  54.83 
 
 		 397 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4072  major facilitator superfamily transporter  53.87 
 
 		 405 aa  347  2e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03322  predicted transporter  50.77 
 
 		 405 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0242  major facilitator superfamily MFS_1  50.77 
 
 		 416 aa  344  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03275  hypothetical protein  50.77 
 
 		 405 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3711  major facilitator transporter  51.61 
 
 		 411 aa  343  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0243  major facilitator superfamily transporter  50.77 
 
 		 419 aa  342  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3955  major facilitator superfamily transporter  50.77 
 
 		 419 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3672  major facilitator superfamily transporter  50.77 
 
 		 419 aa  342  7e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3849  major facilitator superfamily transporter  50.52 
 
 		 419 aa  340  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4793  major facilitator superfamily transporter  50.52 
 
 		 416 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3757  major facilitator superfamily transporter  51.18 
 
 		 416 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3885  major facilitator superfamily transporter  52.59 
 
 		 402 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3880  major facilitator superfamily transporter  52.44 
 
 		 409 aa  332  9e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.201886 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3850  major facilitator superfamily transporter  49.87 
 
 		 405 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3783  major facilitator superfamily transporter  49.87 
 
 		 405 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3953  major facilitator superfamily transporter  49.34 
 
 		 405 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.515945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3893  major facilitator superfamily transporter  49.61 
 
 		 405 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3773  major facilitator superfamily transporter  49.87 
 
 		 405 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.955026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2019  major facilitator superfamily transporter  46.37 
 
 		 416 aa  300  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2616  hypothetical protein  41.97 
 
 		 392 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1718  major facilitator superfamily transporter  42.06 
 
 		 410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2614  hypothetical protein  43.6 
 
 		 392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00313343 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2514  hypothetical protein  43.6 
 
 		 392 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2561  hypothetical protein  43.6 
 
 		 392 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2602  hypothetical protein  43.32 
 
 		 392 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2699  hypothetical protein  45.01 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02247  predicted transporter  44.2 
 
 		 392 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02207  hypothetical protein  44.2 
 
 		 392 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1334  major facilitator superfamily MFS_1  43.6 
 
 		 392 aa  270  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2473  hypothetical protein  43.6 
 
 		 392 aa  270  4e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1330  hypothetical protein  43.6 
 
 		 392 aa  270  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3462  hypothetical protein  44.2 
 
 		 392 aa  269  8e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2478  hypothetical protein  44.2 
 
 		 392 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0089  hypothetical protein  40.49 
 
 		 410 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2964  major facilitator superfamily MFS_1  38.32 
 
 		 410 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000419603  hitchhiker  0.00000212995 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2209  major facilitator superfamily transporter  38.99 
 
 		 393 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4710  major facilitator superfamily transporter  41.14 
 
 		 388 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.019834  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0531  major facilitator superfamily transporter  40.27 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1513  major facilitator transporter  41.29 
 
 		 390 aa  215  9e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.592382 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6796  hypothetical protein  38.77 
 
 		 398 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356439 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5204  major facilitator transporter  34.2 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0539  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4799  major facilitator transporter  41.76 
 
 		 182 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4796  major facilitator transporter  39.44 
 
 		 225 aa  102  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6224  major facilitator superfamily MFS_1  29.79 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.806406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0603  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000645746  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0911  major facilitator superfamily MFS_1  22.68 
 
 		 410 aa  71.2  0.00000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3789  major facilitator superfamily MFS_1  22.47 
 
 		 396 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.206252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2181  putative antibiotic transporter  26.56 
 
 		 402 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2372  major facilitator family transporter  23.02 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0128612  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0859  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 392 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0779816  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0375  major facilitator superfamily permease  23.37 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00039813  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2448  major facilitator family transporter  22.34 
 
 		 381 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0753672  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2186  major facilitator family transporter  21.43 
 
 		 381 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0494381  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2123  GlpT transporter; quinolone resistence NorA protein  21.83 
 
 		 381 aa  62  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2365  major facilitator family transporter  21.43 
 
 		 381 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1408  major facilitator superfamily MFS_1  25.68 
 
 		 401 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2346  major facilitator family transporter  21.43 
 
 		 381 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2155  major facilitator transporter  21.94 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.490773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0650  major facilitator transporter  24.57 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2313  major facilitator family transporter  21.48 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1902  major facilitator superfamily MFS_1  24.03 
 
 		 404 aa  59.7  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>