234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1244 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1244  DNA-glycosylase  100 
 
 		 223 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191176 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1204  DNA-glycosylase  98.65 
 
 		 223 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1642  hypothetical protein  97.76 
 
 		 223 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4075  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  97.31 
 
 		 223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2960  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  84.3 
 
 		 223 aa  400  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.208736  normal  0.0259556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4231  hypothetical protein  82.14 
 
 		 224 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.359508  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3704  hypothetical protein  78.03 
 
 		 223 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106032 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4185  hypothetical protein  78.92 
 
 		 223 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48860  hypothetical protein  78.48 
 
 		 223 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00328607  hitchhiker  0.0000000197287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1685  hypothetical protein  76.68 
 
 		 223 aa  370  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33200  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  76.68 
 
 		 223 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1166  hypothetical protein  54.07 
 
 		 226 aa  225  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159746  hitchhiker  0.0000102663 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3551  3-methyladenine DNA glycosylase  45.37 
 
 		 228 aa  195  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3932  3-methyladenine DNA glycosylase  44.14 
 
 		 229 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3839  3-methyladenine DNA glycosylase  44.14 
 
 		 229 aa  191  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4048  3-methyladenine DNA glycosylase  43.24 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0280  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  43.32 
 
 		 222 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.579527  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2831  DNA-3-methyladenine glycosylase  41.55 
 
 		 224 aa  184  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.899123  normal  0.113104 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02522  3-methyl-adenine DNA glycosylase  41.86 
 
 		 228 aa  184  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4696  3-methyladenine DNA glycosylase  41.44 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4062  3-methyladenine DNA glycosylase  42.58 
 
 		 229 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000195158  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003561  hypothetical protein  41.4 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4389  3-methyladenine DNA glycosylase  43.81 
 
 		 229 aa  180  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0127  3-methyladenine DNA glycosylase  43.81 
 
 		 229 aa  180  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4214  methyladenine glycosylase  43.81 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0029  3-methyladenine DNA glycosylase  39.64 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4208  hypothetical protein  40.83 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03491  3-methyl-adenine DNA glycosylase  40.55 
 
 		 233 aa  178  8e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4253  3-methyladenine DNA glycosylase  41.67 
 
 		 229 aa  177  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4987  hypothetical protein  40.71 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3866  3-methyladenine DNA glycosylase  40.28 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0212  putative DNA glycosylase protein  39.29 
 
 		 229 aa  167  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0150  3-methyladenine DNA glycosylase  41.53 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2049  hypothetical protein  39.09 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.443421 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0129  3-methyladenine DNA glycosylase  39.27 
 
 		 237 aa  159  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.310966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1473  DNA-3-methyladenine glycosylase I  41.82 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.333166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0211  DNA-3-methyladenine glycosylase  36.28 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2154  DNA-3-methyladenine glycosylase I  41.3 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0662  3-methyladenine-DNA glycosylase  29.48 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1795  DNA-3-methyladenine glycosylase I  39.13 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3559  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.37 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.284448 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0747  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.14 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.898824  normal  0.829388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3540  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.78 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1724  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.04 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4683  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.14 
 
 		 187 aa  62  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0467  yggt family protein  32.03 
 
 		 192 aa  61.2  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.903437  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0775  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.04 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.272148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0794  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.03 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0983  DNA-3-methyladenine glycosylase 1  34.46 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2095  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.62 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00010  constitutive 3-methyl-adenine DNA glycosylase I  37.74 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1176  DNA-3-methyladenine glycosylase I  40 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2985  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.35 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000233863 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0312  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.73 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.547447  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3064  DNA-3-methyladenine glycosylase 1  35.29 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3242  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.87 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1756  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.8 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.792087  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1991  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.23 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0957402  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3828  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.05 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.874293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1722  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.8 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0078  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.32 
 
 		 183 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0348853  normal  0.0800012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0040  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.04 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0502  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.3 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0319202 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2514  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.08 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1888  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.71 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0062  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.32 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000318334 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3015  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.78 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0106  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.99 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119209  normal  0.580749 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1297  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.83 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.112534  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0078  DNA-3-methyladenine glycosylase I  40.7 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0674727  hitchhiker  0.0000000000856753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1566  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.63 
 
 		 199 aa  57  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26816 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0108  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.03 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0097  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.16 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235254  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21800  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.37 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000054024  normal  0.248361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0359  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.04 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4052  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.83 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1922  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.7 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.98355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06520  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.59 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.61 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1224  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.05 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0396149  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4098  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.37 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7198  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.19 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.717856  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0457  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.97 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0235  methyladenine glycosylase  31.52 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07860  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.09 
 
 		 249 aa  54.7  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04565  DNA-3-methyladenine glycosidase I  34.83 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.902141  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0272  50S ribosomal protein L24 (BL23; 12 kDa DNA-binding protein; HPB12)  32.98 
 
 		 185 aa  54.7  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1605  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.96 
 
 		 186 aa  55.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3910  methyladenine glycosylase  36.46 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0771426  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0185  DNA-3-methyladenine glycosidase I  32.61 
 
 		 218 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1573  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.95 
 
 		 177 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3455  methyladenine glycosylase  29.8 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0251027 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0477  3-methyladenine DNA glycosylase  32.61 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0571733  normal  0.984687 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0241  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.07 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0147  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.58 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  decreased coverage  0.000000114522 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0448  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.61 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3701  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.97 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3404  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.7 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23730  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.93 
 
 		 183 aa  53.1  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00337474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0457  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.61 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.398735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>