155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0029 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0029  3-methyladenine DNA glycosylase  100 
 
 		 229 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4253  3-methyladenine DNA glycosylase  71.62 
 
 		 229 aa  351  5e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0150  3-methyladenine DNA glycosylase  72.93 
 
 		 229 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0127  3-methyladenine DNA glycosylase  71.18 
 
 		 229 aa  348  4e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4389  3-methyladenine DNA glycosylase  71.18 
 
 		 229 aa  348  4e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0129  3-methyladenine DNA glycosylase  72.05 
 
 		 237 aa  348  4e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.310966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3932  3-methyladenine DNA glycosylase  69.87 
 
 		 229 aa  348  5e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3839  3-methyladenine DNA glycosylase  69.43 
 
 		 229 aa  348  6e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4214  methyladenine glycosylase  70.74 
 
 		 229 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4062  3-methyladenine DNA glycosylase  69 
 
 		 229 aa  347  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000195158  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4696  3-methyladenine DNA glycosylase  69.43 
 
 		 229 aa  344  7e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4048  3-methyladenine DNA glycosylase  68.56 
 
 		 229 aa  344  8e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3866  3-methyladenine DNA glycosylase  67.26 
 
 		 228 aa  334  9e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3551  3-methyladenine DNA glycosylase  65.2 
 
 		 228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4208  hypothetical protein  50.66 
 
 		 235 aa  251  7e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03491  3-methyl-adenine DNA glycosylase  48.23 
 
 		 233 aa  246  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02522  3-methyl-adenine DNA glycosylase  50 
 
 		 228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003561  hypothetical protein  49.56 
 
 		 228 aa  237  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4987  hypothetical protein  47.03 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2831  DNA-3-methyladenine glycosylase  46.4 
 
 		 224 aa  223  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.899123  normal  0.113104 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0280  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  42.08 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.579527  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1642  hypothetical protein  41.44 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4075  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  41.44 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48860  hypothetical protein  41.4 
 
 		 223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00328607  hitchhiker  0.0000000197287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1244  DNA-glycosylase  39.64 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191176 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4185  hypothetical protein  40.74 
 
 		 223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542442  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1204  DNA-glycosylase  39.19 
 
 		 223 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2960  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  38.29 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.208736  normal  0.0259556 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33200  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  39.37 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3704  hypothetical protein  37.84 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1685  hypothetical protein  38.29 
 
 		 223 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4231  hypothetical protein  37.67 
 
 		 224 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.359508  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1166  hypothetical protein  40 
 
 		 226 aa  171  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159746  hitchhiker  0.0000102663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2049  hypothetical protein  36.94 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.443421 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0212  putative DNA glycosylase protein  36.65 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3828  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.83 
 
 		 198 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.874293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0106  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.22 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119209  normal  0.580749 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3193  DNA-3-methyladenine glycosidase I  28.67 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0730  3-methyladenine DNA glycosylase  27.46 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.227734  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0747  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.04 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.898824  normal  0.829388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0147  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.06 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  decreased coverage  0.000000114522 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1566  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.47 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26816 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2871  DNA-3-methyladenine glycosidase I  27.27 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3446  DNA-3-methyladenine glycosidase I  27.27 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.183324  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1673  DNA-3-methyladenine glycosidase I  27.27 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3104  DNA-3-methyladenine glycosidase I  27.27 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.248756  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1722  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.97 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1756  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.97 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.792087  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0088  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.26 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.838117  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1573  DNA-3-methyladenine glycosylase I  29.23 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0211  DNA-3-methyladenine glycosylase  26.9 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3867  DNA-3-methyladenine glycosidase I  28.26 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3948  DNA-3-methyladenine glycosidase I  28.26 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.857416  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1417  DNA-3-methyladenine glycosylase I  25.9 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.635445  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0158  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.57 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.598967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0171  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.57 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1922  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.28 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.98355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2985  DNA-3-methyladenine glycosylase I  29.66 
 
 		 198 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000233863 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4098  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.29 
 
 		 196 aa  52.8  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1297  DNA-3-methyladenine glycosylase I  25.77 
 
 		 179 aa  50.4  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.112534  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0938  methyladenine glycosylase  25.66 
 
 		 180 aa  50.4  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245904 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3540  DNA-3-methyladenine glycosylase I  24.39 
 
 		 224 aa  49.7  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0775  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.09 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.272148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4132  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.71 
 
 		 190 aa  49.7  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1229  DNA-3-methyladenine glycosylase I, putative  26.62 
 
 		 186 aa  49.3  0.00005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.164878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2619  DNA-3-methyladenine glycosylase I  25.33 
 
 		 191 aa  49.3  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.3294  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2514  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.36 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0312  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.9 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.547447  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0857  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.42 
 
 		 198 aa  48.5  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.671236  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0064  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.04 
 
 		 187 aa  48.5  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1178  DNA-3-methyladenine glycosylase I  27.27 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00524762  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3404  DNA-3-methyladenine glycosylase I  27.37 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1224  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.21 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0396149  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0241  DNA-3-methyladenine glycosylase I  24.76 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21800  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.96 
 
 		 225 aa  48.5  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000054024  normal  0.248361 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0021  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.71 
 
 		 190 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092391  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2351  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26 
 
 		 194 aa  47.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117632  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1724  DNA-3-methyladenine glycosylase I  29.67 
 
 		 241 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5932  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.71 
 
 		 208 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0402448  decreased coverage  0.00154434 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3785  DNA-3-methyladenine glycosylase  31.71 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3064  DNA-3-methyladenine glycosylase 1  31.4 
 
 		 189 aa  46.6  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0666  DNA-3-methyladenine glycosylase I protein  27.47 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0662  3-methyladenine-DNA glycosylase  25.44 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1441  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  27.13 
 
 		 259 aa  46.2  0.0004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0477  3-methyladenine DNA glycosylase  23.85 
 
 		 196 aa  46.2  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0571733  normal  0.984687 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0656  hypothetical protein  23.85 
 
 		 190 aa  45.8  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3242  DNA-3-methyladenine glycosylase I  27.37 
 
 		 208 aa  45.8  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0678  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.97 
 
 		 189 aa  45.8  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000050702 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4228  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26 
 
 		 201 aa  46.2  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1094  methyladenine glycosylase  30.77 
 
 		 186 aa  45.8  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3455  methyladenine glycosylase  27.34 
 
 		 183 aa  45.8  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0251027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2154  DNA-3-methyladenine glycosylase I  29.21 
 
 		 241 aa  45.4  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0108  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.72 
 
 		 197 aa  45.4  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1888  DNA-3-methyladenine glycosylase I  25.18 
 
 		 200 aa  45.4  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.22 
 
 		 190 aa  44.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0153  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.42 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1033  putative DNA-3-methyladenine glycosylase I  24.18 
 
 		 200 aa  44.7  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.374811  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0097  DNA-3-methyladenine glycosylase I  23.45 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235254  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2189  DNA-3-methyladenine glycosylase I  26.24 
 
 		 202 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.717911  normal  0.795732 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04565  DNA-3-methyladenine glycosidase I  29.67 
 
 		 189 aa  45.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.902141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>