206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2960 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2960  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  100 
 
 		 223 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.208736  normal  0.0259556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1244  DNA-glycosylase  84.3 
 
 		 223 aa  400  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191176 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1204  DNA-glycosylase  83.86 
 
 		 223 aa  400  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1642  hypothetical protein  83.41 
 
 		 223 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4075  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  83.41 
 
 		 223 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4185  hypothetical protein  83.41 
 
 		 223 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48860  hypothetical protein  82.06 
 
 		 223 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00328607  hitchhiker  0.0000000197287 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33200  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  79.37 
 
 		 223 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4231  hypothetical protein  78.12 
 
 		 224 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.359508  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3704  hypothetical protein  74.89 
 
 		 223 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1685  hypothetical protein  73.99 
 
 		 223 aa  363  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1166  hypothetical protein  54.07 
 
 		 226 aa  226  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.159746  hitchhiker  0.0000102663 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3839  3-methyladenine DNA glycosylase  50 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3932  3-methyladenine DNA glycosylase  49.52 
 
 		 229 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3551  3-methyladenine DNA glycosylase  47.3 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4048  3-methyladenine DNA glycosylase  48.57 
 
 		 229 aa  201  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4214  methyladenine glycosylase  47.62 
 
 		 229 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4389  3-methyladenine DNA glycosylase  47.62 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0127  3-methyladenine DNA glycosylase  47.62 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4696  3-methyladenine DNA glycosylase  46.89 
 
 		 229 aa  193  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02522  3-methyl-adenine DNA glycosylase  42.79 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4253  3-methyladenine DNA glycosylase  46.67 
 
 		 229 aa  191  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003561  hypothetical protein  42.33 
 
 		 228 aa  190  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4062  3-methyladenine DNA glycosylase  42.86 
 
 		 229 aa  188  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000195158  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2831  DNA-3-methyladenine glycosylase  42.58 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.899123  normal  0.113104 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4208  hypothetical protein  41.63 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03491  3-methyl-adenine DNA glycosylase  41.47 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3866  3-methyladenine DNA glycosylase  41.71 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4987  hypothetical protein  40.71 
 
 		 243 aa  178  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0029  3-methyladenine DNA glycosylase  38.29 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0280  3-methyladenine DNA glycosylase-like protein  40.09 
 
 		 222 aa  175  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.579527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0212  putative DNA glycosylase protein  40.18 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0150  3-methyladenine DNA glycosylase  42.33 
 
 		 229 aa  168  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0129  3-methyladenine DNA glycosylase  40.74 
 
 		 237 aa  160  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.310966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2049  hypothetical protein  36.5 
 
 		 222 aa  145  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.443421 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0211  DNA-3-methyladenine glycosylase  34.51 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1473  DNA-3-methyladenine glycosylase I  40 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.333166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0467  yggt family protein  34.64 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.903437  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3540  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.78 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2095  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.3 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4683  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.11 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0078  DNA-3-methyladenine glycosylase I  44.59 
 
 		 183 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0348853  normal  0.0800012 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0747  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.96 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.898824  normal  0.829388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0062  DNA-3-methyladenine glycosylase I  44.59 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000318334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0078  DNA-3-methyladenine glycosylase I  44.59 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0674727  hitchhiker  0.0000000000856753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0775  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.96 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.272148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0794  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.11 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0312  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.26 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.547447  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2154  DNA-3-methyladenine glycosylase I  38.04 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0235  methyladenine glycosylase  30.56 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1176  DNA-3-methyladenine glycosylase I  39.53 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1224  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.02 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0396149  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0081  DNA-3-methyladenine glycosylase I  45.95 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.462301  hitchhiker  0.000000000590719 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1922  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.7 
 
 		 200 aa  54.7  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.98355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1722  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.94 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1756  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.94 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.792087  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04190  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.59 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.589142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2514  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.71 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07860  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.11 
 
 		 249 aa  53.9  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4132  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.87 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21800  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.53 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000054024  normal  0.248361 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0088  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.22 
 
 		 202 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.838117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0040  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.04 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1795  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.87 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0502  DNA-3-methyladenine glycosylase I  36.67 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0319202 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3867  DNA-3-methyladenine glycosidase I  32.22 
 
 		 202 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3948  DNA-3-methyladenine glycosidase I  32.22 
 
 		 202 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.857416  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3064  DNA-3-methyladenine glycosylase 1  38.03 
 
 		 189 aa  53.5  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1605  DNA-3-methyladenine glycosylase I  32.29 
 
 		 186 aa  53.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3559  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.34 
 
 		 187 aa  53.1  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.284448 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4052  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.2 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0448  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.7 
 
 		 232 aa  52.8  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06520  DNA-3-methyladenine glycosylase I  28.99 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3701  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.83 
 
 		 197 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0457  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.7 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.398735 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2985  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.31 
 
 		 198 aa  52.4  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000233863 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0457  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.97 
 
 		 209 aa  52  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1573  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.16 
 
 		 177 aa  52  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  30.34 
 
 		 190 aa  52  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2871  DNA-3-methyladenine glycosidase I  31.11 
 
 		 202 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1724  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.78 
 
 		 241 aa  51.6  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3446  DNA-3-methyladenine glycosidase I  31.11 
 
 		 202 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.183324  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1673  DNA-3-methyladenine glycosidase I  31.11 
 
 		 202 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3104  DNA-3-methyladenine glycosidase I  31.11 
 
 		 202 aa  51.6  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.248756  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0021  DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.87 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092391  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3347  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.11 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0227  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.11 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2862  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.11 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0272  50S ribosomal protein L24 (BL23; 12 kDa DNA-binding protein; HPB12)  31.91 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0245  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.11 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00010  constitutive 3-methyl-adenine DNA glycosylase I  33.7 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0097  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.44 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235254  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7198  DNA-3-methyladenine glycosylase I  37.8 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.717856  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3785  DNA-3-methyladenine glycosylase  35.87 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23730  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.33 
 
 		 183 aa  51.2  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00337474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0662  3-methyladenine-DNA glycosylase  27.52 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04565  DNA-3-methyladenine glycosidase I  32.58 
 
 		 189 aa  50.8  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.902141  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0241  DNA-3-methyladenine glycosylase I  31.4 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1033  putative DNA-3-methyladenine glycosylase I  35.96 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.374811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3518  DNA-3-methyladenine glycosylase I  34.78 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.104093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>