213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0270 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0270  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 929 aa  1901    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.669686  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 		 533 aa  94  1e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  23.92 
 
 		 553 aa  84  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.74 
 
 		 501 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 459 aa  83.6  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  24.85 
 
 		 503 aa  82  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 573 aa  81.6  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2606  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 711 aa  81.6  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  22.05 
 
 		 577 aa  80.5  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1803  radical SAM family protein  25.3 
 
 		 714 aa  80.5  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.51 
 
 		 441 aa  80.5  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 		 487 aa  79  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  27.65 
 
 		 1250 aa  78.6  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  26.26 
 
 		 437 aa  78.6  0.0000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.07 
 
 		 545 aa  78.2  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.7 
 
 		 520 aa  76.6  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  23.57 
 
 		 451 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.2 
 
 		 603 aa  77  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.46 
 
 		 441 aa  76.3  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.58 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.17 
 
 		 520 aa  76.3  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.76 
 
 		 501 aa  76.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  22.07 
 
 		 572 aa  74.7  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 		 473 aa  74.3  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.16 
 
 		 472 aa  73.9  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.41 
 
 		 470 aa  73.9  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 		 506 aa  73.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 562 aa  72.4  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 		 488 aa  72.8  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.84 
 
 		 612 aa  72.8  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  25.49 
 
 		 525 aa  72.8  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.25 
 
 		 609 aa  72.4  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 		 531 aa  72  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 		 608 aa  71.6  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 		 506 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  29.25 
 
 		 554 aa  70.5  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 461 aa  70.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 		 506 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2787  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 		 543 aa  70.5  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  23.32 
 
 		 456 aa  69.3  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 473 aa  69.3  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  27.08 
 
 		 590 aa  68.9  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 489 aa  68.9  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 557 aa  68.6  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  22.91 
 
 		 502 aa  68.2  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3655  Radical SAM domain protein  24.79 
 
 		 711 aa  67.8  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  22.77 
 
 		 529 aa  68.2  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 		 557 aa  68.2  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  22.77 
 
 		 524 aa  67  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 552 aa  67.4  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  28.1 
 
 		 546 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  27 
 
 		 559 aa  66.6  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 		 559 aa  66.6  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.05 
 
 		 548 aa  65.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  25.31 
 
 		 598 aa  66.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  24.67 
 
 		 609 aa  66.2  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.34 
 
 		 484 aa  65.9  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.32 
 
 		 608 aa  66.2  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.63 
 
 		 521 aa  65.9  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  27.11 
 
 		 590 aa  64.7  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.6 
 
 		 472 aa  64.7  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  23.26 
 
 		 484 aa  64.3  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 		 424 aa  63.9  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2990  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 423 aa  63.5  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00051449  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 		 452 aa  62.8  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.63 
 
 		 546 aa  62  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  24.78 
 
 		 425 aa  62  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  23.66 
 
 		 426 aa  62  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0166  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  23.9 
 
 		 547 aa  61.2  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  26.35 
 
 		 555 aa  61.2  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.32 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  26.14 
 
 		 624 aa  60.8  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0296  radical SAM domain protein  26.2 
 
 		 438 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.32 
 
 		 580 aa  60.1  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.58 
 
 		 546 aa  59.7  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  20.06 
 
 		 471 aa  59.7  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4370  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 		 501 aa  59.7  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  28.16 
 
 		 613 aa  59.3  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 494 aa  59.3  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.05 
 
 		 508 aa  58.9  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.9 
 
 		 494 aa  58.9  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.9 
 
 		 494 aa  58.9  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.46 
 
 		 567 aa  58.5  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.91 
 
 		 546 aa  58.5  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 		 591 aa  58.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  25.35 
 
 		 501 aa  58.2  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.06 
 
 		 567 aa  58.2  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  24.57 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0228  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  24.29 
 
 		 459 aa  58.2  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0595  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.063528  normal  0.361831 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.22 
 
 		 546 aa  58.2  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  22.26 
 
 		 487 aa  58.2  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.23 
 
 		 547 aa  57.4  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2628  radical SAM domain-containing protein  23.62 
 
 		 537 aa  57.4  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.34 
 
 		 569 aa  57.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  23.08 
 
 		 584 aa  57.8  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  22.18 
 
 		 493 aa  57.8  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1323  radical SAM domain-containing protein  23.79 
 
 		 441 aa  57.8  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>